Ngay cả Cơ đốc giáo ban đầu cũng bị đàn áp bởi Đế quốc La Mã, nhưng kể từ khi nó được chỉ định là quốc giáo của Đế chế vào năm 392, các cuộc đàn áp Cơ đốc nhân của nhà nước La Mã chấm dứt, các hiệp sĩ cũng dần trở thành cánh tay đắc lực trong sứ mệnh đưa tôn giáo này đến thế giới. Họ thù địch với tất cả các hiện tượng phi Kinh thánh, bao gồm một số ý tưởng và khoa học mới (ví dụ, Copernicus, người đưa ra thuyết nhật tâm, và nhà vật lý Galileo, đã bị nhà thờ đàn áp dã man). Trong sự cai trị đen tối kéo dài hàng thế kỷ và sự giam hãm về tư tưởng của Châu Âu, việc đàn áp phụ nữ đã lên đến đỉnh điểm.
Văn tự là minh chứng của lịch sử, phụ nữ luôn đi liền với những điều gì đó không được trong sạch và mờ ám. Dù là tiếng Anh (whicce → witch) hay tiếng Đức (Hagedise → Hexe), lời giải thích ban đầu về phù thủy là những phụ nữ có khả năng, trí tuệ và trình độ dược thảo nhất định. Nhưng với sự can thiệp của Thiên chúa giáo, ý nghĩa của từ "phù thủy" đã thay đổi từ một ngôi đền thành một bà già sống trong rừng hoặc đất hoang và biết cách điều chế thuốc, độc dược, và sau đó trở nên nguy hiểm, xấu xa và quen dùng chất độc để hại người.
Trong giáo lý Thiên chúa giáo, phụ nữ nên sống phụ thuộc vào đàn ông, trong Kinh thánh có câu: "Phụ nữ hành nghề phù thủy thì sẽ không được phép tồn tại". Cơ đốc giáo không thể dung thứ cho sự tồn tại của nhóm những kẻ ngoại đạo này, bởi vậy "phù thủy" luôn đi liền với những tin đồn về sự lây lan của bệnh dịch, cái chết dữ dội của vật nuôi trong nhà, sự bất lực của đàn ông, những kẻ giết người, hay kêu gọi các cơn bão...
Và cũng chính bởi những tin đồn này mà lâu dần người ta bắt đầu tin rằng những thiên tai, sự đen đủi hay bất cứ thứ gì không thể lý giải được đều do các phù thủy gây ra.
Trong các tác phẩm về phù thủy của thời kỳ đó, con người đã thể hiện một cách phong phú và dồn dập về sự xuất hiện của các phù thủy cũng như nội dung hoạt động của họ. Họ cùng tồn tại với bóng tối, nép mình trong rừng, bay trần truồng vào ban đêm, thích dùng phép thuật để làm hại con người và động vật, bí mật phá hủy nhà thờ Thiên chúa giáo, tổ chức những bữa tiệc ma thuật bí mật, thực hiện những giao ước với ma quỷ và thậm chí giao cấu với các thế lực hắc ám.
Trong bản in khắc gỗ "Bữa tiệc ma thuật", cho thấy các phù thủy tụ tập và tổ chức một buổi lễ hiến tế ma thuật, mọi người có trí tưởng tượng mạnh mẽ sẽ thấy rằng gió lớn và đêm tối đang kéo đến, một nhóm phù thủy khỏa thân tụ tập ở một khu rừng trong vùng hoang vu. Họ đang vui vẻ và bận rộn một cách kỳ lạ với bữa tiệc của ma quỷ này.
Cho đến năm 1486, hai linh mục, Heinrich Institoris và Jacob Sprenger là đồng tác giả của cuốn sách "Chiếc búa của phù thủy" (Malleus Maleficarum). Phần đầu của cuốn sách cảnh báo độc giả rằng phù thủy là những kẻ dị giáo và kể chi tiết cách phù thủy giao phối với ma quỷ, ăn thịt đồng loại, cũng như cách họ cản trở khả năng sinh sản, chiếm đoạt cơ quan sinh sản nam theo những cách khác nhau...
Ví dụ, cuốn sách nói về cách đánh giá phù thủy như thế này:
"Nếu bị cáo đang sống một cuộc sống vô luân, thì điều này tất nhiên chứng tỏ rằng cô ấy có giao dịch với ma quỷ; nếu cô ấy ngoan đạo và đàng hoàng, thì rõ ràng cô ấy đang cải trang để chuyển hướng sự chú ý của mọi người khỏi các giao dịch ma quỷ của cô ấy và tham gia.
