Nếu như các vị hoàng đế trước đây của Việt Nam chỉ chú trọng xây dựng lực quân thì Nguyễn Huệ lại lấy lực lượng hải quân làm xương sống.
Từ năm 1775, đại bộ phận Quân đội Tây Sơn đặt dưới quyền chỉ huy của Nguyễn Huệ, được xây dựng theo hướng thủy bộ hóa, có tổ chức chặt chẽ, phù hợp với yêu cầu tác chiến tiến công, gồm quân thủy và quân bộ. Quân thủy là quân tác chiến thực sự và có sự phân chia theo chức năng, thành 4 loại lực lượng: tác chiến trên biển (gồm các thuyền đại hiệu mang nhiều đại bác, chở nhiều quân), tác chiến sông - biển (gồm các thuyền vừa, gắn đại bác), tuần tiễu (trang bị các du thuyền) chuyên tuần phòng, đánh cắt giao thông đường thủy, tiên phong (thuyên buồm nhẹ) chuyên đi đầu trong thủy chiến.
Tồn tại chưa đầy 3 thập kỷ nhưng triều đại Tây Sơn đã 2 lần đánh bại quân xâm lược ngoại quốc là quân Xiêm La và quân nhà Thanh bằng những chiến dịch quân sự thần tốc.
Theo các tư liệu lịch sử, thủy quân Tây Sơn có hơn 600 thuyền chiến, hơn 5 vạn lính và có nhiều loại thuyền khác nhau. Thuyền lớn để chở quân, lương thực, hàng hóa. Thuyền còn được gắn pháo để đánh chìm thuyền địch.
Thời đó, thủy quân Tây Sơn do Đô đốc Võ Văn Dũng chỉ huy có ba loại tàu trang bị nhiều pháo, gồm: Loại lớn nhất có 9 tàu, mỗi tàu có 66 đại bác và 700 thủy binh; loại thứ hai có 5 tàu, mỗi tàu có 50 đại bác và 600 thủy binh; loại thứ ba có 40 tàu, mỗi tàu có 16 đại bác và 200 thủy binh. Và nhiều loại thuyền chiến cỡ nhỏ khác nhưng được đánh giá là rất lợi hại. Vì nhỏ dễ xoay xở, nếu ở sông sẽ chạy bằng chèo, số thủy thủ đủ để thay phiên nhau chèo; nên vừa thủy chiến trên sông hiệu quả, lại vận chuyển binh lính đánh tập kích địch từ xa.
Chaigneau và Barizy là các sĩ quan người Pháp trực tiếp hỗ trợ Nguyễn Ánh giáp mặt thủy quân Tây Sơn đã phải thừa nhận sự tồn tại ngoài sức tưởng tượng khi chứng kiến các chiến hạm Tây Sơn. Chaigneau là người từng chỉ huy chiếc tàu kiểu châu Âu lớn nhất trong thủy quân Nguyễn Ánh khi đó, nhưng chỉ có 32 khẩu đại bác và rất bất ngờ khi tận mắt chứng kiến tàu chiến Tây Sơn trang bị tới 50 - 60 súng đại bác cỡ lớn.
"Số pháo, lính trên các chiến hạm Tây Sơn tương đương với các hạng chiến hạm lớn nhất ở châu Âu đương thời. Các tàu chiến này vượt xa loại tàu mà Pháp, Bồ Đào Nha cung cấp cho Nguyễn Vương (tức Nguyễn Ánh)", Barizy kể lại.
Nhà Tây Sơn thừa hưởng công nghệ đóng tàu của Đàng Trong và đầu tư phát triển hạm đội của riêng mình khá dễ dàng. Lực lượng của họ quả thực rất đáng kể khi mà vừa thu dụng tàu thuyền của Hải tặc vừa nâng cấp và triển khai đóng mới. Việc này là một chiến lược khôn ngoan vì tàu hải tặc sẽ đủ để đáp ứng về số lượng, và việc đầu tư nâng cấp diễn ra sau khi hạm đội thành lập sẽ dễ dàng hơn là xây mới từ đầu.
Cuối thế kỷ XVIII, John Barrow là một người Anh, sang nước ta trong những ngày Tây Sơn đóng nhiều tàu nhất (1792-1793) đã nhận xét: "Có một nghề đặc biệt trong các nghề mà xứ Đàng Trong hiện nay có thể tự hào, đó là nghề đóng thuyền biển… Thuyền biển của họ đi không nhanh, nhưng rất an toàn, bên trong được chia thành nhiều khoang. Loại này rất chắc, có thể va vào đá ngầm mà không chìm, vì nước chỉ vào được một khoang mà thôi. Hiện ở Anh đã bắt chước cách đó để đóng tàu".
Và sau khi nghiên cứu địa hình, những đội tàu của nhà Tây Sơn được đóng với nhiều kích thước khác nhau như thuyền lớn để chở quân, lương thực, vật liệu và tàu nhỏ nhẹ và linh động đùng để bao vây, tấn công và xung kích. Khi tháo chạy có thể tỏa ra ngàn hướng rất khó bị tổn thất, khi tập trung đông lại thì lên đến hàng ngàn thuyền với sức xung kích khổng lồ. Đó cũng là lý do tại sao thủy quân thời Tây Sơn lại nổi tiếng đến như thế, phù hợp với phong cách dùng binh của Nguyễn Huệ thần tốc, bất ngờ, áp đảo, tiến đánh cũng như rút lui rất nhanh.
Như trong Hoàng Lê nhất thống chí có nói đến việc Quang Trung "đóng tàu biển" thật lớn, có thể chở "voi" để dọa đánh nhà Thanh và thậm chí còn mô tả thuyền "Đại hiệu" như một pháo đài di động, trên "lập chòi gát, đặt súng lớn".
Có thể nói, việc triều đại Tây Sơn và Nguyễn về sau, có thể đóng nhiều loại thuyền, trong đó có chiến thuyền, đã cho thấy truyền thống, khả năng đi biển, chinh phục và làm chủ biển khơi của người Việt khiến các nước khâm phục.