Cơ quan Cảnh sát điều tra (C03) Bộ Công an đã có Kết luận điều tra vụ án “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản; Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước, gây thất thoát, lãng phí; Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi xảy ra tại Công ty CP Tập đoàn Yên Khánh, Tổng Công ty Cửu Long, Công ty Licogi 13 và các đơn vị liên quan.
Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đề nghị Viện KSND tối cao truy tố 20 bị can, trong đó, có 2 bị can là Đinh La Thăng SN 1960, cựu Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải (GTVT); Nguyễn Hồng Trường (SN 1957, cựu Thứ trưởng Bộ GTVT).
Theo Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an, trong vụ án này, bị can Nguyễn Hồng Trường với vai trò là Thứ trưởng Bộ GTVT, Chủ tịch Hội đồng đấu giá quyền thu phí tuyến đường cao tốc TP.HCM -Trung Lương, bị can Trường đã ký 3 văn bản gửi Bộ Tài chính để xin ý kiến về Đề án bán đấu giá quyền thu phí.
Đó là quyết định phê duyệt giá khởi điểm bán đấu giá quyền thu phí nhưng không thông qua Hội đồng xác định giá hoặc thuê tổ chức thẩm định giá; quyết định về việc ban hành quy chế bán đấu giá quyền thu phí cao tốc TP.HCM -Trung Lương trong đó cho phép Hội đồng bán đấu giá chỉ định khi chỉ có 1 người tham gia đấu giá và trả giá bằng giá khởi điểm; ký văn bản thông báo Công ty Yên Khánh và Công ty Khánh An đủ điều kiện tham gia đấu giá quyền thu phí cao tốc TP.HCM -Trung Lương khi chưa thông qua ý kiến của các thành viên Hội đồng bán đấu giá để xem xét quyết định.
Bị can Nguyễn Hồng Trường cũng ký quyết định phê duyệt cho Công ty Yên Khánh trúng đấu giá trong khi chỉ có 1 đơn vị là Công ty Yên Khánh tham gia đấu giá tài sản Nhà nước.
Khi Công ty Yên Khánh không thực hiện thanh toán đúng hạn như cam kết trong hợp đồng mua bán quyền thu phí, trên cơ sở báo cáo của Tổng Công ty Cửu Long và tham mưu của Nguyễn Chí Thanh (bị can trong vụ án, nguyên Phó Vụ trưởng Vụ Tài chính Bộ GTVT) và Lê Trung Cường (bị can trong vụ án, nguyên là Tổ viên Tổ thường trực giúp việc cho Hội đồng bán đấu giá), bị can Nguyễn Hồng Trường đã ký 9 văn bản, chủ trì một cuộc họp chỉ đạo Tổng Công ty Cửu Long tiếp tục đôn đốc Công ty Yên Khánh trả tiền mà không chỉ đạo đình chỉ giao quyền thu phí, chấm dứt hợp đồng là trái với các quy định.
Theo Cơ quan điều tra, hành vi của cựu Thứ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Hồng Trường đã cấu thành tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí theo quy định tại khoản 3 điều 219 Bộ LHS (có khung hình phạt từ 10 đến 20 năm tù) với vai trò đồng phạm. Người được xác định chủ mưu trong vụ án này là ông Đinh La Thăng.
Vẫn theo Cơ quan Cảnh sát điều tra, trong quá trình điều tra bị can Nguyễn Hồng Trường đã thành khẩn khai nhận hành vi phạm tội, hợp tác với Cơ quan điều tra. Quá trình công tác có nhiều thành tích được tặng thưởng nhiều Huân, Huy chương, Bằng khen, gia đình có công với cách mạng. Do đó trong quá trình truy tố, xét xử Cơ quan điều tra đề nghị xem xét các tình tiết giảm nhẹ khi lượng hình phạt với bị can Nguyễn Hồng Trường.
Vào tháng 7/2019, ông Nguyễn Hồng Trường bị Ban Bí thư kỷ luật bằng hình thức cách chức ủy viên Ban Cán sự Đảng Bộ GTVT nhiệm kỳ 2011 - 2016 và 2016 - 2021 do mắc vi phạm, khuyết điểm. Đến tháng 9/2019, Thủ tướng quyết định xóa tư cách nguyên Thứ trưởng GTVT (giai đoạn 2011 - 2015 và 2016 - 2017) đối với ông Trường vì có vi phạm, khuyết điểm nghiêm trọng và Ban Bí thư đã kỷ luật về Đảng.