Liên quan đến vụ án, bị can Tất Thành Cang - cựu Phó Bí thư Thành ủy TP.HCM, Phạm Văn Thông - cựu Phó chánh Văn phòng Thành ủy, Huỳnh Phước Long - cựu Trưởng phòng quản lý đầu tư kinh doanh vốn của Văn phòng Thành ủy và Phan Thanh Tân - cựu Phó Chánh Văn phòng Thành ủy cùng 6 bị can khác bị đề nghị truy tố về tội vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí 498 tỷ đồng.
Theo hồ sơ, tháng 11/2000, Công ty TNHH MTV đầu tư và xây dựng Tân Thuận (viết tắt công ty Tân Thuận) là công ty có vốn nhà nước được UBND huyện Nhà Bè giao đầu tư xây dựng dự án Phước Kiển ở xã Phước Kiển, huyện Nhà Bè và được Văn phòng Thành ủy chấp thuận chủ trương đầu tư.
Đến 8/2016, Công ty cổ phần Quốc Cường Gia Lai có văn bản đề nghị hợp tác đầu tư với tỉ lệ 75:25 hoặc xin nhận chuyển nhượng 100% dự án Phước Kiển. Lúc này, ông Trần Công Thiện - Tổng giám đốc Công ty Tân Thuận - chỉ đạo cấp dưới thuê Công ty Kiểm toán và dịch vụ tin học TP.HCM ban hành chứng thư thẩm định giá xác định diện tích 32ha đất tại dự án trên có giá bình quân là 1,05 triệu đồng/m2.
Hội đồng xây dựng giá bất động sản kinh doanh của Công ty Tân Thuận họp và chỉ căn cứ duy nhất vào giá trong chứng thư thẩm định giá để xây dựng đơn giá chuyển nhượng là 1,25 triệu đồng/m2.
Tháng 6/2017, Công ty Tân Thuận đã chuyển nhượng 32ha đất Phước Kiển cho Công ty Quốc Cường Gia Lai với giá 1,29 triệu đồng/m2 và nhận 374 tỷ đồng, tiền thuế VAT là 23 tỷ đồng.
Sau đó cơ quan chức năng kiểm tra phát hiện việc chuyển nhượng sai quy định và giá chuyển nhượng rẻ hơn thị trường gây thiệt hại cho nhà nước nên hợp đồng bị hủy bỏ, Công ty Tân Thuận đã trả lại cho Công ty Quốc Cường Gia Lai 374 tỷ đồng, tiền thuế VAT là 23 tỷ đồng và tiền lãi suất là 21 tỷ đồng, gây thiệt hại cho Nhà nước 215,5 tỷ đồng.
Tương tự, đối với 32.967m2 đất thuộc khu IV dự án khu dân cư Ven Sông tại phường Tân Phong, quận 7, Công ty Tân Thuận cũng căn cứ vào chứng thư thẩm định giá của Công ty Thương Tín, xác định giá trị bình quân khu đất này là hơn 17,6 triệu đồng/m².
Đến tháng 11/2017, Công ty Tân Thuận đã chuyển nhượng toàn bộ khu đất này cho Công ty Quốc Cường Gia Lai với giá 20 triệu đồng/m², gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 283 tỷ đồng.
Cơ quan điều tra xác định trong vụ án này, ông Tất Thành Cang và thuộc cấp thực hiện hành vi phạm tội có tổ chức, lợi dụng chức vụ, quyền hạn để thực hiện hành vi trái pháp luật.
Trước đó, Viện KSND TP.HCM trả từng yêu cầu trả hồ sơ điều tra bổ sung khẩn trương định giá tài sản của Công ty Tân Thuận tại thời điểm công ty này và Công ty cổ phần Quốc Cường Gia Lai ký hợp đồng chuyển nhượng một phần dự án khu dân cư Ven Sông vào tháng 11.2017 và thời điểm khởi tố vụ án vào tháng 12.2019. Từ đó xác định tài sản nhà nước bị thất thoát và biện pháp thu hồi tài sản bị thất thoát.
Ngoài ra, Cơ quan An ninh điều tra cũng đã truy thu 21 tỷ đồng mà Công ty Quốc Cường Gia Lai nhận của Công ty Tân Thuận khi hai bên thỏa thuận hủy hợp đồng tại dự án Phước Kiển.
Về vấn đề chưa khắc phục được thiệt hại đối với dự án khu dân cư Ven Sông do phần diện tích 11.967m2 của dự án này sau khi được Công ty Tân Thuận chuyển nhượng cho Công ty Quốc Cường Gia Lai đã cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất. Hiện tại, cơ quan điều tra đang tiến hành điều tra và nếu có thất thoát thì cơ quan điều tra xác định lại giá phù hợp để bên nhận chuyển nhượng chi trả bổ sung.