Các nhà khảo cổ đã khai quật các hiện vật từ năm 1960 đến năm 2010 tại một số địa điểm của Nhật Bản, bao gồm hai lâu đài - lâu đài Iwatsuki và lâu đài Hachioji. Các đồ vật của ninja có thể có từ cuộc vây hãm Odawara diễn ra vào năm 1590. Trong cuộc vây hãm này, gia tộc Toyotomi và Tokugawa đã đánh bại gia tộc Hojo, họ đã kiểm soát một phần lớn Nhật Bản, và chiếm được cả hai lâu đài.
Cuộc bao vây diễn ra trong thời kỳ Sengoku (1467-1615), thời kỳ mà Nhật Bản bị chia cắt bởi nhiều lãnh chúa tranh giành quyền lực. Các văn bản lịch sử đề cập đến ninja là gián điệp và kẻ phá hoại trong thời gian này và họ có thể đã tham gia vào cuộc bao vây.
Các hiện vật bao gồm những viên đất sét có thể là dạng ban đầu của makibishicaltrop, một loại vũ khí có gai nhọn có thể làm bị thương bàn chân của binh lính và ngựa. Những hiện vật này có thể là vũ khí của một "nhóm chiến đấu có thể hoạt động như ninja", Iwata Akihiro, một nhà khảo cổ học và người quản lý tại Bảo tàng Lịch sử và Văn hóa Dân gian tỉnh Saitama, cho biết.
Akihiro cho biết, những vũ khí này có thể đã được chế tạo vội vàng trước cuộc bao vây. Tuy nhiên, mặc dù được chế tạo vội vã, nhưng chúng có thể đã phát huy tác dụng. Những viên đá ném phẳng "được sử dụng để ngăn chặn chuyển động của kẻ thù sẽ tấn công của đối phương bất cứ lúc nào, và trong khi kẻ thù bị chặn lại, người lính đã trốn thoát. Trong khi đó, những viên đất sét có thể ngăn chặn chuyển động của kẻ thù đã xâm chiếm lâu đài.
Mặc dù được trang bị vũ khí, các ninja của gia tộc Hojo đã không thể cứu các lâu đài, vì cả hai đều thất thủ trước những đội quân lớn hơn nhiều của gia tộc Toyotomi và Tokugawa.
Vào năm 1615, gia tộc Tokugawa thành công trong việc thống nhất toàn bộ Nhật Bản dưới sự cai trị của họ, thành lập một Mạc phủ nắm quyền trong nhiều thế kỷ.