Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, công tác quản lý đầu tư xây dựng cơ bản của TP.Hà Nội còn nhiều tồn tại và thiếu sót tập trung tại dự án cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 1A đoạn Văn Điển - Ngọc Hồi (Km 185 - Km 189), huyện Thanh Trì do Sở Giao thông Vận tải Hà Nội làm chủ đầu tư.
Cụ thể, dự án cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 1A đoạn Văn Điển - Ngọc Hồi (Km 185 - Km 189), huyện Thanh Trì do Sở Giao thông Vận tải Hà Nội làm chủ đầu tư, chiều dài tuyến đường khoảng 3,8 km, mặt cắt ngang toàn tuyến là 46 m, tổng mức đầu tư gần 888 tỷ đồng và sử dụng nguồn vốn ngân sách thành phố. Trong đó, chi phí xây dựng hơn 247 tỷ đồng, còn lại là chi phí giải phóng mặt bằng, quản lý dự án, tư vấn,…
Dự án dự kiến được thực hiện từ quý IV/2010 và hoàn thành vào quý IV/2013. Tuy nhiên, tính đến năm 2017, dự án còn có thêm 2 lần điều chỉnh tiến độ hoàn thành.
Các tồn tại được Thanh tra Chính phỉ chỉ rõ, toàn bộ dự án thực hiện chậm so với tiến độ được phê duyệt hơn 3,5 năm, phải điều chỉnh thời gian thực hiện dự án 2 lần do chưa có mặt bằng để bàn giao cho nhà thầu thi công và nguồn vốn cấp cho dự án hạn chế.
Do đó, đã dẫn tới việc các nhà thầu xây dựng được ký sau ngày hết hạn hợp đồng là vi phạm khoản 4, Điều 28 Nghị định 12/2009/NĐ-CP và khoản 3, điều 38 Nghị định 48/2010/NĐ-CP.
Đơn vị phải chịu trách nhiệm thuộc UBND TP.Hà Nội, Sở Kế hoạch và Đầu tư, nhà thầu tư vấn lập dự án đầu tư và các chủ đầu tư dự án.
Đáng chú ý, trong công tác đấu thầu dự án này, Thanh tra Chính phủ cho biết, công tác tư vấn khảo sát, thiết kế bản vẽ thi công được chia thành 2 gói thầu để chỉ định thầu, vi phạm Luật Đấu thầu 2005 và Thông tư 02/2009/TT-BKH về hướng dẫn lập kế hoạch đấu thầu.
Cùng với những vi phạm nêu trên, Thanh tra còn nêu ra việc các nhà thầu không thực hiện vận chuyển đổ thải tại vị trí đã được lập trong dự toán. Các vị trí đổ thải theo báo cáo của các nhà thầu đều được UBND cấp xã xác nhận, tuy nhiên cấp xã không có thẩm quyền cấp vị trí đổ thải, vi phạm Luật Bảo vệ môi trường.
Tư vấn giám sát và ban quản lý dự án chỉ tiến hành nghiệm thu khối lượng đất thải đổ đi được vận chuyển ra khỏi công trường, do đó không có cơ sở quản lý và xác định được cự ly đổ, vị trí đổ thải thực tế. Từ những vi phạm nêu trên đã khiến cho dự án này thiệt hại là hơn 19,9 tỷ đồng.
Trong đó, áp dụng không đúng hệ số trực tiếp phí khác, giá trị là 742,38 triệu đồng (gói 8: 281,394 triệu đồng; gói 9: 124,464 triệu đồng; gói 10: 292,421 triệu đồng; gói 11: 44,105 triệu đồng);
Giá trị chênh lệch tăng giữa thi công bằng máy và thủ công do áp dụng định mức không đúng quy định gần 4,4 tỷ đồng (gói 8: 835,392 triệu đồng; gói 9: 1,07 tỷ đồng; gói 10: gần 2,5 tỷ đồng);
Phê duyệt điều chỉnh chi phí phát sinh đối với khối lượng chưa thi công không đúng quy định với giá trị là 14,7 tỷ đồng (gói 8: 3,53 tỷ đồng; gói 9: 3,96 tỷ đồng và gói 10: 7,27 tỷ đồng).
Để xử lý những vi phạm tại dự án, Thanh tra Chính phủ kiến nghị chủ đầu tư dự án kiểm tra, rà soát công tác vận chuyển đô bùn, đất hữu cơ của một số nhà thầu do không chứng minh được khối lượng thực tế vận chuyến đổ thải, thu hồi về ngân sách nhà nước.
Dựa trên cơ sở kết quả khoan, kiểm định chất lượng công trình của Viện Công nghệ giao thông - Bộ Giao thông Vận tải đối với hạng mục bê tông nhựa, chủ đầu tư cấp phối đá dăm tại một số vị trí của dự án, kiểm tra, rà soát, khắc phục và giảm trừ quyết toán đối với khối lượng thiếu so với thiết kế, kỹ thuật đã được phê duyệt.