Dòng chảy của sông Đà đã được chuyển sang kênh nhân tạo dẫn dòng, mà thượng lưu và hạ lưu của kênh đều có đê quai. Các công việc xây dựng nhà máy thủy điện đã tiếp tục bình thường đúng theo kế hoạch, trong hai năm liền không có trục trặc và sự cố.
Tuy nhiên, vào tháng Giêng năm 1985, những trận mưa lớn chưa từng thấy đã nâng mực nước sông Đà lên cao độ. Nước đe dọa nhấn chìm hố móng, nơi đang thực hiện các công việc cơ bản để xây dựng nhà máy thủy điện. Tất cả những gì mà hàng chục nghìn công nhân xây dựng đã tạo ra trong sáu năm đã bị đe dọa. Ngoài ra còn có máy móc xây dựng và trang thiết bị mà Liên Xô đã cung cấp cho trạm thủy điện tương lai.
Khi đó, ông Ngô Xuân Lộc, chuyên gia Việt Nam tốt nghiệp đại học ở Liên Xô, và trưởng nhóm chuyên gia Liên Xô Pavel Bogachenko quyết định đưa đi sơ tán các công nhân từ hồ móng và đường hầm, và điều toàn bộ xe tải trút của công trình ra vùng đê quai, để củng cố và nối dài đê quai ngăn nước.
Mực nước tiếp tục lên cao. Chỉ còn khoảng nửa mét và đê quai sẽ ngập nước. Nhưng, mọi người đều quyết tâm mở chiến dịch phản công: dù có nguy cơ rơi xuống nước mà mực nước ngập đến nửa bánh xe, những chiếc xe tải tiếp tục chở đá hộc lao xuống nước. Ông Ngô Xuân Lộc và ông Pavel Bogachenko trực tiếp chỉ đạo dòng xe ra vào, họ đứng ở ngay vị trí nguy hiểm nhất. Cuộc đấu trí đấu lực với thiên tai đã kéo dài hai ngày đêm. Vào giờ phút nguy hiểm nhất chỉ còn khoảng 20cm và đê quai sẽ ngập nước. Rồi sau đó mực nước bắt đầu giảm. Ngày hôm sau các chuyên gia Liên Xô đã nhận được bức thư của các đồng chí Việt Nam lãnh đạo công trường xây dựng Nhà máy Thủy điện Hòa Bình. Trong đó có đoạn viết:
“Theo chủ nghĩa quốc tế, các đồng chí tận tâm làm việc tại công trường xây dựng là biểu tượng cao đẹp của tình hữu nghị Xô-Việt. Các đồng chí hiến dâng toàn bộ sức lực, hiểu biết và trái tim cho đất nước Việt Nam — quê hương của chúng tôi. Đây chính là tình hữu nghị anh em giữa hai nước chúng ta. Chúng tôi tin vào thành công chung mới của chúng ta”.
Và những thành công mới đã đến sớm. Tháng Giêng năm 1986, các công nhân xây dựng đã hoàn thành việc ngăn nhánh sông nhân tạo và bắt đầu đưa nước vào hồ chứa. Toàn bộ công trình thủy điện đã vượt qua một thử thách nghiêm trọng vào tháng 7 năm đó, khi lũ trên sông Đà dâng tới mức nước tối đa với lưu lượng dòng chảy là 13,5 nghìn mét khối/giây. Trong năm 1987, các công nhân đã thực hiện thành công nhiệm vụ nâng cao mức đập lên 60 mét trong thời gian 6 tháng, là tốc độ nhanh chưa từng thấy về xây dựng thủy điện.
Đến giữa năm 1987, ngoài tổ hợp hầm ngầm, các cơ sở thủy điện chính đã sẵn sàng chịu áp lực nước. Đập ngăn sông Đà được hoàn thành với chiều dài 743 mét, cao 128 mét.
Tiếp đến, sâu trong lòng núi bên trái bờ đập, những nhà xây dựng đường tầu điện ngầm Moskva đã cắt xong cửa thoát đưa nước vào tuốc bin thủy lực, mở đường và thi công buồng máy. Kích thước buồng máy thật đáng kinh ngạc, với chiều dài bằng 1/4 kilomet, chiều rộng — 20 mét và chiều cao — 55 mét. Bên trong buồng máy có 8 động cơ tuốc bin với tổng công suất 1.920 Megawatt. Sâu xuống dưới hàng chục mét là gian dành cho các tuốc bin, trạm biến áp và thiết bị phụ trợ.
Toàn bộ tổ máy được khoét trong những vách đá rắn chắc. Ông Nguyễn Văn Thành, Giám đốc nhà máy thuỷ điện, đã nhận xét rằng, “chỉ có thể phá hủy đập nếu ném trúng một trái bom nặng vài tấn, khi ấy các hoạt động khôi phục đất đá và bê tông sẽ khá phức tạp. Nhưng tất cả các thiết bị của nhà máy sẽ vẫn an toàn, ngay cả sau khi nổ quả bom có sức công phá mạnh hơn”.
Trước thềm năm mới 1989, tổ máy đầu tiên của nhà máy đã được đưa vào khai thác công nghiệp. Tổ máy cuối cùng được đưa vào vận hành vào tháng 4 năm 1994. Thủy điện Hòa Bình đã được khánh thành vào tháng 12 năm 1994.
Khó có thể đánh giá hết ý nghĩa của Thủy điện Hòa Bình, cơ sở này trở thành công trình thuỷ lực lớn nhất ở Đông Nam Á. Nhà máy trên sông Đà đã giải quyết những vấn đề phát triển kinh tế quan trọng nhất đối với Việt Nam khi ấy. Trước hết làm gia tăng đáng kể sản lượng điện lực, tạo điều kiện sử dụng toàn bộ nguồn lực sản xuất của ngành công nghiệp phía Bắc Việt Nam. Từ năm 1995, xét về mức tiêu thụ điện năng, Việt Nam tự tin trở thành một trong những nước đi đầu trong khu vực Đông Nam Á.
Hồ chứa nước với diễn tích 200 km vuông và dung lượng gần sáu tỷ mét khối nước cho phép điều chỉnh an toàn chế độ nước trong khu vực rộng lớn, trong đó có hơn một triệu hecta lúa. Công trình thuỷ điện còn tác động tới hoạt động hàng hải trên sông Đà. Phía trên hồ nước khoảng 200 kilomet, các tầu bè tích cực đi lại.
Hàng trăm chuyên gia Liên Xô tham gia xây dựng các nhà máy thủy điện đã được tặng các phần thưởng cao quý của Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam. Chuyên viên xô-viết chính của công trình xây dựng nhà máy thủy điện Hòa Bình, ông Pavel Bogachenko được tặng danh hiệu Anh hùng Lao động Việt Nam.
Cả hiện nay Thủy điện Hòa Bình có tầm quan trọng lớn đối với Việt Nam. Nhà máy này được coi là một trong những dự án hợp tác lớn nhất giữa Liên Xô và Việt Nam cũng như giữa Nga và Việt Nam, là một ví dụ nổi bật về tình anh em Việt — Nga. Những kinh nghiệm thu lượm được trong quá trình xây dựng Thủy điện Hòa Bình là rất hữu ích khi xây dựng bậc thang thứ hai và bậc thang thứ ba của hệ thống thủy điện trên sông Đà.