Kể từ cuối năm 1956, sau khi Paul Harwood (Trạm CIA) và Ed Lansdale (trạm 2 bên trong Tòa đại sứ) rời Việt Nam, hoạt động của CIA tại Việt Nam cũng thay đổi theo hướng tăng cường thu thập tin tình báo chống Cộng. Từ đó, hợp tác tình báo giữa CIA và anh em Diệm - Nhu cũng được hâm nóng và đẩy mạnh hơn trước.
Nỗ lực hợp tác tình báo ban đầu giữa CIA và SEPES
Cho đến cuối năm 1954, các kết quả hợp tác từ mối quan hệ giữa Mỹ với chính quyền Ngô Đình Diệm chủ yếu xoay quanh việc xác lập ảnh hưởng của CIA và giúp Diệm ổn định chính quyền ở miền Nam. Việc thu thập tin tình báo về miền Bắc vẫn chưa mang lại kết quả gì đáng kể. Hầu như Diệm - Nhu chẳng nắm được mấy thông tin về miền Bắc. Do vậy, Trưởng trạm CIA McCarthy muốn tìm cách giúp Diệm thiết lập một cơ quan tình báo đối ngoại nhằm chống phá miền Bắc.
McCarthy nhận thấy cần phải tiếp cận người Việt Nam thông qua Đại sứ Heath hơn là sử dụng kênh Harwood-Nhu. Heath là một người có tính độc lập cao, từng dự liệu về tương lai hợp tác khó khăn giữa phái bộ Mỹ với anh em Diệm - Nhu. Harwood cố gắng hỗ trợ bằng cách xúi Diệm đến "nhờ vả" Tòa đại sứ.
Tháng 11/1954, Diệm đến Tòa đại sứ, có Lansdale đi kèm. Sau khi "thăm dò" ý tứ đối phương, cuối cùng giữa Diệm và Đại sứ Heath cũng nhất trí được kế hoạch hợp tác liên kết tình báo. Vấn đề còn lại là đặt trụ sở của liên minh tình báo này ở đâu, bên trong bản doanh quân đội hay trong Bộ Quốc phòng.
Rốt cuộc, Viện Nghiên cứu chính trị xã hội (SEPES) - bộ phận tình báo thuộc đảng Cần lao của Nhu do Trần Kim Tuyến lãnh đạo - được chọn đứng ra liên kết với CIA. Tuyến không có kinh nghiệm tình báo, nhưng người phó của ông ta tên là Hoàng Ngọc Diệp thì rất rành và sẵn sàng hợp tác trong liên minh với CIA.
Với sự hỗ trợ của CIA, Diệp bắt đầu rà lại toàn bộ số điệp viên cộng tác với CIA còn nằm lại ở miền Bắc và cả những thành phần trong Nam có thể trở về Bắc giả làm "kẻ đào thoát" để cài cắm, nằm vùng.
Mặc dù có liên minh CIA-SEPES, Diệm vẫn tiếp tục phụ thuộc vào CIA để thu thập tin tình báo và CIA vẫn luôn cố gắng giúp chính phủ Diệm xây dựng năng lực tình báo quốc gia riêng. Cơ quan Tình báo an ninh đối nội thời Pháp thuộc là Sureté được đổi tên lại là Cục Cảnh sát đặc biệt (PSB) vẫn còn lưu trữ hồ sơ về Việt Minh và thành phần cộng tác trong Nam, vì thế CIA khai thác PSB để theo dõi, thu thập thông tin về Việt Cộng.
PSB đã tỏ ra hợp tác rất tích cực. Tuy nhiên, nỗ lực liên kết tình báo nhằm xây dựng một cơ quan tình báo độc lập cho chính quyền Diệm đã không đi đến đâu, sớm bị lãng quên khi những vấn đề bất ổn với các giáo phái tiếp tục bùng phát vào những tháng đầu năm 1955. Lansdale và Harwood do quá bận rộn giải quyết vấn đề giáo phái nên nỗ lực thu thập tin tức tình báo về miền Bắc trong giai đoạn này đành bị gác lại.
