Lý Huệ Tông là vị vua hiếm hoi trong lịch sử Việt Nam bị ghi nhận mắc chứng điên trong lúc đang trị vì. Lần điên thứ nhất được Khâm định Việt sử thông giám cương mục chép: "(Cuối 1216), nhà vua có chứng điên. Nhà vua bị trúng gió, thuốc chữa không công hiệu, từ đó dần dần sinh chứng cuồng dịch: khi thì xưng là thiên tướng giáng hạ, tay cầm giáo và mộc, trên búi tóc cắm lá cờ nhỏ, đùa giỡn múa may suốt ngày; khi thì toát mồ hôi, trong người ráo khát, uống rượu say, ngủ li bì đến mãi hôm sau mới tỉnh, không làm việc được; phải giao hết cả chính sự cho Trần Tự Khánh. Quyền bính trong nước về cả tay họ Trần".
Cần phải khẳng định rằng thời điểm 1216, khi vua Huệ Tông về với quân của Trần Tự Khánh thì không khác gì Hán Hiến đế về với Tào Tháo, tức là không hề có chút quyền hành gì khi quân đội đều là của họ Trần cả. Do vậy, việc nói "quyền bính trong nước về cả tay họ Trần" cũng chỉ là cách nói hợp thức hóa quyền lực của họ Trần trên danh nghĩa mà thôi.
Việc Lý Huệ Tông phải về nương nhờ nhà vợ họ Trần là không hề tự nguyện vui vẻ mà do hoàn cảnh thúc ép. Từ khi vua Huệ Tông lên ngôi năm 1210 đã liên tục xảy ra va chạm với Tự Khánh. Va chạm thứ nhất là việc Tự Khánh kháng chỉ không đưa em gái Trần Thị Dung vào cung vua. Tháng 11.1210, nhà vua sai đón người con gái thứ hai họ Trần, nhưng Trần Tự Khánh không cho vì bực việc triều đình không cho Tự Khánh đến viếng vua Cao Tông (trước đó triều đình e ngại Khánh đi viếng mà lại mang nhiều thuyền bè quân đội đến Tế Giang - nay là Văn Giang, Hưng Yên).
Mùa xuân năm sau, tháng giêng vua lại sai người đi đón người con gái thứ hai của họ Trần về. Nhưng Trần Tự Khánh không cho. Phải mãi đến lần thứ 3, Tự Khánh mới chấp nhận đưa em gái về kinh sư. Tuy nhiên, việc hôn nhân này không làm giảm căng thẳng quan hệ giữa hai nhà Lý - Trần.
Do Đàm thái hậu có ác cảm với nhà Trần, cộng với việc các quan cũ triều Lý xúc xiểm nên tình hình đẩy đến căng thẳng vào 1213. Bị đánh lén, Trần Tự Khánh (có lẽ nghĩ là do bị phe Huệ Tông gây sự) đã dẫn quân vào cung cấm đốt cầu Ngoạn Thiềm rồi kéo về bến Đại Thông. Bị đốt cung, Huệ Tông tức giận sai Đoàn Thượng và Đàm Dĩ Mông đánh Trần Tự Khánh. Tháng 3, nhà vua tự làm tướng đi đánh Trần Tự Khánh ở Mễ Sở. Đó là lần thứ nhất Huệ Tông - Tự Khánh giao chiến.
Đầu 1214, Trần Tự Khánh hội họp các đạo binh lại mà thề nguyền tại miếu thờ Đỗ Thái úy ở Đông Phù Liệt để sắp muốn đánh kinh sư. Nhà vua tự làm tướng đi đánh Trần Tự Khánh. Gặp lúc có sương mù lớn, trời đất đen tối, người ở trong thuyền không phân biệt được nhau. Nhà vua tiến quân đến Mễ Sở thì gặp quân của Vương Lê và Nguyễn Cải đánh trống reo hò để làm núng lòng quan quân của nhà vua. Rồi quân nhà vua tự nhiên tan vỡ. Quân sĩ đều phải bỏ thuyền, lên bộ mà chạy. Vương Lê, Nguyễn Cải bắt được thuyền rồng (thuyền của nhà vua). Đó là lần thứ hai nhất Huệ Tông - Tự Khánh giao chiến mà phần thua thuộc về vua.
