Theo kết luận điều tra của Cơ quan An ninh điều tra –Bộ Công an về sai phạm trong vụ "chuyến bay giải cứu", Bộ Quốc phòng có trách nhiệm bố trí cơ sở cách ly, cách tác cách ly y tế đối với những công dân cách ly tại cơ sở quân đội; tiếp nhận, đề xuất, xem xét, cho ý kiến phê duyệt hoặc không phê duyệt kế hoạch tổ chức các chuyến bay giải cứu theo đề xuất của Bộ Ngoại giao.
Về số lượng, tần suất tổ chức các chuyến bay, danh sách doanh nghiệp và số lượng chuyến bay dự kiến được phép thực hiện (tên doanh nghiệp, số chuyến bay đăng ký, địa điểm đón, hãng hàng không vận chuyển, nơi cách ly, ý kiến cảu địa phương, ngày về dự kiến, số lượng người về dự kiến) phù hợp với tình hình dịch bệnh và khả năng cách ly y tế tại địa phương. Tại Bộ Quốc phòng, giao Cục Tác chiến Bộ Tổng Tham mưu và Văn phòng Bộ Quốc phòng thực hiện.
Trong vụ án này, Cơ quan điều tra đề nghị truy tố 54 bị can, trong đó có người từng giữ chức Thứ trưởng Bộ Ngoại giao; Trợ lý Phó Thủ tướng, Phó Chủ tịch UBND tỉnh, thành; nhiều bị can từng là cán bộ tại Bộ Ngoại giao, Bộ Y tế, Bộ Giao thông Vận tải; nhiều người là giám đốc doanh nghiệp…
Đáng chú ý, trong vụ án này, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã quyết định tách hành vi và tài liệu liên quan đến hành vi có dấu hiệu nhận hối lộ xảy ra tại Bộ Quốc phòng sang Cơ quan điều tra hình sự Bộ Quốc phòng để điều tra, xử lý theo thẩm quyền.
Cũng liên quan vụ án này, ngoài 54 bị can bị đề nghị truy tố, có 1 bị can đang bị truy nã, Cơ quan điều tra đã tách tài liệu để xử lý sau. Bị can này là Trần Thị Hà Liên (44 tuổi, thường trú tại Hà Nội – là lao động tự do), bị khởi tố tội Môi giới hối lộ.
Theo tài liệu điều tra, bị cán Trần Thị Hà Liên đã có hành vi làm môi giới trung gian đưa hối lộ số tiền gần 5,6 tỷ đồng cho các cá nhân có thẩm quyền đề xin cấp phép cho Công ty Skyone, ATA và Công ty Việt Nam Travelmart. Cụ thể môi giới đưa cho bị can Vũ Sỹ Cường (nguyên cán bộ Cục QLXNC –Bộ Công an) 4 tỷ 580 triệu đồng, môi giới đưa cho bị can Phạm Trung Kiên (nguyên là Chuyên viên Vụ trang thiết bị và công trình y tế -Bộ Y tế) 1 tỷ đồng.