Trò hề trưng cầu dân ý đưa Ngô Đình Diệm lên làm Tổng thống miền Nam
Sử gia Thomas L. Ahern Jr đã viết rằng không có sự trợ giúp của CIA thông qua cặp bài trùng Lansdale-Harwood thì chế độ Ngô Đình Diệm khó trụ nổi quá 6 tháng đầu tiên. CIA (cụ thể là Lansdale và Harwood) đã giúp Diệm từ chuyện lớn đến chuyện nhỏ, hết thu phục các giáo phái (đặc biệt là Cao Đài Tây Ninh) rồi đến đập tan âm mưu đảo chính của tướng Nguyễn Văn Hinh, chỉ huy quân đội thân Pháp vào cuối năm 1954.
Nhưng cuộc "tảo thanh" các giáo phái và lực lượng Bình Xuyên diễn ra cuối tháng 4/1955 mới là vụ căng thẳng nhất trong giai đoạn đầu bình ổn chính quyền Ngô Đình Diệm. Đó cũng là cao điểm hợp tác giữa CIA với anh em Diệm - Nhu. Nhờ sự hỗ trợ đắc lực của Lansdale và Harwood, anh em Diệm - Nhu đã dẹp tan được "mối họa" Bình Xuyên, buộc Bảy Viễn phải rút lực lượng về mật khu Rừng Sác cố thủ.
Không những thế, cái gương Bình Xuyên còn có tác dụng răn đe, khiến cho lực lượng Hòa Hảo ở miền Tây phải co vòi, rụt cổ, trong khi phái Cao Đài đã về theo Diệm từ sau cuộc thương thảo của Lansdale với tướng Trịnh Minh Thế mùa thu năm 1954. Tháng 7/1955, thông qua sự trung gian thương lượng của Lansdale, các lực lượng quân sự còn lại của Cao Đài, Hòa Hảo đã đồng ý sáp nhập vào quân đội quốc gia.
Sau những biến động đó, Diệm bắt đầu tính đến chuyện phế truất Vua Bảo Đại nhằm hợp thức hóa chế độ cầm quyền của ông ta từ vĩ tuyến 17 trở vào để "né" Hiệp định Geneva (tổ chức tổng tuyển cử vào tháng 7/1956). Washington không đồng tình kế hoạch của Diệm vì cho rằng thời cơ chưa đến, và không đủ cơ sở pháp lý cho việc đó. Thế nhưng, Lansdale lại là người đã giúp Diệm thực hiện ý đồ bằng cách hiến kế Diệm tiến hành trò hề trưng cầu dân ý ngày 23/10/1955, với kết quả có tới 98% phiếu ủng hộ Diệm lên thay cựu hoàng Bảo Đại.
Sau đó 3 ngày (26/10), Diệm tự phong làm Tổng thống, truất phế Vua Bảo Đại, khai sinh nền Đệ nhất Cộng hòa. Điều nực cười ở đây là tổng số phiếu đã kiểm lại nhiều hơn tổng số cử tri đăng ký đến 150.000 phiếu (!?). Trạm CIA, Tòa đại sứ, Tổng hành dinh CIA, Nhà Trắng và Bộ Ngoại giao, tất cả đều biết việc gì đã xảy ra đằng sau màn kịch khôi hài này nhưng đều coi như không hay biết gì cả.
Sau khi tướng Trịnh Minh Thế chết (cuối tháng 4/1955), ảnh hưởng của Lansdale và Harwood đối với anh em Diệm - Nhu cũng suy yếu dần. Mặc dù Lansdale và Harwood vẫn làm cố vấn cho Diệm - Nhu cho đến hết kỳ nhiệm vụ, nhưng quan hệ giữa đôi bên đã có phần lạnh nhạt hơn và không ít lần tranh cãi, mâu thuẫn gay gắt.
Tháng 4/1956, Harwood mãn nhiệm vụ rời Sài Gòn. Tháng 12/1956, đến lượt Lansdale cũng mãn nhiệm trở về Washington làm việc trong Bộ Quốc phòng. Trạm CIA do Lansdale chỉ huy bên trong Tòa đại sứ cũng ngưng hoạt động từ đó, và CIA chỉ còn một trạm duy nhất tại Sài Gòn.
