Khó khăn thứ nhất là sự phát triển không đồng bộ về hạ tầng cơ sở. Các đơn vị T.Ư có thế mạnh về điều kiện nguồn lực, hạ tầng, địa lý dễ dàng triển khai tốt ứng dụng công nghệ thông tin. Còn các đơn vị y tế cấp huyện, xã không có được những ưu thế đó, ứng dụng công nghệ thông tin sẽ trở nên khó khăn hơn.
Thứ hai, công nghệ thông tin trong y tế vẫn là một bài toán khó. Trong khi công tác khám, chữa bệnh diễn ra hàng ngày, trường hợp triển khai gặp trục trặc, khó khăn, vô hình chung sẽ tạo ra ảnh hưởng không nhỏ đến quá trình chăm sóc, khám, chữa bệnh của các đơn vị.
Thứ ba, về nguồn lực tài chính. Bước đầu tư ban đầu cho ứng dụng công nghệ bao giờ cũng rất lớn, đòi hỏi nguồn kinh phí tương đương, trong khi nguồn ngân sách hiện nay cho y tế vẫn còn nhiều hạn chế. Điều đó dẫn đến đầu tư manh mún, dàn trải, không tập trung và thiếu đồng bộ ở các đơn vị chăm sóc sức khỏe.
Thứ 4 - thách thức lớn nhất khi ứng dụng công nghệ thông tin trong ngành y tế đó là về nguồn nhân lực. Một sinh viên được đào tạo trong lĩnh vực công nghệ thông tin nói chung cần thời gian dài công tác trong các đơn vị y tế mới có thể hiểu được tính chất, nhiệm vụ cũng như triển khai ứng dụng công nghệ thông tin tại các đơn vị khám, chữa bệnh. Khái niệm về phòng công nghệ thông tin hầu như chỉ có tại các bệnh viện tuyến T.Ư và các bệnh viện có quy mô giường bệnh lớn. Còn đối với các bệnh viện tuyến huyện, xã chỉ có các tổ bộ phận công nghệ thông tin. Những người đang thực hiện điều hành công nghệ thông tin tại các cơ sở khám chữa bệnh nhỏ hiện nay, chủ yếu chỉ hiểu về công nghệ thông tin chung, không chuyên sâu về công nghệ thông tin y tế, đa phần là trình độ cao đẳng và số ít có trình độ đại học. Với đặc thù công việc bận rộn ứng dụng công nghệ thông tin ban đầu sẽ tạo ra khó khăn với đội ngũ cán bộ y tế, đặc biệt là cán bộ lớn tuổi.
Hệ thống y tế của chúng ta hiện nay có 14.000 cơ sở y tế, trong đó có gần 2.000 trạm y tế - đơn vị có hạ tầng công nghệ thông tin yếu và sự hạn chế về số lượng cán bộ dẫn đến hạn chế trong đào tạo ứng dụng công nghệ thông tin. Đấy là tổng quan những vấn đề trước mắt mà ngành y tế cần giải quyết.