Theo kết quả điều tra ban đầu: Năm 2018, Nguyễn Thị Kim Phượng tham gia tổ chức “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời”, theo sự chỉ đạo của một số đối tượng phản động trong tổ chức ở nước ngoài, Phượng đã rủ rê, câu móc được một số người tham gia vào tổ chức, đồng thời tiến hành “Trưng cầu dân ý” được 159 người để bầu cho Đào Minh Quân làm “Tổng thống Đệ III Việt Nam cộng hòa”.
Căn cứ kết quả điều tra, ngày 23/3/2020, Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh An Giang tiến hành bắt giữ Nguyễn Thị Kim Phượng. Khám xét khẩn cấp nơi ở của Phượng, lực lượng công an thu giữ 5 lá cờ 3 sọc cùng nhiều tài liệu, vật chứng khác có liên quan.