Trong cáo trạng Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố ông Nguyễn Đức Chung - cựu Chủ tịch UBND TP.Hà Nội và các đồng phạm thể hiện, nhà chức trách phát hiện Bùi Quang Huy đã nhiều lần gửi email cho riêng ông Chung trước những thời điểm quan trọng liên quan đến gói thầu số hóa trên địa bàn.
Theo đó, trong thời gian từ năm 2015 đến cuối năm 2018, Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội làm chủ đầu tư thực hiện 3 gói thầu "Số hóa hồ sơ đăng ký kinh doanh trên địa bàn TP.Hà Nội", năm 2015, 2016, 2017, tương ứng với 3 hợp đồng kinh tế được ký kết với các doanh nghiệp, đến nay đã quyết toán, thanh lý hợp đồng.
Kết quả điều tra xác định, trong quá trình thực hiện 2 gói thầu số hóa năm 2016, 2017 do Liên danh Công ty TNHH Thương mại và Dịch vụ kỹ thuật Nhật Cường và Công ty TNHH Đầu tư và Phát triển Đông Kinh (Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh) thực hiện đã xảy ra nhiều sai phạm, vi phạm về đấu thầu trong việc lập hồ sơ mời thầu, tổ chức lựa chọn nhà thầu, ký kết hợp đồng kinh tế, gây thiệt hại tài sản cho Nhà nước.
Về gói thầu số hóa tài liệu năm 2016, sau khi có các quyết định dự toán thu chi ngân sách năm 2016, Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội ban hành các quyết định, phê duyệt khối lượng, dự toán và kế hoạch đấu thầu gói thầu "Số hóa hồ sơ đăng ký kinh doanh trên địa bàn TP.Hà Nội".
Hình thức lựa chọn nhà thầu là đấu thầu rộng rãi trong nước, thời gian thực hiện 270 ngày.
Ngày 1/2/2016, ông Nguyễn Tiến Học - Phó Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư ký quyết định ban hành hồ sơ mời thầu. Ngày 21/4/2016 Sở này phát hành hồ sơ mời thầu.
Sở Kế hoạch và Đầu tư đã triển khai xong các bước, đến trước thời điểm đóng thầu ngày 16/5/2016, có 6 nhà thầu mua hồ sơ dự thầu, trong đó 4 nhà thầu đủ điều kiện để mở thầu theo quy định.
Đến chiều tối 15/5/2016, Bùi Quang Huy gửi email cho ông Nguyễn Đức Chung vào địa chỉ chunghinhsu…, đề xuất ông Chung chỉ đạo Sở Kế hoạch và Đầu tư lùi ngày đóng thầu thêm 2 tuần để Huy giới thiệu một công ty tham gia đấu thầu.
Ngay sau khi Huy gửi email, ông Chung đã 2 lần điện thoại cho ông Nguyễn Văn Tứ - Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư TP.Hà Nội, yêu cầu đình chỉ gói thầu số hóa năm 2016 do Sở dự kiến mở thầu vào sáng 16/5/2016.
Qua điều tra, ông Chung gọi cho ông Tứ bằng số điện thoại có đăng ký tên chủ thuê bao là Công ty cổ phần thương mại Minh Hoa 2 cuộc vào tối 15/5/2016. Cuộc gọi đầu tiên được thực hiện vào hồi 18 giờ 58 phút với thời lượng 52 giây. Cuộc gọi thứ 2 vào hồi 19 giờ 6 phút thời lượng 65 giây.
Đến đầu giờ sáng 16/5/2016, trong khi Sở Kế hoạch và Đầu tư đang họp giao ban, cựu Chủ tịch UBND TP.Hà Nội tiếp tục gọi điện cho ông Tứ chỉ đạo, đình chỉ, dừng thực hiện đấu thầu gói thầu số hóa năm 2016.
Qua trích xuất, thời điểm ông Chung gọi điện cho ông Tứ vào khoảng 7 giờ 28 phút ngày 16/5/2016, thời lượng cuộc gọi 107 giây.
Thực hiện ý kiến chỉ đạo của Chủ tịch thành phố, ông Tứ đã giao cho ông Nguyễn Tiến Học - Phó Giám đốc Sở và vài người khác dừng thực hiện gói thầu.
Đó là những thay đổi sau khi cựu Chủ tịch Hà Nội nhận được email từ ông chủ Nhật Cường qua địa chỉ chunghinhsu… của ông Nguyễn Đức Chung.
Lần thứ 2 Bùi Quang Huy gửi email cho ông Nguyễn Đức Chung qua địa chỉ chunghinhsu… là vào ngày 30/7/2016.
Thời điểm này, Huy gửi mail cho ông Chung đề xuất Chủ tịch Hà Nội dừng tất cả các gói thầu số hóa trên địa bàn thành phố để giao cho Công ty Nhật Cường thực hiện.
Bùi Quang Huy cho rằng, nếu TP.Hà Nội làm đơn lẻ sẽ không tích hợp được vào hệ thống dùng chung của thành phố. Đồng thời, nếu Hà Nội giao công tác số hóa cho Công ty Nhật Cường thực hiện, công ty này sẽ có một khảon thu nhập. Hiện Công ty Nhật Cường đã làm xong thủ tục độc quyền phân phối công nghệ số hóa ABBYY của Cộng hòa Liên bang Nga.