Sau lần giao chiến thứ 2 này, nhà vua ở trại Trà Đình nghe các đại quân đều thua to mới sợ mà sai đưa xa giá vào trong cung cấm để đón Thái hậu lên thuyền chạy sang Lạng Châu. Trận thua này khiến binh lực, uy tín của vua Lý sụt giảm nghiêm trọng trong lúc khí thế nhà Trần lại lên cao.
Tiếp đó, Tự Khánh mấy lần cử người nhận lỗi đón vua về như Huệ Tông từ chối. Điều mà Huệ Tông cay nhất Tự Khánh là sau đó viên tướng này lập vị vương khác lên ngôi và đốt phá cung thất nhà Lý. Đại Việt sử lược chép: "Tháng 4, Trần Tự Khánh phát binh đi cướp vàng bạc và tài vật ở trong phủ đường của các quan. Nhân đó mới đón Nguyễn Vương đi đến hành cung Lị Nhân. Rồi sai Lại Linh đốt cung thất ở kinh đô, gồm có 19 sở", "Tháng 6, Trần Tự Khánh đánh Nguyễn Nộn ở cung Thánh Nghi, rồi đốt cung ấy", "Tháng 9, Trần Tự Khánh dẫn binh xâm phạm cửa khuyết. Nhà vua cùng với Thái hậu may mắn được hội quân để chống giữ. Ngày đó Trần Tự Khánh thả quân sĩ đi cướp lấy các tài vật trong phủ của nhà vua. Rồi lại đốt phá gần hết cung thất và nhà dân ở trong kinh thành. Ngày Kỷ Tỵ, nhà vua cùng với Thái hậu trở về kinh sư thấy cung thất bị thiêu hủy hư hỏng hết cả mới trọ lại ở đền Chúa Thánh bên cạnh cầu Thái Hòa. Nhà vua sai dựng ngôi nhà tranh để ở".
Vì nỗi nhục 3 lần bị đốt cung thất nên đầu năm 1215, Lý Huệ Tông xuống chiếu: "Trần Tự Khánh tụ tập đảng tặc hung bạo cướp phá trộm cắp chốn kinh sư. Dưới nước, trên cạn đều có quân tiến đánh làm phương hại đến tông miếu xã tắc mà trong mùa đông qua, cái khí thế mạnh lại càng bốc mạnh hơn. Trần Tự Khánh đốc xuất lũ buông tuồng tham tàn bạo ngược. Chúng cướp bóc tài vật của ta. Chúng đốt sạch cung thất của ta. Cho đến nỗi các khu xóm ở kinh thành hóa thành đống tro tàn. Trẫn nhân vì cái nỗi căm giận của ức triệu thần dân lại nhờ cái linh thiêng của một ông tổ và sáu ông tông. Đem cả sáu quân, thân hành đánh dẹp chúng. Vậy tướng soái sĩ tốt các ngươi khi đã đều được nghe lời chiếu này thì mỗi người phải đem hết tâm lực ra mà dùng làm cho đầy đủ theo ý trẫm".
Có thể thấy mối quan hệ giữa Huệ Tông và Tự Khánh năm 1215 đã ở thế không thể sống chung với nhau. Sau đó, Tự Khánh còn thêm một lần đốt cung Động Nhân vào giữa 1215. Vậy mà cuối năm đó, Huệ Tông phải về nương nhờ Tự Khánh vì 3 lý do. Thứ nhất, thừa hiểu các sứ quân khác chẳng ai có lòng trung thành thật cả nên nếu phải dựa thì thà dựa người mạnh nhất.
Thứ hai, Huệ Tông là nạn nhân của cuộc chiến mẹ chồng - nàng dâu mà vua thì trọng cả tình lẫn hiếu và cuối cùng bị Trần Thị Dung tác động để sang ở nhờ ông anh vợ Tự Khánh. Thứ ba, trong lúc không có nhiều sự lựa chọn thì Huệ Tông tin vào những lời hứa hẹn của Tự Khánh. Tự Khánh cũng đảm bảo giữ ngôi vua cho Huệ Tông bằng việc phế Huệ văn vương, trả lại mũ bình thiên, trả lại ghế bằng vàng... Nhưng rốt cuộc khi vua Lý Huệ Tông về với Tự Khánh thì vỡ mộng nhanh chóng.
