Tài liệu lịch sử chính thức của Nga cho rằng Yakov Jugasvill - Thượng úy, chỉ huy Đại đội pháo binh - đã bị quân Đức bao vây vào đầu tháng 6/1941 tại Vitebsk, Đức. Ngày 16/6/1941, Đài Berlin thông báo Yakov Jugasvill đã bị Đức Quốc xã bắt làm tù binh. Theo một số nhân chứng thì ban đầu, Yakov Jugasvill bị giam tại Trại tù binh ở Hammelburg thuộc tỉnh Bavari. Mùa xuân 1942, bị chuyển đến trại tù binh người Ba Lan tại Lubek.
Năm 1943, do từ chối tuyên truyền chống Liên Xô sau khi Đức thất thủ ở Stalingrad, theo chỉ thị của chính Himmler, Yakov Jugasvill bị chuyển đến Trại tù binh Zaxsenhauzen cách Berlin 20 km. Ở đó vào tháng 4/1943, Yakov Jugasvill đã vượt ngục không thành và bị một tên lính canh ngục bắn chết.
Tiếp tục khẳng định những điều trên, mới đây, Giám đốc Cục Lưu trữ và đăng ký của Cơ quan Tình báo Liên bang Nga (FSB) Vasili Khristoforov đã tuyên bố với báo chí rằng, tại Phòng lưu trữ của FSB có đầy đủ các tài liệu chứng minh việc con trai cả của Stalin - Yakov Jugasvill thực sự đã bị Đức Quốc xã bắt làm tù binh và giết hại.
Ông này nói: "Chúng tôi có rất nhiều nhân chứng đã từng ngồi tù cùng Yakov trong nhà tù của Đức Quốc xã". Theo Vasili Khristoforov, khi đó Tình báo Đức Quốc xã đã sử dụng bút tích bản thẩm vấn Yakov để tuyên truyền và tổ chức các hành động khiêu khích trong quan hệ với Liên Xô trước khi xảy ra cuộc Chiến tranh Vệ quốc vĩ đại.
Tuy nhiên, cách đây không lâu, Tiến sĩ khoa học lịch sử Sergey Deviatov - lãnh đạo Trung tâm liên lạc với báo chí và xã hội của các cơ quan liên bang đã tuyên bố rằng, các tài liệu lưu trữ của Nga cũng như nước ngoài trong đó có cả những bộ lưu trữ riêng của gia đình Stalin đều cho thấy Yakov Jugasvill không hề bị Đức Quốc xã bắt giam làm tù binh mà anh hy sinh trên chiến trường.
Theo Deviatov – Đức Quốc xã đã dựng nên việc bắt giam con trai của Stalin để tạo thanh thế và gây sức ép đối với Stalin. Deviatov cũng đưa ra những suy luận trên trong "hội nghị bàn tròn" bàn về "Các vấn đề công bố các thông tin về lịch sử nước Nga thế kỷ XX" nhằm giải mã bí mật các tài liệu liên quan đến vấn đề này từ Phòng lưu trữ của FSB.
Theo Deviatov: "Các nghiên cứu hình pháp đã được thực hiện một cách khách quan, kể cả nghiên cứu chữ viết cho thấy đó chỉ là biện pháp nghiệp vụ của Tình báo Đức Quốc xã nhằm mục đích tuyên truyền".
Theo Deviatov, tại Phòng lưu trữ của FSB có gần 10 bức ảnh chụp Yakov Jugasvill trong nhà tù Đức Quốc xã. Các chuyên gia thuộc một trong các trung tâm của Bộ Quốc phòng đã nghiên cứu phân tích các bức ảnh này và kết luận rằng đó hoàn toàn chỉ là các bức ảnh ghép.
Có thể tình báo Đức Quốc xã đã sử dụng những bức ảnh Yakov Jugasvill tìm thấy bên thi thể anh trên chiến trường. Deviatov nói: "Khi tình báo Đức làm những tấm ảnh giả, họ đã mắc một sai lầm. Trên một tấm ảnh, họ đã để phản chiếu qua gương chiếc mắc áo có treo một bộ quân phục nữ".
Cũng theo Deviatov, các chuyên gia đã không tìm thấy bất cứ dấu vết của một tấm phim nào về Yakov Jugasvill trong trại tù binh Đức. Căn cứ cuối cùng để có thể khẳng định Yakov Jugasvill bị Đức Quốc xã bắt giam là những bút tích trong biên bản thẩm vấn Yakov Jugasvill cũng đã được làm sáng tỏ.
Khi đối chiếu với những nét chữ của Yakov Jugasvill trong những quyển vở khi anh còn đang học trong trường quân sự, các nhà phân tích phát hiện ra những nét chữ trong bản thẩm vấn đã được làm giả rất giống với nét chữ thật của Yakov Jugasvill.
Deviatov cũng nghi ngờ sự tồn tại của các tài liệu xác nhận việc Yakov Jugasvill bị giam tại nhà tù của Đức Quốc xã. Khoảng 3 năm trước đây, con gái của Yakov Jugasvill đang sống ở Moskva chỉ nhận được những bản photocopy các tài liệu gồm các bản thẩm vấn Yakov Jugasvill, các giấy tờ chứng thực về cái chết của Yakov Jugasvill tại Trại tù binh Zaxsenhauzen trong đó có cả chứng nhận của các cơ quan y tế được cho là đang lưu trữ tại Phòng lưu trữ Liên bang Washington.
Đáng lưu ý là từ trước đây một số người thân trong gia đình Yakov Jugasvill đã lên tiếng cho rằng, việc anh bị Đức Quốc xã bắt giam hoàn toàn là sự bịa đặt từ phía tình báo Đức Quốc xã. Tuy nhiên, khi đó những lời cảnh báo này chỉ nhận được sự hoài nghi. Giờ đây giả thuyết này đã cho thấy nó hoàn toàn có cơ sở và chắc chắn còn khiến các nhà khoa học nghiên cứu về lịch sử đau đầu để tìm ra sự thật.