Nguyễn Phú Nguyên cùng lứa với Hoàng Văn Khánh, Hồ Tuấn Tài… Đây là lứa nòng cốt của U17 SLNA cách đây 8 năm, đội bóng từng giành chức Vô địch U17 Quốc gia báo Bóng đá năm 2012, dưới sự dẫn dắt của HLV Ngô Quang Trường.
Phú Nguyên từng được lựa chọn lên đội 1 của SLNA năm 2016. Anh đá 4 trận và ghi 1 bàn thắng cho SLNA ở mùa giải lúc bấy giờ. Nhưng sau đó, số trận đấu của Phú Nguyên giảm đi ở 2 mùa sau. Lý do là bởi những chấn thương không may khiến Phú Nguyên không thể đáp ứng nhu cầu ra sân thường xuyên thi đấu.
Năm 2019, Phú Nguyên sang Hải Phòng theo dạng cho mượn. Nhưng anh vẫn chỉ đánh bóng băng ghế dự bị của đội bóng đất Cảng. Một năm sau, anh được kéo về Nghệ An. Nhưng cầu thủ sinh năm 1995 trở thành dự bị của dự bị, khi SLNA còn đầy rẫy những cái tên chơi ở vị tró tiền vệ cánh. Không kể Văn Đức, Xuân Mạnh, Xuân Thắng,… SLNA còn đôn 2 cầu thủ trẻ là Đình Tiến và Văn Việt. Cơ hội của Phú Nguyên lúc bấy giờ gần như là không có.
Năm 2021, Phú Nguyên lại chuyển sang thi đấu cho Hải Phòng. Cơ hội của anh tại Nghệ An coi như chấm dứt. Nếu như Hoàng Văn Khánh được SLNA nỗ lực giữ lại, nếu như Hồ Tuấn Tài được CLB TP.HCM chèo kéo với bản hợp đồng gần chục tỷ thì Phú Nguyên chỉ mong cứu vớt ít nhiều sự nghiệp tại Hải Phòng.
Vậy nhưng, ở 2 vòng đấu đầu tiên, Phú Nguyên bất ngờ chơi thăng hoa. Anh ghi bàn duy nhất giúp Hải Phòng đánh bại Viettel ngay trên sân nhà. Rồi cũng chính Phú Nguyên mở đầu cho chiến thắng tiếp theo của Hải Phòng trước Nam Định ở vòng đấu thứ 2, qua đó giúp đội bóng đất Cảng mở đầu V.League với 2 trận toàn thắng.
Không ai biết tương lai sau này của Phú Nguyên sẽ ra sao. Nhưng chí ít, khởi đầu này đã hạnh phúc hơn rất nhiều so với những năm tháng khổ sở mà anh phải trải qua trong quá khứ. Quả thực ở tuổi 25, mọi chuyện vẫn chưa có gì là muộn màng.