Đầu năm 1957, Trạm CIA cũng thay ngôi đổi chủ, Nicholas Natsios đến thay thế John Anderton làm Trưởng trạm. Người được cử thay thế Lansdale và Harwood hỗ trợ Trưởng trạm Natsios liên lạc với anh em Diệm - Nhu là Douglas Blaufarb.
Cũng từ đó, Diệm không còn phụ thuộc nhiều vào sự giúp đỡ của CIA trong việc quan hệ với các giáo phái cũng như trong liên hệ với Washington. Ngược lại, CIA sẽ bắt đầu những năm tháng hợp tác đầy khó khăn với anh em Diệm - Nhu. Và thất bại cứ nối tiếp thất bại làm đau đầu nhiều bộ óc được xem là cừ khôi nhất trong làng tình báo Mỹ lúc bấy giờ.
Đi tìm một "CIA" cho miền Nam Việt Nam
Cho đến cuối năm 1957, công cụ hợp tác tình báo duy nhất giữa anh em Diệm - Nhu với CIA vẫn là SEPES. Nhưng SEPES tỏ ra không phải là cơ quan tình báo chuyên nghiệp, và chỉ mang dáng vẻ của một cơ quan phản gián, phản ánh nỗi ám ảnh về an ninh nội bộ của anh em Diệm - Nhu.
Phản gián chống mạng lưới tình báo nằm vùng siêu đẳng của "Việt Cộng" chỉ là một mảng nhỏ, trong khi các hoạt động an ninh khác, như thanh lọc lý lịch của các thành viên mới gia nhập đảng Cần lao được đặt nặng hơn. Sự lệch lạc trong hoạt động tình báo này cộng với thái độ thờ ơ của Nhu và cơ quan SEPES của ông ta càng làm giảm khả năng tiếp cận của CIA đối với các chiến dịch chống Cộng ở miền Bắc lẫn miền Nam.
Chỉ có 29 trong tổng số 219 nhân viên SEPES được bố trí cho Cục Tác chiến ngoài lãnh thổ (EOB), và chỉ có 2 trong số này được Darwin Curtis, liên lạc viên của CIA trong tổ chức SEPES đánh giá là "đạt trình độ chuyên nghiệp".
Mặc dù vậy, CIA vẫn phụ thuộc khá nhiều vào SEPES để thu thập tin tình báo về miền Bắc, chủ yếu là khai thác qua trạm thẩm vấn người tị nạn ở Quảng Trị. Đó có thể được xem là thất bại thứ hai của CIA trong quá trình hợp tác tình báo với anh em Diệm - Nhu, sau thất bại đầu tiên năm 1954.
Trưởng trạm CIA Nicholas Natsios (trái) và Ngô Đình Diệm.
Natsios rất muốn chấm dứt tình trạng lệ thuộc của CIA vào SEPES trong các chiến dịch hợp tác. Tháng 12/1957, CIA bắt đầu hỗ trợ một chương trình quấy phá các cơ sở duyên hải miền Bắc. Thông qua Trần Trung Dung, Natsios nắm được ý định của Diệm là sẽ triển khai thu thập tin tình báo ở giai đoạn sau của chiến dịch, Natsios chớp thời cơ đề xuất với Diệm triển khai một chương trình riêng, tuyển mộ toàn bộ nhân sự tình báo mới.
Một lần nữa, Natsios lại phải thất vọng vì Diệm chỉ đồng ý với kế hoạch đó sau khi đã phái Dung đi tham khảo ý kiến Nhu. Natsios đành phải chấp nhận vai trò can thiệp từ xa của Nhu, để cho Đại tá Lê Quang Tung (người của Diệm) điều hành chương trình này. Điều ai cũng biết rằng Tung là tay chân thân tín của Diệm và ông ta cũng không hề có ý định làm vui lòng người Mỹ.
