Tính từ năm 2015 đến nay, khi bắt đầu được đôn lên đội một HAGL thi đấu tại V.League, Công Phượng đã trải qua thử thách ở rất nhiều đội bóng và các môi trường thi đấu khác nhau. Ngoài việc chơi trong nước, chân sút xứ Nghệ còn được tạo điều kiện sang Nhật Bản, Hàn Quốc, Bỉ thi đấu. Hiện tại, Công Phượng đang thi đấu cho TP.HCM theo bản hợp đồng cho mượn đến hết mùa.
Do được chơi ở nhiều đội bóng khác nhau, Công Phượng cũng chịu ảnh hưởng từ phong cách huấn luyện của nhiều chiến lược gia. Tại mỗi đội bóng, Công Phượng được tập theo các giáo án khác nhau và cũng thi đấu theo những sơ đồ khác nhau. Điều đó khiến anh lúc thăng, lúc trầm tùy thuộc vào chiến thuật chơi bóng có phù hợp với bản thân hay không.
Nhưng có một chi tiết đáng chú ý, từ năm 2017 đến lúc này, Công Phượng xuất hiện ở đội bóng nào là ông thầy tại đội đó không thể trụ đến hết mùa giải. Tất nhiên, Công Phượng chẳng hề có lỗi về việc này mà đây chỉ là thống kê mang tính chất ngẫu nhiên.
Mùa V.League 2017, khi HAGL thi đấu không tốt, ban lãnh đạo đội bóng đã chia tay HLV Nguyễn Quốc Tuấn để bổ nhiệm HLV Chung Hae-seong làm Giám đốc kỹ thuật, còn HLV Dương Minh Ninh ngồi vào "ghế nóng". Ở mùa đó, HAGL trụ hạng khá vất vả.
Đến V.League 2018, Công Phượng đã ghi tới 12 bàn thắng cho HAGL. Đây cũng là số bàn thắng tốt nhất của Công Phượng cho đội bóng phố núi trong một mùa V.League.
Tuy Công Phượng tỏa sáng, nhưng HAGL vẫn chỉ quẩn quanh với mục tiêu trụ hạng. Điều này khiến Giám đốc kỹ thuật Chung Hae-seong phải ra đi do không tìm được tiếng nói chung với ban lãnh đạo.
Trong năm 2019, Công Phượng có 2 chuyến xuất ngoại. Đầu tiên, tiền đạo này tới Hàn Quốc khoác áo Incheon United do HLV Jorn Andersen dẫn dắt. Trong giai đoạn đầu mùa, Công Phượng được tạo nhiều cơ hội ra sân với 8 trận đấu, trong đó có 3 lần đá chính. Mặc dù vậy, tuyển thủ Việt Nam không thể thích ứng với môi trường cũng như lối chơi của đội bóng Hàn Quốc. HLV Andersen từ chức khi Incheon chơi bết bát và Công Phượng cũng không còn nhiều cơ hội để chứng tỏ tài năng.
Đến đầu mùa giải 2019/2020 theo lịch thi đấu châu Âu, Công Phượng tới chơi cho Sint-Truidense theo bản hợp đồng cho mượn từ HAGL. Dù tập luyện rất nỗ lực, nhưng Công Phượng không nhận được niềm tin của HLV Marc Brys nên chỉ có vẻn vẹn hơn 20 phút thi đấu tại giải VĐQG Bỉ.
Do Sint-Truidense chơi không tốt, HLV Brys bị sa thải vào tháng 11/2019. Sau đó không lâu, Công Phượng trở về Việt Nam chơi cho TP.HCM cũng theo một bản hợp đồng cho mượn.
Tại TP.HCM, Công Phượng đã chơi rất tốt và ghi được 7 bàn thắng trên mọi mặt trận tính đến thời điểm hiện tại. Mặc dù vậy, HLV Chung Hae-seong cũng không thể giữ được ghế. Sau thất bại ở vòng 11 V.League 2020, TP.HCM đã chia tay chiến lược gia này.