Các công trình nghiên cứu sử và sách viết về Hoàng Hoa Thám, cũng như cuộc khởi nghĩa Yên Thế do ông lãnh đạo từ trước đến nay có rất nhiều. Song vẫn còn những điều khác biệt, nhất là về lai lịch, xuất thân và cái chết của Hoàng Hoa Thám.
Trung tâm Lưu trữ Quốc gia Hải ngoại Pháp ở Aix-en-Provence (Pháp) hiện lưu giữ khoảng 500 hồ sơ về Hoàng Hoa Thám và cuộc khởi nghĩa Yên Thế. Từ nguồn tài liệu này và qua một số tài liệu tại Trung tâm Lưu trữ quốc gia I (Hà Nội), những vấn đề nêu trên được làm sáng tỏ hơn.
Hồ sơ 36.222, phông Phủ Thống sứ Bắc Kỳ, Trung tâm Lưu trữ Quốc gia Hải ngoại Pháp cho biết: “Theo một số người nói thì ông nội Hoàng Hoa Thám làm Án sát tỉnh Quảng Yên. Cha Hoàng Hoa Thám làm nghề nông ở làng Trũng, huyện Việt Yên, tỉnh Bắc Giang, sau này bị bắt vì có hành động nổi dậy chống Pháp, rồi bị giam và chết trong nhà tù để lại một người con trai đặt tên là Giai Thiêm (hoặc Giang Thiêm) (tức Hoàng Hoa Thám sau này)”.
“Lúc nhỏ, Hoàng Hoa Thám ở nhà chăn trâu tại làng Ngọc Cục (Yên Thế), lớn lên cũng lấy vợ ở làng ấy và sinh được một người con trai đặt tên là Cả Trọng. Theo một số người khác thì nói rằng: Hoàng Hoa Thám là người gốc ở tỉnh Thanh Hoá, tên thật là Trương Văn Thám, cha là Trương Văn Trinh, sống ở Ninh Giang (Hải Dương) làm nghề buôn gạo”.
“Năm 17 tuổi, Hoàng Hoa Thám đã thu nạp được một số nghĩa sĩ ở quê ông là làng Trũng để hoạt động. Khoảng năm, sáu năm sau ông mở rộng phạm vi hoạt động sang các vùng Võ Giàng, Quế Dương, Hiệp Hòa, Việt Yên.
Năm 20 tuổi, ông gia nhập lực lượng của Trần Quang Soạn, lãnh binh ở tỉnh Bắc Ninh để chống lại quân Pháp khi vừa đến xâm chiếm Hà Nội. Ba năm sau, ông theo về dưới trướng của Thương Phúc cũng là một thủ lĩnh chống Pháp ở các vùng Vân Nam, Túc Sơn, Hòa Mạc (là các vùng hoạt động dưới sự ảnh hưởng của một thủ lĩnh chống Pháp lớn là Cai Kinh).
Đến năm 1886, Cai Kinh nhận ra những bản lĩnh lớn của chàng trai Giai Thiêm (tức Hoàng Hoa Thám) nên đã phong cho ông chức Chánh Đề Đốc, từ đây người ta quen gọi ông với tên là Đề Thám. Ở vào giai đoạn này, ông bắt đầu nổi tiếng và lực lượng nghĩa binh của ông đã tăng nhiều”.
Phong trào nổi dậy khởi nghĩa chống thực dân Pháp của nghĩa quân Yên Thế dưới sự lãnh đạo của Hoàng Hoa Thám kéo dài 29 năm (từ 1884 đến 1913). Trong suốt thời gian này, nghĩa quân đã tiến hành nhiều cuộc tấn công vào các căn cứ, đồn trú của quân Pháp, gây nhiều tổn thất cho quân Pháp, làm điên đảo đầu óc của những tên lãnh đạo thực dân, khiến chúng ăn không ngon, ngủ không yên. Tài liệu lưu trữ của Pháp và Việt Nam đều ghi rất đậm nét các hoạt động này.
Viên tướng Gell trong báo cáo ngày 27/4/1909 gửi Bộ trưởng Bộ Thuộc địa và Chiến tranh của Pháp đã viết như sau:”Trong số những địch thủ mà chúng ta đã phải đương đầu từ khi mới đến Bắc Kỳ thì, chắc chắn rằng một trong những “tên” chính, cứng đầu cứng cổ nhất là đề đốc Hoàng Hoa Thám tức Đề Thám”.
