Cáo trạng truy tố ông Đinh La Thăng, Nguyễn Hồng Trường cùng nhiều bị cáo khác thể hiện, dự án đường cao tốc TP.HCM – Trung Lương được hình thành từ nguồn vốn Ngân sách Nhà nước, do vậy việc bán quyền thu phí là bán tài sản của Nhà nước, số tiền thu được từ việc bán quyền thu phí là tài sản Nhà nước.
Bộ Giao thông vận tải được Thủ tướng Chính phủ giao là đơn vị chủ trì xây dựng đề án bán quyền thu phí, thực hiện việc chuyển giao quyền thu phí để hoàn trả ngân sách Nhà nước kinh phí đã đầu tư cho dự án để phát triển kinh tế xã hội theo chủ trương của Đảng và Nhà nước.
Khi triển khai thực hiện, bị can Đinh La Thăng, với chức vụ Bộ trưởng, người đứng đầu Bộ Giao thông vận tải có trách nhiệm thực hiện nhiệm vụ do Thủ tướng Chính phủ giao và có vai trò quyết định đến việc bán quyền thu phí đường cao tốc TP.HCM – Trung Lương.
Tuy nhiên, xuất phát từ động cơ cá nhân, thông qua mối quan hệ quen biết từ trước nên ông Đinh La Thăng đã gọi điện thoại trực tiếp cho bị can Dương Tuấn Minh – Tổng Giám đốc Công ty Cửu Long để giới thiệu đưa Đinh Ngọc Hệ vào tiếp cận đề án.
Sau đó tạo điều kiện cho Công ty của Hệ trúng đấu giá quyền thu phí đường cao tốc TP.HCM – Trung Lương.
Bị can Đinh Ngọc Hệ đã lợi dụng mối quan hệ này để xây dựng hồ sơ gian dối, tham gia mua đấu giá quyền thu phí, sau khi trúng đấu giá quyền thu phí, Đinh Ngọc Hệ đã tiếp tục thực hiện các hành vi gian dối nhằm chiếm đoạt tài sản của Nhà nước.
Các bị can Nguyễn Hồng Trường, Dương Tuấn Minh, Dương Thị Trâm Anh, Nguyễn Chí Thành, Lê Trung Cường, Nguyễn Thu Trang là các cán bộ dưới quyền của bị can Đinh La Thăng, do biết mối quan hệ cá nhân giữa ông Thăng và ông Hệ, nên khi được giao nhiệm vụ triển khai thực hiện đề án chuyển giao quyền thu phí đường cao tốc TP.HCM – Trung Lương, tùy từng vị trí, địa vị công tác đã làm trái các quy định về bán đấu giá tài sản Nhà nước.
Từ đó, để Đinh Ngọc Hệ lợi dụng chiếm đoạt tài sản.
Cụ thể là quyết định cho đơn vị trúng thầu thanh toán làm 3 lần, trái quy định tại khoản 1, mục V, phần II, Thông tư liên tịch của Bộ Giao thông Vận tải và Bộ Tài Chính; Xây dựng giá thành lập hội đồng định giá tài sản trái quy định; không kiểm tra năng lực tài chính thực tế của Công ty Yên Khánh và Công ty Khánh An, mặc dù 2 Công ty này kinh doanh thua lỗ, không đủ năng lực tài chính và các điều kiện theo quy định.
Cùng với đó, tổ chức bán đấu giá, quyết định phê duyệt kết quả bán đấu giá quyền thu phí là tài sản của Nhà nước khi có một người tham gia, trái quy định với Nghị định của Chính phủ.
Ngoài ra, khi Công ty Yên Khánh vi phạm nghĩa vụ thanh toán đã không ra quyết định đình chỉ quyền thu phí, chấm dứt hợp đồng trước thời hạn, trái quy định với thông tư liên tịch của Bộ Giao thông Vận tải và Bộ Tài chính…
Hành vi làm trái nêu trên của các bị can Đinh La Thăng, Nguyễn Hồng Trường và đồng phạm là tiền đề, tạo điều kiện dẫn đến hậu quả để Đinh Ngọc Hệ và đồng phạm thực hiện các hành vi gian dối, bắt đầu từ việc lập hồ sơ giả năng lực của Công ty Yên Khánh và công ty Khánh An để tham gia đấu giá, đến việc che giấu việc kiểm soát doanh thu thu phí của Bộ Giao thông vận tải và các cơ quan chức năng để chiếm đoạt, gây thất thoát hơn 720 tỷ đồng của Nhà nước.
Theo cáo trạng, thông qua sự giới thiệu của bị can Đinh La Thăng đối với cán bộ cấp dưới thuộc quyền của mình tại Tổng Công ty Cửu Long, Đinh Ngọc Hệ có điều kiện tiếp cận đề án chuyển giao quyền thu phí đường cao tốc TP.HCM – Trung Lương.
Với mục đích chiếm đoạt tài sản, ngay từ đầu Đinh Ngọc Hệ đã có hành vi gian dối, chỉ đạo nhân viên làm giả hồ sơ năng lực, báo cáo tài chính của Công ty Yên Khánh và Khánh An (2 công ty do Đinh Ngọc Hệ thành lập và điều hành) từ kinh doanh thua lỗ thành kinh doanh có lãi để đáp ứng đủ điều kiện tham gia đấu giá và trúng đấu giá.
Ngay sau khi tiến hành khai thác, Đinh Ngọc Hệ đã chỉ đạo nhân viên bằng mọi cách che giấu doanh thu thực tế để chiếm đoạt, lúc đầu bằng hình thức thủ công, do không đạt yêu cầu nên Đinh Ngọc Hệ chỉ đạo phải dùng công nghệ cao để chiếm đoạt được nhiều hơn nên đã 2 lần yêu cầu mua phần mềm của Công ty Xuân Phi để can thiệp trái phép vào phần mềm quản lý của Bộ Giao thông vận tải.
Càng về sau, mức độ càng tinh vi hơn, số tiền chiếm đoạt được nhiều hơn.
Trong quá trình thực hiện hợp đồng, lợi dụng mối quan hệ với Đinh La Thăng, Đinh Ngọc Hệ trây ì, không nộp tiền theo đúng tiến độ quy định, theo hợp đồng mua quyền thu phí, đến tháng 10/2014, Công ty Yên Khánh của Đinh Ngọc Hệ phải nộp đủ số tiền hơn 2 nghìn tỷ đồng, nhưng phải đến tháng 3/2017 mới nộp đủ tiền.
Bằng các thủ đoạn gian dối, từ ngày 1/1/2014 đến ngày 31/12/2018, Đinh Ngọc Hệ và các đồng phạm đã che giấu, chiếm đoạt được hơn 725 tỷ đồng.
Tại dự án xây dựng cầu Việt Trì (Phú Thọ) theo hình thức hợp đồng BOT, Đinh Ngọc Hệ đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn là Chủ tịch Hội đồng quản trị, Tổng Giám đốc, người đại diện theo pháp luật của Công ty Thái Sơn Bộ Q.P… đã dùng ảnh hưởng tư cách cổ đông để tác động đến những người có chức vụ, quyền hạn tại Công ty Cổ phần BOT Việt Trì cho Công ty Cổ phần Licogi 13 được thi công 2 hạng mục trong gói thầu XL.01-3.
Đổi lại, Công ty Cổ phần Licogi 13 phải hạ giá bán căn biệt thự BT01cho Đinh Ngọc Hệ, qua đó Đinh Ngọc Hệ đã trục lợi số tiền là hơn 3,4 tỷ đồng.