Mùa hè năm 1908, sức khỏe của Từ Hi thái hậu ngày càng chuyển biến xấu. Một ngày nọ, "Lão Phật Gia" đột nhiên cảm thấy đau bụng dữ dội, tiêu chảy không ngừng, 1 ngày đi ngoài đến mười mấy lần. Những ngày tiếp theo, thậm chí còn đi ra mủ và máu.
Các thái y ra sức chữa trị cho Từ Hi, nhưng bệnh tình của vị thái hậu này không những không có dấu hiệu tốt lên mà còn ngày càng trở nặng. Biết rõ bản thân sắp không qua khỏi, nhưng Từ Hi thái hậu vẫn quyết đích thân xử lý chuyện triều chính, nắm giữ quyền lực đến giây phút cuối cùng. Trong vòng 2 ngày trước khi qua đời, Từ Hi thái hậu đã làm tổng cộng 5 chuyện sau.
Theo nhiều lời đồn chưa được kiểm chứng, Từ Hi thái hậu chính là kẻ đứng sau cái chết của vua Quang Tự. Theo đó, nguyên nhân khiến Từ Hi làm vậy là vì nghe tin vua Quang Tự rất hả hê trước việc bà đã mắc bệnh nặng.
Thực tế khi ấy, vua Quang Tự đang bị giam giữ ở Doanh Đài, tình hình sức khỏe cũng không khả quan, nhưng tốt hơn tình trạng của Từ Hi nhiều. Khi vừa nghe nói đến bệnh tình Từ Hi chuyển xấu, vị hoàng đế bù nhìn đã không giấu được sự mừng rỡ ra mặt. Nhưng với 1 hoàng đế không có thực quyền lại đang bị giam lỏng như Quang Tự, diễn biến tâm trạng của ông đâu có thể qua mắt được "tai mắt" của Lão Phật Gia.
Chưa cần để Từ Hi đích thân ra lệnh, những thuộc hạ của vị thái hậu này đã ngầm hiểu ý chủ nhân và ra tay với Quang Tự. Rất nhanh, mấy ngày sau, sức khỏe vốn đang có khởi sắc của vua Quang Tự liền chuyển biến xấu đi. Đến ngày 14/11/1908, ông qua đời.
Về sau, các nhà khảo cổ cũng đã phát hiện ra nguyên nhân cái chết của vua Quang Tự khác xa so với ghi chép trong lịch sử. Sau khi khám nghiệm quần áo và tóc của vị vua này, họ đã đưa ra kết luận: trúng độc thạch tín. Về kẻ đứng sau cái chết của vua, nhiều ý kiến cho rằng chính là Từ Hi thái hậu. Và lời đồn Từ Hi vì muốn "kéo" theo Quang Tự cùng chết là một trong những ý kiến được bàn tán nhiều nhất về cái chết của vị vua bạch mệnh này.
Sau khi vua Quang Tự qua đời, Từ Hi tự cảm thấy bản thân cũng sắp không qua khỏi. Do đó đã triệu tập 7 vị trọng thần của triều đình đến và viết di chiếu. Di chiếu của Từ Hi gồm 4 điều.
Điều đầu tiên là để cháu trai vua Quang Tự - Ái Tân Giác La Phổ Nghi nhập cung kế thừa ngai vàng. Thực ra chuyện này sớm đã được Từ Hi quyết định, nhưng đến khi trước lúc lâm chung mới chính thức công bố. Vua Quang Tự vốn không có con cái, nên Từ Hi liền chọn 1 thành viên nhỏ tuổi nhất trong hoàng thất để thừa kế đại nghiệp nhà Thanh.
Đây cũng là điều thứ 2 trong di chiếu của Từ Hi. Vì Phổ Nghi tuổi còn nhỏ, chưa có khả năng xử lý chuyện quốc gia đại sự nên Từ Hi đã gửi gắm nhiệm vụ này cho cha của tiểu hoàng đế - Ái Tân Giác La Tái Phong. Tái Phong không chỉ là thành viên hoàng thất mà còn có thực lực, cốt cách, nên quyết định này của Từ Hi được đánh giá là khá sáng suốt.
Từ Hi quả không hổ danh là người phụ nữ chuyên quyền, đam mê quyền lực, cho đến giây phút cuối đời, bà vẫn quyết giữ lấy thực quyền cho gia tộc. Mặc dù đã giao quyền nhiếp chính cho Tái Phong, nhưng Từ Hi vẫn không quyên dặn dò cháu gái Long Dụ phải để mắt đến Tái Phong.
Theo di chúc của Lão Phật Gia, cha ruột Phổ Nghi trong quá trình thay con xử lý chuyện triều chính nếu gặp bất cứ vấn đề lớn nào thì đều phải thương lượng với Long Dụ, khi được Long Dụ đồng ý mới được thực thi.
Sau khi đã sắp xếp mọi chuyện xong xuôi, Từ Hi bắt đầu lo nghĩ đến chuyện tang lễ của bản thân và vua Quang Tự. Theo quy định, sau khi chết đi, thi thể của Từ Hi sẽ được đặt tại Từ Ninh Cung, nhưng Từ Hi không muốn vậy, liền nói ra nguyện vọng này của bản thân đến các vị đại thần trong triều.
Sau đó, mong muốn của Từ Hi đã thành hiện thực. Triều đình nhà Thanh thống nhất sẽ chuyển linh cữu thái hậu từ Từ Ninh Cung đến Hoàng Cực Điện.
Sau khi nguyện vọng được đáp ứng, đôi mắt của Từ Hi thái hậu đã mệt mỏi đến mức không thể mở ra được nữa. Lúc này các cung nữ, thái giám và quan lại trong cung cũng bắt đầu quỳ rạp xuống đất, khóc lóc thương tiếc. Lão Phật Gia cố gắng mở mắt cáo từ mọi người lần cuối và lìa khỏi trần thế không lâu sau đó.