Nếu cô ấy tỏ ra sợ hãi trong khi thẩm vấn, thì rõ ràng cô ấy có tội, và lương tâm của cô ấy đã khiến cô ấy bộc lộ ra ngoài. Nếu cô ấy tin rằng mình vô tội và giữ bình tĩnh, thì chắc chắn cô ấy có tội: bởi vì các phù thủy quen nói dối một cách vô liêm sỉ.
Nếu cô ấy chống lại lời buộc tội, điều đó chứng tỏ cô ấy có tội; nếu cô ấy sợ hãi, tuyệt vọng và im lặng do bị cáo buộc thì đây đã là bằng chứng trực tiếp cho tội lỗi của cô ấy. Nếu một người phụ nữ không may bị tra tấn và quay mặt đi trong đau đớn, điều đó có nghĩa là cô ấy đang tìm kiếm ác quỷ bằng đôi mắt của mình; còn nếu đôi mắt của cô ấy đờ đẫn và bất động, điều đó có nghĩa là cô ấy đã nhìn thấy ác quỷ của chính mình.
Nếu cô ấy thấy rằng cô ấy có đủ sức mạnh để chịu được sự tra tấn, điều đó có nghĩa là ma quỷ đã hỗ trợ cô ấy, vì vậy cô ấy phải bị hành hạ nghiêm trọng hơn; nếu cô ấy không thể chịu đựng được và chết dưới hình phạt, điều đó có nghĩa là ma quỷ đã để cô ấy chết, để cô ấy không được thú nhận và không thể tiết lộ bí mật về ác quỷ".
Nói cách khác, bất kể hành vi hay phản ứng nào của người bị xét xử, đều đưa đến một kết quả người đó chính là phù thủy và sẽ bị kết án tử hình.
Theo ghi chép, Heinrich Institoris từng mua một bà già và bắt bà trèo vào lò làm bánh, hét lên rằng ma quỷ đã đưa bà đến đó, rồi liên tục gọi tên những "phù thủy" địa phương. Heinrich sau đó đã ngay lập tức bắt giữ những người có tên được nhắc tới này và tra tấn họ cho đến khi nhận được lời thú tội thỏa đáng.
Với việc xuất bản cuốn sách này ở Châu Âu, một phong trào chống phù thủy kéo dài ba thế kỷ bắt đầu càn quét toàn bộ lục địa Châu Âu. Trước đó chỉ là giết những kẻ ngoại đạo, sau đó là điên cuồng tiêu diệt hết những người phụ nữ không hợp ý mình. Trong 3 thế kỷ, khoảng 100.000 "phù thủy" đã bị hành quyết.
Ở Châu Âu lúc này, chiến tranh giữa các nước diễn ra liên tục, sản xuất chậm phát triển, bởi vậy tôn giáo là lý tưởng sống duy nhất của con người, do đó việc "chiến đấu" với phù thủy cũng trở thành "sứ mệnh thiêng liêng" để bảo vệ Thượng đế.
Trong những phiên tòa xét xử, trần nhà luôn có cột để treo người, và trên mặt đất cũng có những bệ tra tấn để đóng đinh sắt, nhưng người phụ nữ được cho là phù thủy sẽ bị trói và cởi truồng, ngoại trừ tóc, toàn bộ lông trên cơ thể đều bị cạo sạch (người ta cho rằng việc này để thuận tiện cho việc tìm kiếm nốt ruồi, nốt ruồi có thể khẳng định là bị quỷ ám), và sau đó kẻ tra tấn sử dụng kim tiêm để tìm kiếm dấu vết của ma quỷ. Ngoài ra những người phụ nữ này phải chịu đựng vô số những hình phạt tra tấn dã man khác.
Từ đó về sau, mọi chỗ tối tăm, xấu xa nhất trong bản chất con người đều có nơi để trút giận, không lấy được người phụ nữ mình muốn, ghen tị với cuộc sống của người phụ nữ bên cạnh, trả thù,... đều có thẻ là lý do để người ta bức hại phụ nữ (việc xét xử được diễn ra không cần tòa án hay).