Vào cuối năm 1912, phong trào khởi nghĩa của nghĩa quân Yên Thế đã coi như ngừng hoạt động. Đề Thám rút vào ẩn náu trong rừng sâu, quân Pháp tốn rất nhiều công sức để truy tìm ông. Pháp đã treo thưởng 3.000 đồng tiền Đông Dương cho ai bắt hoặc giết được Đề Thám và cử những tên tay sai đắc lực len lỏi vào hang cùng, ngõ hẻm ở các vùng Yên Thế để dò la tin tức và tìm cách mưu sát ông. Nhưng những thủ đoạn này của chúng đều không thu được kết quả.
Sau rất nhiều công sức truy tìm, nhờ vào các tin tức do Vong Sam, chỉ huy nhóm người Hoa ra đầu hàng quân Pháp cung cấp, thực dân Pháp biết được nơi ẩn náu cụ thể của Đề Thám. Chúng đã giao Lương Tam Kỳ và con trai hắn là Lương Văn Phúc thực hiện việc truy lùng để giết ông.
Báo cáo của Richy, Đồn trưởng đồn Chợ Gồ gửi viên chỉ huy quân Pháp ở Phủ Lạng Thương, đề ngày 10/02/1913 về việc Đề Thám bị giết, cho biết: “Vào sáng ngày 10/2/1913, ba tên thám báo người Hoa (trong nhóm ra đầu hàng quân Pháp trước đây) trong đó có Lý Bắc trước đây là tá điền của Đề Thám đã giúp sức đắc lực trong việc giết Đề Thám trong lúc ông đang ngủ vào khoảng 5h sáng”. (Hồ sơ số 36.211, phông Phủ Thống sứ Bắc Kỳ, Trung tâm Lưu trữ Quốc gia Hải ngoại Pháp)
Báo cáo số 67 đề ngày 10/2/1913 của viên Phụ trách Khu Đại lý hành chính (Délégué de la Délégation administrative) Pháp ở Nhã Nam gửi cho viên Công sứ Pháp ở Bắc Giang cũng nói rằng vào lúc 5h sáng ngày 10/02/1913, những tên người Hoa ra đầu thú quân Pháp đã mang đầu của Đề Thám đến trình báo cho Richy.
Báo cáo của viên đội người Pháp là Demariaux cho biết y đã đến tận nơi ẩn náu của Đề Thám khi ông mới bị giết theo sự dẫn đường của Lý Bắc để xác minh sự việc. Demariaux đã mô tả chi tiết như sau: “Đề Thám ở trong một cái hang khoảng trên 10 m2, đào sâu xuống đất thành một cái hầm khoảng 2 m2 để làm chỗ ngủ. Đề Thám mặc bộ quần áo màu chàm giống như trang phục của người Thổ, thân thể ông không thể hiện những nét như của một người trên 50 tuổi mà còn rất săn chắc, không có nhiều nốt ruồi như những người Thổ khác, chỉ có một vài vết mờ trên thân thể, cằm phải có một cái sẹo…”.
Sự kiện quân Pháp giết hại Đề Thám đã gây chấn động dư luận thời gian đó. Trong suốt những ngày giữa tháng 2/1913, giới lãnh đạo quân Pháp ở các nơi gửi báo cáo, gửi điện, hoặc hỏi nhau về việc Đề Thám bị giết.
Như vậy là sau 29 năm hoạt động chống lại quân Pháp, Đề Thám và nghĩa quân Yên Thế đã gây cho quân Pháp những tổn thất nặng nề và nhiều phen điêu đứng. Cuối cùng do tương quan lực lượng của nghĩa quân yếu hơn quân Pháp nên Hoàng Hoa Thám bị quân giết hại. Mặc dù, cuộc khởi nghĩa của nghĩa quân Yên Thế chấm dứt hoạt động, nhưng khí phách của Hoàng Hoa Thám, tinh thần của cuộc khởi nghĩa vẫn ghi đậm trong trang sử vàng chống ngoại xâm của dân tộc ta.