Theo đánh giá của vua Minh Mạng, Lê Khôi là vị tướng giỏi nhất của nhà Hậu Lê, có công đánh đuổi quân Minh, quét sạch quân Chiêm Thành quấy nhiễu. Minh Mạnh đã chọn Lê Khôi, đưa vào thờ ở Võ Miếu cùng 5 tướng khác là Trần Hưng Đạo, Nguyễn Hữu Dật, Nguyễn Hữu Tiến, Tôn Thất Hội và Nguyễn Văn Trương.
Theo sách "Lam Sơn thực lục", Lê Khôi là người Lam Sơn (nay thuộc xã Xuân Lam, huyện Thọ Xuân, tỉnh Thanh Hóa). Ông là con trai của Lê Trừ - anh trai thứ hai của Lê Lợi. Xét theo dòng tộc, Lê Khôi là cháu gọi Lê Lợi bằng chú.
Tham gia khởi nghĩa Lam Sơn ngay từ những ngày đầu, Lê Khôi lập được nhiều chiến công trên chiến trường. Ông từng bắt sống viên tướng Chu Kiệt và 2 đô đốc Thôi Tụ và Hoàng Phúc cùng mấy chục nghìn tên giặc.
Có công lao lớn, năm 1428, khi Lê Lợi lên ngôi hoàng đế, Lê Khôi được ban chức Kỳ Lân Hổ vệ Thượng tướng quân, quyền Hành quân Tổng quản, hàm Nhập nội Thiếu úy, sau thăng lên hàm Tư mã, được đem Kim Phù. Theo các tư liệu lịch sử còn lưu lại, Lê Khôi là danh tướng có võ công cao cường nhất trong hàng ngũ từng tham gia khởi nghĩa Lam Sơn.
Năm 1443, triều đình phong Lê Khôi là Nhập nội Thiếu úy, sai đi Trấn thủ Nghệ An. Ngay từ khi đặt chân tới xứ Nghệ, ông đã được nhân dân nơi đây chào đón. Sử sách chép rằng: “Sĩ phu và dân chúng vùng này đứng chật hai bên đường chào đón, đưa hai tay lên ngang trán mừng reo và nói rằng: Chúng tôi mong ông đã lâu, sao nay trời mới giáng phúc ban ơn cho chúng tôi”.
Theo sách "Danh tướng Việt Nam", năm 1445, nhà Lê sai một loạt tướng lĩnh đem quân đi đánh Chiêm Thành. Lê Khôi được lệnh đem quân từ Nghệ An đi tiếp ứng. Khi vào trận tiền, biết Lê Khôi cầm quân Đại Việt, tướng giặc bèn bắc loa hỏi: Có phải ông Tư mã (chỉ Lê Khôi) đó không? Ông liền cởi bỏ mũ trận ra cho chúng thấy mặt. Giặc nhận ra, liền xuống ngựa mà sụp lạy, mang sản vật đến để biếu tặng cho ông, không dám đánh nữa.
Sau trận đánh Chiêm Thành, ông trở về, dọc đường lâm bệnh nặng mất tại khu vực núi Nam Giới (gần cửa Sót ở xã Mai Phụ, Lộc Hà, Hà Tĩnh) năm 1446. Triều đình truy tặng ông là Nhập nội Đại Hành khiển, sai quan vào tận nơi ông mất để làm lễ an táng và cúng tế. Năm 1487, ông được vua Lê phong “Chiêu Trưng Đại vương”.
Sau khi qua đời, Lê Khôi được nhân dân nhiều nơi lập đền thờ, phong làm thành hoàng. Trong đó, tỉnh Hà Tĩnh có nhiều địa phương ở Kỳ Anh, Thạch Hà, Lộc Hà có đền thờ Lê Khôi. Đền thờ và lăng mộ ông có tên là Đền Chiêu Trưng Đại Vương nằm trên ngọn núi Long Ngâm ở huyện Thạch Hà và Can Lộc, đã xếp hạng di tích lịch sử cấp quốc gia năm 1990. Lễ hội đền Lê Khôi được tổ chức từ ngày mùng 1 đến mùng 3 tháng 5 Âm lịch hàng năm.