Ở tuổi 17, Văn Quyến cùng cậu bạn Ánh Cường đã bị HLV Dido đuổi thẳng khỏi đội U23 chuẩn bị dự SEA Games 2001, vì tội mắc bệnh ngôi sao và lười tập. Khi nhà cầm quân người Brazil yêu cầu hai cầu thủ này tập cơ bụng hồi phục, cả hai đã không làm theo và nằm ra sân. Quyết định này hồi đó cũng được cả ban huấn luyện ủng hộ vì cho rằng những bài tập bổ trợ không nặng, và hai cầu thủ này hoàn toàn có thể chịu đựng được với sức trẻ của mình. Quyến và Cường đã xin lỗi về hành vi của mình, nhưng ngay sau đó Văn Quyến đã bất ngờ xin rút lui do thể lực có hạn.
Chỉ hai tháng sau, HLV tính nóng như lửa Dido phải ra đi khi không giành được huy chương tại SEA Games 21, mang theo đầy tai tiếng trong cách ứng xử ở Việt Nam.
Ngay năm sau, ngày 28/5/2002, Văn Quyến bị HLV Letard "chê" và loại trong đợt chọn quân cho đội dự tuyển U23, chuẩn bị tham dự SEA Games 2003. Nhà cầm quân người Pháp cho rằng Văn Quyến đã có thái độ vô kỷ luật. Trong cuộc thi thể lực, Quyến bị đánh giá dưới mức trung bình. Còn khi chia đội hình đá tập, cầu thủ của SLNA gần như chỉ đi bộ trên sân và liên tục không chấp hành hướng dẫn khác của HLV. Theo ông Letard, một cầu thủ dù có kỹ thuật khá nhưng thể lực và ý thức kỷ luật kém thì không xứng đáng đứng vào hàng ngũ đội tuyển.
Và rồi, cũng chỉ 3 tháng sau (21/8/2002), chính HLV người Pháp này bị LĐBĐ Việt Nam sa thải vì đã kém lại còn bảo thủ.
Sự trùng hợp đen đủi tiếp tục lặp lại với HLV Tavares, dù ông trở lại Việt Nam trong ánh hào quang của 9 năm về trước. Tuy nhiên, lý do loại Văn Quyến lần này không phải bởi tiền đạo trẻ sớm mắc bệnh ngôi sao hay vô kỷ luật nữa. Theo lời HLV Tavares, Văn Quyến bị loại đơn thuần vì lý do chuyên môn, vào ngày 18/10/2004.
Quyến nói lời chia tay đội tuyển chưa đầy 2 tháng, thì sáng ngày 12/12/2004, HLV Tavares cũng đã phải nói lời chia tay cay đắng với đội tuyển sau những sai sót của mình ở Tiger Cup 2004.