Trong văn bản gửi Thủ tướng, UBND Hà Nội cho biết để có đủ không gian bố trí tháp làm mát, thông gió cao 13 m và phòng máy phát điện, cần phải mở rộng diện tích công trình phụ trợ tại đất của Tổng Công ty Điện lực Hà Nội lên 705 m2, tăng 260 m2 so với phương án đề xuất ban đầu. Đồng thời, dự án sẽ lấy thêm 25 m2 phần đất của UBND thành phố để đảm bảo thi công.
Thành phố tiếp tục đề xuất nghiên cứu bố trí ga C9 ra ngoài Vùng bảo vệ II của di tích Hồ Hoàn Kiếm. Thiết kế ga xếp chồng 4 tầng, có 2 cửa lên xuống với kết cấu thân ga dài 202,4 m, rộng 15 m, sâu 31 m, trùng với ranh giới vùng bảo vệ II.
Ngoài ra, một phần ke ga và thân nhà ga nằm trong đường cong bán kính 800 m bên dưới đường Đinh Tiên Hoàng, phía trước Tổng Công ty Điện lực Hà Nội, Tổng Công ty Điện lực miền Bắc và trụ sở HĐND-UBND Hà Nội.
Hồi tháng 3, UBND Hà Nội đã thống nhất phương án quy hoạch tổng thể mặt bằng ga C9 để làm cơ sở hoàn chỉnh hồ sơ, điều chỉnh chủ trương đầu tư dự án tuyến đường sắt đô thị Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo.
Hơn 10 năm sau khi được phê duyệt, vị trí ga C9 vẫn chưa được thống nhất.
Tuyến đường sắt đô thị số 2 được phê duyệt báo cáo nghiên cứu khả thi từ năm 2008, ký kết hợp đồng dịch vụ tư vấn năm 2013. Điểm đầu tuyến tại khu đô thị Nam Thăng Long (Ciputra), theo đường Nguyễn Văn Huyên kéo dài - Hoàng Quốc Việt - Hoàng Hoa Thám - Thụy Khuê - Phan Đình Phùng - Hàng Giấy - Hàng Đường - Hàng Ngang - Hàng Đào - Đinh Tiên Hoàng - Hàng Bài và kết thúc trên phố Huế (ngã tư giao với đường Nguyễn Du).
Theo phương án đã được phê duyệt, tuyến đường sắt dài 11,5 km, trong đó đoạn trên cao 2,6 km, đoạn ngầm gần 9 km. Tổng đầu tư của dự án sau điều chỉnh hơn 34.670 tỷ đồng, sử dụng vốn vay ODA của Chính phủ Nhật Bản và vốn đối ứng từ ngân sách nhà nước.