Vào thời đó, việc xông vào nhà, lôi một người phụ nữ ra, làm nhục và đánh đập, dùng mọi cách để buộc tội, rồi đóng đinh lên người họ sau đó đến một nơi nhất định (thường là chợ, khu vực sầm uất nhất của thành phố), và sau đó treo cổ nơi công cộng hoặc thiêu cho đến chết là điều khá là bình thường.
Năm 597, mặc dù Clara Geisler, một góa phụ người Đức đã 67 tuổi, nhưng bà vẫn bị vu oan là sống chung với ba con quỷ và phạm các tội khác nên bà đã bị bắt và bị xét xử. Lúc đầu, Clara chối tội nên thẩm phán đã tra tấn bà, ban đầu là dùng kẹp sắt kẹp ngón chân nhưng bà vẫn nhất quyết không thừa nhận. Sau đó, hình phạt được tăng lên, buộc bà phải thú tội một cách bừa bãi - thừa nhận răng quan hệ với nhiều yêu quái, gây ra cái chết thương tâm của hơn 240 người.
Năm 616, một phụ nữ ở khu vực Württemberg (Đức) bị buộc tội là "phù thủy". Bị tra tấn nghiêm trọng, cô đã thú nhận: "Tôi đã từng là gái điếm, nhưng khi nào thì tôi không thể nhớ được. Tôi đã tra tấn 104 đứa trẻ, trong đó có 3 đứa trẻ của tôi. Một số được luộc chín để ăn, một số được chế biến thành thuốc mỡ và các loại thuốc khác phục vụ cho ma thuật đen. Xương chân của chúng được tôi làm thành sáo. Tôi tra tấn hai người chồng của mình trong nhiều năm, và cuối cùng giết họ".
Năm 1335, thẩm phán tôn giáo Peter Guy ở Toulouse đã xét xử một số phù thủy và tra tấn họ cho đến khi họ buộc phải thú nhận rằng có giao ước với Satan, tham gia vào một bữa tiệc lễ hội thờ ma quỷ, quan hệ tình dục với ma quỷ, ăn thịt trẻ nhỏ. Sau khi buộc phải thú nhận, họ đã bị thiêu sống.
Vào thời điểm đó, có một góa phụ tên là Margaretta ở Freiburg, người bị buộc tội là phù thủy vì sự kỳ thị của mọi người đối với tài sản của cô. Mặc dù cô không thừa nhận mình là "phù thủy" và có tội phản nghịch với Chúa. Nhưng dưới sự tra tấn ngày càng gia tăng, cô phải thú nhận như sau:
1. Vào một đêm mười năm trước, một người đàn ông mặt đen xuất hiện trong khu vườn của cô, người đàn ông này đã tán tỉnh cô, cô đã thỏa mãn nguyện vọng của anh ta - một người có tính khí lạnh lùng.
2. Anh ấy thuyết phục cô đừng tin vào Chúa, cô ấy đã làm như vậy, nhưng cô ấy ngay lập tức cảm thấy tội lỗi.
3. Người đàn ông nói rằng tên anh ta là Heimeilin và anh ta đã đưa cho cô ấy một cây chổi phù thủy cùng một số loại thuốc mỡ phù thủy (dùng để làm phù thủy).
4. Cô ấy đã từng bay trong vườn của mình một lúc vào ban đêm.
5. Cô ấy đã dùng cây chổi này để bay đến nhà của Georg, và cả đến nhà của Catalina và Anna.
6. Có nhiều người phụ nữ mà cô ấy không biết đã đến nhà cô ấy, họ ăn uống cùng nhau.
Chính lời thú nhận vô lý này mà tòa án đã nhanh chóng đưa ra phán quyết: Margaretta bị kết án tử hình, bị xử tử ngày 24 tháng 3 năm 1599 - chặt đầu bằng gươm sắc, rồi thiêu trên giàn thiêu. Bản án kết thúc bằng câu: "Chúa thứ tha tâm hồn tội nghiệp này".
Đây không phải là những điều hư cấu, mà là kết cục cuối cùng của vô số phụ nữ ở Châu Âu thời Trung cổ.
Ngay cả khi chúng ta không biết về giai đoạn lịch sử này, thì phù thủy vẫn như một truyền thuyết và là những nhân vật trong truyện cổ Grimm thế kỷ 19 mà chúng ta đã đọc khi còn nhỏ. Và trên thực tế, phù thủy không hề tồn tại.