Cuối năm 1215 về với Trần Tự Khánh và năm 1216 thì vua Lý Huệ Tông phát bệnh buộc khiến ta dấy lên ngờ vực về chuyện Huệ Tông có thật sự bị điên hay không. Có 3 giả thiết được đặt ra:
Thứ nhất, vua Huệ Tông điên thật. Thế nhưng, tại sao lúc khổ sở vì chạy loạn hay khi tâm can giằng xé giữa mẹ và vợ thì không điên mà đến lúc về sống nương nhờ nhà họ Trần, không còn phải lo cái ăn, cái mặc lại phát điên? Phải chăng sống với họ Trần bị đè nén trăm bề nên tinh thần lại hoảng loạn đến mức phát điên? Còn không, một người có thần kinh bình thường rồi vào một ngày nào đó không gặp biến cố nào mà tự dưng "trúng gió" rồi điên thì quả thực khó tin.
Thứ hai, vua Huệ Tông điên giả kiểu Tôn Tẫn. Trong bối cảnh bị Trần Tự Khánh kiểm soát gắt gao và sẵn sàng manh động nếu thấy vua có lòng khác thì có lẽ giả điên là cách tốt nhất để bảo vệ an toàn tính mạng.
Thứ ba, vua Huệ Tông không điên mà bị bộ máy truyền thông của nhà Trần khi đó thêu dệt nhằm hạ uy tín của Huệ Tông. Điều đó giúp dọn đường cho việc Lý Huệ Tông phải rút lui khỏi ngai vàng để chuyển ngôi sang cho họ Trần. Một chi tiết đáng chú ý là trong khi các bộ chính sử Đại Việt sử ký toàn thư và Khâm định Việt sử thông giám cương mục nói Huệ Tông phát bệnh điên vào 1216 thì các bộ sử thời Trần như Đại Việt sử lược và An Nam chí lược lại không hề nhắc lấy một dòng (dù Đại Việt sử lược thì kể chi tiết mấy chuyện vua đi xem cá hay vua ăn trái vải). Sử xưa chép không đồng nhất, chỉ hận là không thể quay ngược thời gian để xem rõ thực hư sự việc mà thôi.
Mỗi người sẽ tin vào một giả thiết khác nhau trong sự kiện Lý Huệ Tông phát bệnh điên nhưng sau khoảng thời gian phát bệnh có vẻ rất nặng đó thì nhà vua có nhiều hoạt động khá sôi nổi được ghi chép trong Đại Việt sử lược.
Chẳng hạn tháng 4.1217, nhà vua ngự ở tòa Lương Thạch để nghe bại quân Phạm Ân biện bạch. Nhà vua giáng Phạm Ân xuống làm tên Tiêu thị vệ và bị phạt 80 trượng. Hay đầu 1218, nhà vua hạ chiếu, các bản án đã xét xử xong rồi, trước hết phải khiến trao cho các quan ở viện Thẩm hình dự xét để sửa đổi thêm, sau đó mới tâu lên vua xét. Đầu 1219, nhà vua nghe việc kiện tụng ở Đô hộ phủ. Người có thần kinh yếu mà lại thích nghe việc biện bạch, kiện tụng rồi chỉ đạo quy trình xét xử thì thật là hiếm có. Có lẽ khi binh quyền mất hết thì nhà vua cũng chỉ còn quyền hành ở mỗi mấy vụ xử án tù phạm nhỏ nhặt mà thôi.
Mặc dù vậy, Khâm định Việt sử thông giám cương mục chép đến đầu 1224: "Chứng bệnh nhà vua ngày càng nặng, thuốc chữa mãi cũng không công hiệu. Thủ độ quản lĩnh điện tiền chư quân hộ vệ cấm đình, xét xử tất cả mọi việc". Lần thứ 2 sử chép chuyện vua Lý Huệ Tông có vấn đề về thần kinh. Lúc này thì việc vua điên thật, điên giả hay không điên cũng không còn quan trọng nữa khi nhà Trần thấy điểm sôi cho việc thay đổi triều đại đã tới. Lý Huệ Tông mất ngai là điều khó tránh nhưng ông cũng cao mưu khi kịp tung quả bom nổ chậm khiến nhà Trần nháo nhào suốt một thời gian dài sau này. Đó là điều sẽ được đề cập trong phần tiếp theo.