Đầu năm 1945, Mỹ thành lập ủy ban đặc biệt để lựa chọn mục tiêu cho các cuộc ném bom hạt nhân nhằm buộc phát xít Nhật phải đầu hàng. Cố đô Kyoto, nơi có hơn 2.000 ngôi chùa Phật giáo và đền thờ Thần đạo, trong đó có 17 di sản thế giới, đứng đầu danh sách mục tiêu ném bom.
"Mục tiêu là thành phố công nghiệp với dân số một triệu người. Kyoto là mục tiêu lý tưởng vì thành phố này chưa từng bị ném bom, nhiều nhà máy công nghiệp quy mô lớn đều nằm tại thành phố này", sử gia Alex Wellerstein nhận định. Ủy ban mục tiêu của Mỹ cũng ưu tiên Kyoto vì nhiều trường đại học của Nhật Bản đều nằm tại thành phố này. Họ cho rằng giới trí thức sẽ hiểu uy lực của bom hạt nhân, đánh dấu bước ngoặt trong lịch sử thế giới.
Tuy nhiên danh sách này vấp phải sự phản đối của Bộ trưởng Chiến tranh Henry Stimson, người quyết ra lệnh loại bỏ Kyoto khỏi danh sách ném bom. Ông khẳng định thành phố này có giá trị văn hóa quan trọng và không phải mục tiêu quân sự.
Tuy nhiên, quân đội Mỹ liên tục đưa Kyoto trở lại danh sách cho tới cuối tháng 7/1945, buộc Bộ trưởng Stimson có ý kiến trực tiếp tới Tổng thống Mỹ Harry S. Truman.
"Ông ấy cũng đặc biệt đồng ý với đề xuất của tôi, khẳng định nếu không loại Kyoto khỏi danh sách mục tiêu, sự thù ghét sau chiến tranh sẽ khiến người Nhật không chịu hòa giải với Mỹ mà ngả về phía Liên Xô", Bộ trưởng Stimson viết trong nhật ký ngày 24/7/1945 sau cuộc thảo luận với Tổng thống Truman.
Căng thẳng giữa Mỹ và Liên Xô khi đó đang tăng cao, khiến Washington không muốn tăng thêm sự ủng hộ cho Moscow. Vào thời điểm này, Nagasaki được đưa vào danh sách ném bom. Tuy nhiên, cả Hiroshima và Nagasaki đều không phải mục tiêu quân sự.
"Điều này cho thấy Stimson có động lực cá nhân trong việc cứu Kyoto, những lý do khác chỉ nhằm hợp lý hóa", sử gia Wellerstein cho hay.
Bộ trưởng Stimson từng nhiều lần tới thăm Kyoto trong thập niên 1920, khi còn giữ chức toàn quyền Mỹ ở Philippines. Một số nhà nghiên cứu khẳng định vợ chồng ông từng đi nghỉ trăng mật tại thành phố này và ông còn chứng tỏ mình là người rất đam mê văn hóa Nhật.
Nhưng Stimson cũng chính là người ra lệnh tập trung và quản thúc hơn 100.000 người Mỹ gốc Nhật sau cuộc tấn công Trân Châu Cảng, tuyên bố những công dân này không đáng tin cậy. Đây là lý do khiến một người khác nhận công trong việc cứu Kyoto khỏi thảm họa hạt nhân.
Nhiều tư liệu cho rằng nhà khảo cổ, sử gia Langdon Warner mới là người đề nghị chính phủ Mỹ không ném bom hạt nhân xuống cố đô Nhật Bản. Warner thậm chí còn được dựng tượng tại thành phố Kyoto và Kamakura.