Như phần trên đã nói, bên cạnh SEPES còn có PSB là cơ quan tình báo nội địa thuộc Sở Cảnh sát quốc gia, tiền thân là Cục An ninh Sureté của Pháp. PSB tỏ ra hợp tác tích cực hơn SEPES, nhưng mọi nỗ lực rồi cũng chẳng giúp CIA thâm nhập được vào các tổ chức của cách mạng miền Nam. Trong giai đoạn Diệm tăng cường các hoạt động đàn áp dân chúng, ban hành Luật 10/59, CIA đã gần như đứng ngoài mọi hoạt động thám báo của Diệm - Nhu. Những thông tin thu thập được thông qua PSB hầu không sử dụng được.
William Colby đến Sài Gòn làm Phó trạm CIA từ tháng 2/1959. Đến tháng 6/1960, Colby lên thay Natsios làm Trưởng trạm CIA. Ngay từ đầu, Colby đã ấp ủ một định hướng mới cho CIA trong việc hợp tác với anh em Diệm - Nhu. Với sự đồng tình của Tổng hành dinh CIA, Colby khởi xướng một chương trình khôi phục hoàn toàn các quan hệ hợp tác với Dinh Gia Long đã bị phai nhạt từ cuối năm 1956. Là một chuyên gia giỏi về tâm lý chiến, Colby đã áp dụng chiến thuật "mưa dầm thấm lâu" để thu phục nhân tâm anh em Diệm - Nhu.
Có thể nói, từ khi Colby đến, quan hệ giữa CIA với anh em Diệm - Nhu đã sôi động trở lại với hàng loạt kiến nghị, chương trình củng cố quan hệ và chấn chỉnh các chương trình tâm lý chiến để đạt mục tiêu bình định nông thôn miền Nam. Trong các nỗ lực này, việc cơ cấu lại hoạt động tình báo là một yêu cầu quan trọng.
Sau 6 năm ì ạch và thụ động, rốt cuộc Dinh Gia Long cũng yêu cầu Trạm CIA hiến kế làm cách nào để tổ chức một cơ quan tình báo tương tự như CIA tại miền Nam Việt Nam. Bộ trưởng Ngoại giao Nguyễn Đình Thuần cũng đích thân nhờ Colby cố vấn cho việc tìm kiếm một ứng cử viên đứng đầu cơ quan này. Colby cấp tốc xin ý kiến Tổng hành dinh CIA và được bật đèn xanh.
Tuy nhiên, có một ý kiến phản biện cho rằng mô hình tương tự đã thất bại ở nhiều nơi khác thuộc thế giới thứ ba, bởi lẽ đơn giản là các chính quyền này sau khi đã được CIA giúp xây dựng xong bộ máy tình báo riêng sẽ quay sang tìm cách ngăn chặn CIA can thiệp vào các hoạt động tình báo của mình.
Colby đề xuất mô hình "cơ quan điều phối tình báo" nhằm tập trung hoạt động các cơ quan tình báo miền Nam Việt Nam về một mối mà không cần lập thêm một đơn vị tình báo nữa. Colby cũng nghĩ rằng cơ quan này khi cần có thể thu thập tin tình báo và bảo vệ bí mật các nguồn thông tin đối với các cơ quan khác.
Tổng hành dinh và Colby đều nhất trí với đề xuất giao cho Ngô Đình Luyện (em trai của Diệm và Nhu) làm giám đốc cơ quan này, vì thêm một "người trong gia đình Diệm - Nhu" điều hành công việc sẽ giúp CIA che mắt được Giám đốc SEPES Trần Kim Tuyến và tránh được những quấy phá của ông này.
Lập cơ quan tình báo xong, coi như Colby thành công bước đầu trong việc tạo điều kiện thuận lợi để tái xác lập ảnh hưởng đối với anh em Diệm - Nhu nhằm thúc đẩy các chương trình, chiến lược chống "Việt Cộng" ở miền Nam và phá hoại miền Bắc.
Nhưng, sự đời không bao giờ suôn sẻ. Mặc dù người Mỹ đã có nhiều điều chỉnh trong chính sách hợp tác với Sài Gòn, nhưng những nhược điểm cố hữu của anh em Diệm - Nhu và chế độ của họ đã không thể sửa chữa được nữa, khiến họ ngày càng đi chệch mục tiêu và chiến lược của quan thầy Mỹ. Đây chính là lý do dẫn đến cuộc "thay ngựa giữa dòng" tháng 11/1963.