Filip Nguyễn được triệu tập lên đội tuyển CH Czech chuẩn bị cho trận đấu gặp Scotland diễn ra rạng sáng 8/9. Nguyên nhân dẫn đến việc này là 2 thành viên hậu cần của tuyển CH Czech dương tính với COVID-19. Vì vậy, toàn bộ thành viên đội bóng, cầu thủ và ban huấn luyện phải cách ly, và một đội hình mới (tối thiểu 13 cầu thủ) được thành lập.
Sau nhiều cân nhắc, Filip Nguyễn đã quyết định đồng ý lên tập trung cùng ĐT CH Czech, thay vì tiếp tục đợi quá trình nhập tịch Việt Nam để có cơ hội làm học trò của HLV Park Hang-seo. Và với những quy định liên quan đến quốc tịch và thi đấu cho liên đoàn thành viên của FIFA, thủ thành 26 tuổi sẽ khó khoác áo ĐT Việt Nam trong tương lai nếu được ra sân tại các trận đấu vòng bảng UEFA Nations League 2020/2021 lần này.
Theo quy định của FIFA, một cầu thủ có nhiều hơn một quốc tịch, hoặc nếu cầu thủ có một quốc tịch mới, hoặc một cầu thủ tham gia thi đấu tại nhiều đội bóng theo quốc tịch, nếu cầu thủ đó yêu cầu thay đổi liên đoàn để thi đấu tại các trận quốc tế hoặc một quốc gia khác mà cầu thủ đó có quốc tịch, cần thỏa mãn các điều kiện dưới đây:
+ Cầu thủ đó không thi đấu tại một trận đấu (dù là một phần hay toàn bộ) trong một giải đấu chính thức ở cấp quốc tế "A" cho liên đoàn hiện tại, và vào thời điểm cầu thủ đó thi đấu lần đầu tiên tại một trận đấu quốc tế trong một giải đấu chính thức cho liên đoàn hiện tại, cầu thủ đó đã có quốc tịch của đội bóng mà anh ta đang hi vọng được thi đấu.
+ Cầu thủ đó không được phép thi đấu cho liên đoàn mới tại bất kỳ giải đấu nào mà anh ta đã thi đấu cho liên đoàn trước đó.
Liên quan đến vấn đề triệu tập các cầu thủ lên đội tuyển quốc gia, Liên đoàn Bóng đá Việt Nam (VFF) khẳng định: "Trường hợp chưa có quốc tịch Việt Nam, cầu thủ phải thực hiện các thủ tục đã được quy định trong Luật quốc tịch Việt Nam".
Thời gian vừa qua, Filip Nguyễn liên tục bày tỏ mong muốn khoác áo ĐT Việt Nam, quê hương của bố anh, ông Nguyễn Minh. Những cuộc tiếp xúc giữa đại diện VFF và cầu thủ này cũng được tiến hành cùng với việc đẩy nhanh các thủ tục cần thiết.
Tuy nhiên, đại dịch COVID-19 đã khiến việc lấy quốc tịch của Filip gặp bế tắc khi anh không thể trở về Việt Nam để hoàn thiện những khâu cuối cùng.