Ngày 1/8/2016, đại diện Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội và đại diện Công ty TNHH Giải pháp phần mềm Nhật Cường (Nhật Cường Software, một công ty trong hệ thống Nhật Cường của Huy) trao đổi, làm việc về thực hiện thí điểm số hóa hồ sơ đăng ký doanh nghiệp và giải pháp về đăng ký doanh nghiệp qua mạng.
Ngày 4/8/2016, Nhật Cường Software có văn bản gửi Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội, trình bày sẽ tiến hành số hóa miễn phí hơn 8,7 nghìn trang, thời gian dự kiến 3 ngày dựa trên dây chuyền số hóa khoa học, hiện đại và phần mềm số hóa ưu việt của hãng ABBYY (Nga), dự kiến sẽ số hóa toàn bộ hồ sơ đăng ký doanh nghiệp trong năm 2016.
Cũng trong ngày 4/8/2016, ông Tứ ký văn bản gửi UBND TP.Hà Nội và ông Chung, nêu đã làm việc với Nhật Cường Software, đề nghị chấp thuận cho Nhật Cường Software thực hiện thí điểm số hóa hồ sơ đăng ký doanh nghiệp.
Chỉ 1 ngày sau, cựu Chủ tịch Hà Nội Nguyễn Đức Chung đã có bút phê tại phiếu xử lý văn bản, gửi đến Giám đốc Sở Thông tin và Truyền thông Phan Lan Tú và ông Nguyễn Văn Tứ, nội dung đồng ý cho làm thí điểm.
Nhật Cường Software sau đó có báo cáo kết quả số hóa giai đoạn 1 vào ngày 20/9/2016, đến ngày 2/11/2016, ông Tứ ký văn bản báo cáo UBND TP.Hà Nội về kết quả thực hiện.
Trong đó nêu Nhật Cường Software mới hoàn thành được việc scan văn bản, vẫn chưa hoàn thành xây dựng công cụ đồng bộ tự động để cập nhật số hồ sơ sau khi được scan lên Hệ thống thông tin đăng ký kinh doanh quốc gia theo quy định.
Sở Kế hoạch và Đầu tư đề xuất hoàn thiện hồ sơ lựa chọn nhà thầu, tiếp tục triển khai đấu thầu.
Ngày 23/11/2016, Văn phòng UBND TP.Hà Nội thông báo ý kiến của ông Nguyễn Doãn Toản - Phó Chủ tịch UBND thành phố, giao Sở Kế hoạch và Đầu tư thống nhất với Nhật Cường Software báo cáo bổ sung UBND thành phố về kết quả thực hiện giai đoạn 1.
Tuy nhiên, do Nhật Cường Software thực hiện việc số hóa chưa đáp ứng được yêu cầu nên Sở Kế hoạch và Đầu tư vẫn tiến hành sửa đổi hồ sơ mời thầu, thực hiện đấu thầu gói thầu số hóa năm 2016 theo quy định.
Trong khoảng thời gian Sở Kế hoạch và Đầu tư sửa đổi hồ sơ mời thầu, theo chỉ đạo của Bùi Quang Huy, Lê Duy Tuấn - Giám đốc Kinh doanh Công ty Đông Kinh đã trực tiếp gặp ông Tứ, đề xuất ông này tạo điều kiện giúp đỡ Công ty Nhật Cường tham gia, trúng gói thầu số hóa năm 2016.
Cơ quan truy tố cáo buộc, vị cựu Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư đã ủng hộ và điện thoại cho cấp dưới trực tiếp làm việc với Lê Duy Tuấn.
Hai bên sau đó thống nhất sửa đổi phần kinh nghiệm thực hiện hợp đồng cung cấp hàng hóa tương tự được chia thành 2 loại, gồm hợp đồng cung cấp hàng hóa tương tự về quy mô có tối thiểu 1 hợp đồng giá trị 35 tỷ đồng và 3 hợp đồng cung cấp hàng hóa tương tự theo tính chất công việc…
Ngày 25/11/2016, ông Học ký quyết định phê duyệt điều chỉnh hồ sơ mời thầu, sau đó phát hành hồ sơ mời thầu sửa đổi gói thầu số hóa năm 2016.
Sau khi Sở Kế hoạch và Đầu tư phát hành hồ sơ mời thầu sửa đổi, Tuấn thống nhất với Bùi Quang Huy, báo cáo Võ Việt Hùng - Giám đốc Công ty Đông Kinh về việc nhờ hồ sơ pháp nhân của một số công ty làm "quân xanh", nộp hồ sơ dự thầu để đủ số lượng nhà thầu tham gia và bỏ giá thầu khi cần thiết, nhằm tạo điều kiện cho Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh trúng thầu.
Các đối tượng còn lập "khống" hợp đồng cung cấp và triển khai phần mềm ERP ngày 28/12/2015 giữa Công ty Nhật Cường với Công ty TNHH Thương mại Minh Hoa (công ty do vợ ông Chung làm Giám đốc) để đưa vào hồ sơ năng lực, tham gia đấu thầu.
Bằng các thủ đoạn tinh vi, cuối cùng Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh đã trúng gói thầu số hóa năm 2016, trị giá gần 43 tỷ đồng, thời gian thực hiện 265 ngày (sau thành 730 ngày).
Khi Liên danh ký được hợp đồng, Bùi Quang Huy chuyển nhượng 100% công việc theo nội dung hợp đồng đã ký kết cho Công ty Đông Kinh thực hiện, với trị giá hơn 29 tỷ đồng.