Nghe lời mật tấu đầy ác ý gièm pha của Hồ Quý Ly, Thượng hoàng Trần Nghệ Tông đã mù quáng tin tưởng, rồi ra tay tàn độc với Vua Trần Phế Đế.
Trần Nghệ Tông (1321 - 1394) tên thật là Trần Phủ, là vị vua thứ 8 của nhà Trần trong lịch sử Việt Nam. Ông là em trai của Vua Trần Hiến Tông và là anh trai của Vua Trần Dụ Tông, Trần Duệ Tông. Trong khi đó, Trần Phế Đế có tên thật là Trần Hiện, là con trưởng của vua Trần Duệ Tông và Gia Từ Hoàng hậu Lê thị. Ông là vị vua thứ 10 của nhà Trần, trị vì từ năm 1377 đến 1388.
Theo sử sách, dù Thượng hoàng Trần Nghệ Tông được ca ngợi có công lao lớn, nhưng vẫn bị phê phán là nhu nhược, nối giáo cho giặc. Sách Đại Việt Sử Ký Toàn Thư chép: Nghệ Tông dẹp yên được tai nạn bên trong, khôi phục được cơ đồ to lớn. Công nghiệp lớn lao, sáng lòa vũ trụ. Song, cung kính kiệm ước thì có thừa mà cương nghị, quyết đoán lại không đủ, bên ngoài thì quân giặc xâm phạm kinh kỳ, bên trong thì gian thần ngấp nghé ngôi báu. Xã tắc suy mòn, rồi đến diệt vong.
Trong cuốn Việt Nam sử lược, Trần Trọng Kim bút phê: Cơ nghiệp nhà Trần xiêu đổ là tại vua (Dụ Tông và) Nghệ Tông... Nghệ Tông không biết phân biệt hiền gian để kẻ quyền thần được thế làm loạn, thành ra tự mình nối giáo cho giặc, tự mình làm hại nhà mình vậy.
Nguyễn Khắc Thuần cũng viết trong Việt sử giai thoại: Nghệ Tông vốn tin tưởng và gửi gắm cơ nghiệp vào vua em Duệ Tông mạnh mẽ, rồi khi vua em chết, vì quá thương tiếc, ông lập cháu lên thay. Thế nhưng, vì lời xui bẩy của Hồ Quý Ly, ông đã bức chết cháu.
Theo sử sách, trước thực trạng Thượng hoàng Trần Nghệ Tông quá tin dùng và trao nhiều quyền lực cho người họ ngoại là Hồ Quý Ly, rồi ông này lại luôn tìm cách phát triển thế lực riêng, Phế Đế nhận thức rõ mối nguy nên vô cùng lo lắng... Thế là, để diệt trừ họa ngoại thích, nhà vua đã bàn mưu với Thái úy (Ngạc) để hại Hồ Quý Ly… Nhưng âm mưu bị bại lộ, Hồ Quý Ly đã mật tâu và bóng gió với Thượng hoàng: "Cổ lai chỉ có bỏ cháu nuôi con, chứ chưa thấy ai bỏ con nuôi cháu bao giờ".
Vậy là vào ngày 6 tháng 12 năm Mậu Thìn (1388), nghĩa là bốn tháng sau khi nghe lời mật tấu đầy ác ý gièm pha của quan Đồng bình chương sự Hồ Quý Ly và cũng là thông gia của mình, Thượng hoàng Trần Nghệ Tông quyết định phế bỏ vua Trần Phế Đế. Đây là một trong những cuộc phế lập rất thương tâm, được sách Đại Việt sử kí toàn thư ghi lại như sau: 'Tháng 12, ngày mồng 6, sáng sớm, Thượng hoàng vờ ngự về An Sinh sai Điện hậu hộ vệ, rồi sai Chỉ huy hậu nội nhân gọi Vua tới bàn việc nước. Vua chưa kịp ăn, vội đi ngay, chỉ có hai người theo hầu mà thôi. Đến nơi, Thượng hoàng bảo Vua: Đại vương lại đây! Nói rồi, lập tức cho người đem Vua ra giam ở chùa Tư Phúc".
Cùng thời điểm đó, Nghệ Tông tuyên đọc nội chiếu rằng: Trước kia Duệ Tông (là em vua Nghệ Tông) đi tuần phương Nam không trở về, dùng con đích để nối ngôi là theo đạo thời xưa. Song, quan gia (tức Vua Phế Đế) từ khi lên ngôi đến giờ vẫn còn trẻ con lắm; giữ đức không thường, thân mật với bọn tiểu nhân, nghe bọn Lê Á Phu, Lê Dữ Nghị gièm pha vu hãm người công thần làm dao động xã tắc, nên giáng xuống là Linh Đức Đại vương. Song nước nhà không thể không có người đứng chủ, ngôi báu không thể bỏ không, nên đón Chiêu Định vương vào nối đại thống. Bá cáo trong ngoài để mọi người đều biết".
Việc truất phế bất ngờ này đã gây nên một làn sóng phản kháng khá mạnh mẽ của quan quân và tướng sĩ. Cũng theo sách Đại Việt sử ký toàn thư, nhiều tướng chỉ huy của các phủ quân cũ như tướng chỉ huy quân Thiết Liêm là Nguyễn Khoái, Nguyễn Vân Nhi, tướng chỉ huy quân (thiếu tên đơn vị) là Nguyễn Kha, Lê Lặc, tướng chỉ huy quân Thiết Sang là Nguyễn Bát Sách... định đem quân vào cướp lấy Vua đem ra. Vua viết hai chữ giải giáp đưa cho các tướng và răn bảo họ không được làm trái ý Thượng hoàng nên các tướng mới thôi. Lát sau, Thượng hoàng (sai người) dìu Vua xuống phủ Thái Dương thắt cổ cho chết".
Bàn về việc làm tàn ác này của Thượng hoàng Trần Nghệ Tông, Nguyễn Khắc Thuần nhận xét: Muốn cướp ngôi, trước phải làm cho thời loạn thêm loạn. Muốn làm cho thời loạn thêm loạn, trước phải làm cho hoàng tộc sát hại nhau. Lúc ấy, trong cuộc hoàng tộc giết hại nhau, không gì kinh khủng bằng việc Thượng hoàng giết vua. Nhà đã dột từ nóc tất phải gỡ đi mà làm lại. Quý Ly mượn được cả tay Thượng hoàng để giết vua, gớm thay! Mới hay, người cầm quyền bính mà tai thích nghe lời xu nịnh gièm pha thì không có chuyện gì lại không thể xảy ra.
Nghệ Tông xuống chiếu kết tội Phế Đế nhưng hậu thế lại kết tội chính Nghệ Tông. Sinh thời cậy quyền cậy thế để tác oai tác quái, có biết đâu khi đã chết, dẫu ngàn năm vẫn chưa hết lời hậu thế chê bai. Còn như Phế Để lúc ấy, thế đã vậy thì đành phải vậy. Đáng để trách chăng là ở chỗ, nhà vua ở ngôi lúc tuổi trẻ dồi dào sức lực và trí tuệ, song lại không làm được điều gì cho xứng với ngôi vị của mình. Làm vua như vậy, dễ thay!