Bùi Ngọc Long có thể coi là một trong những cầu thủ có sự nghiệp lận đận bậc nhất Việt Nam. Tiền vệ 21 tuổi này trưởng thành từ lò đào tạo của Viettel FC, nhưng rồi không được đội bóng quân đội ký hợp đồng chuyên nghiệp, buộc phải rời đi năm 18 tuổi. Thời gian sau đó, Bùi Ngọc Long xin vào làm nhân viên phục vụ tại căng-tin VFF, rồi lại ra ngoài làm phụ bếp và đi đá phủi.
Giữa năm 2019, Bùi Ngọc Long xuống Quảng Ninh thử việc và được đội bóng đất Mỏ ký hợp đồng. Năm 2020, cầu thủ gốc Thanh Hóa này được HLV Phan Thanh Hùng đôn lên đội 1 Than Quảng Ninh dự V.League và ra sân tổng cộng 4 trận. Thế nhưng cuối năm 2021, vì ảnh hưởng của dịch Covid-19 và cả những khó khăn về nhà tài trợ, Than Quảng Ninh buộc phải giải thể. Bùi Ngọc Long một lần nữa trở thành cầu thủ tự do và quyết định gia nhập Sài Gòn FC.
Khoác áo Sài Gòn FC, Bùi Ngọc Long nằm trong nhóm 5 cầu thủ trẻ được lãnh đạo đội bóng gửi sang Nhật Bản thi đấu theo dạng hợp tác trao đổi cầu thủ. Cụ thể, tiền vệ 21 tuổi này thi đấu theo dạng cho mượn tại Azul Claro Numazu. Tại đây, cầu thủ sinh năm 2001 có hai lần ra sân từ ghế dự bị tại J3 League, đá chính một trận ở Cúp Hoàng đế.
Tưởng như Bùi Ngọc Long sẽ có quãng thời gian xuất ngoại đáng nhớ thì những tin không vui lại ập đến. Sài Gòn FC gặp khó khăn về tài chính, chấm hứt hợp tác với Azul Claro Numazu và thanh lý hợp đồng với toàn bộ các cầu thủ, trong đó có Bùi Ngọc Long. Trong thời điểm bị Sài Gòn FC thanh lý hợp đồng, Bùi Ngọc Long bị mắc kẹt tại Nhật Bản và phải rất khó khăn, anh mới có thể trở về Việt Nam vào cuối năm 2023 để hoàn tất các giấy tờ thanh lý.
Cuối năm 2022, nhận lời mời từ HLV Lê Quốc Vượng, Bùi Ngọc Long đồng ý ký hợp đồng 2 năm với CLB Hòa Bình để chinh chiến tại giải Hạng Nhất Quốc gia 2023. Được biết, một trong những lý do chính khiến Bùi Ngọc Long gật đầu với đại diện miền Tây Bắc là nhận thấy tham vọng rất lớn trong việc tranh đoạt tấm vé lên chơi V.League vào cuối mùa của đội bóng này.
Mới đây, trong đợt tập trung đầu tiên của U23 Việt Nam dưới thời HLV Philippe Troussier, Bùi Ngọc Long đã góp mặt. Anh là cầu thủ duy nhất trong số 41 cầu thủ đang tập trung tại Trung tâm bóng đá trẻ VFF từng ra nước ngoài thi đấu.
3 năm trước, Bùi Ngọc Long từng được HLV Philippe Troussier gọi lên U19 Việt Nam ở 3 đợt tập trung chuẩn bị cho vòng chung kết U19 châu Á 2020. Giải đấu sau đó bị LĐBĐ châu Á (AFC) hủy, khiến Ngọc Long cùng nhiều cầu thủ khác của lứa 2001 không còn cơ hội ở cấp độ này. Khi HLV Troussier trở lại, ông không quên Bùi Ngọc Long, trao cho anh cùng lứa cầu thủ cũ một cơ hội khác ở cấp độ U23.