Điển hình như vấn đề khen thưởng, kỷ luật cũng bị chồng chéo so với một số văn bản khác khiến cơ sở lúng túng khi triển khai. Nhiều ý kiến cho rằng nên bỏ hình thức phê bình học sinh trước toàn trường trong thông tư cũ vì phương pháp này phản giáo dục. Bên cạnh đó, một số ý kiến đề nghị Bộ GD&ĐT phối hợp cơ quan chức năng có hình thức xử phạt đối với học sinh vi phạm kỷ luật nghiêm trọng, tăng nặng một số hình thức kỷ luật học sinh để răn đe.