Trong giai đoạn đầu mùa, Thép Xanh Nam Định đã chơi rất ấn tượng, liên tục nằm trong nhóm dẫn đầu BXH V.League 2023. Trong chuỗi trận ấn tượng của đội bóng thành Nam, vai trò của thủ thành Trần Nguyên Mạnh là vô cùng quan trọng. Bằng kinh nghiệm, sự ổn định trong việc ra vào khung gỗ và khả năng phán đoán, cản phá các pha dứt điểm từ đối phương, thủ môn người Nghệ An đã không ít lần cứu cho đội nhà những bàn thua trông thấy.
Tuy vậy, sau chiến thắng 1-0 trước SLNA ở vòng 6 V.League 2023, Trần Nguyên Mạnh đã báo tin dữ cho HLV Vũ Hồng Việt và các CĐV Nam Định. Cụ thể, anh đã bị tràn dịch đầu gối chân trái. Ngay sau đó, Trần Nguyên Mạnh đã được đưa đi hút dịch và tiêm thuốc. Thật ra, Nguyên Mạnh vốn bị chấn thương giãn dây chằng đầu gối từ cuối tháng 2 và trong tháng 3, khi V.League tạm nghỉ thì thủ môn sinh năm 1991 này đã vào TP.HCM chữa trị. Đang trong quá trình chữa trị và tập hồi phục thì Trần Nguyên Mạnh phải dừng giữa chừng để về thi đấu cho Nam Định tại trận đấu với Hải Phòng ở Cúp QG 2023 và 2 trận đấu thuộc vòng 5 và vòng 6 V.League 2023.
Nói về chấn thương của mình, Trần Nguyên Mạnh thừa nhận, anh đã gặp phải một vấn đề ở đấu gối từ khá lâu và thời gian qua do lịch thi đấu quá dày nên có dấu hiệu quá tải, thậm chí đợt lên tuyển vừa rồi cũng phải tập riêng. Vì thế, tranh thủ đợt nghỉ vừa rồi, cựu thủ thành Viettel FC đã quyết định vào TP.HCM để tiến hành điều trị tại trung tâm hồi phục chấn thương RTD Renad của bác sĩ Trần Huy Thọ.
Không Trần Nguyên Mạnh trong khung gỗ, Thép Xanh Nam Định lập tức nhận trái đắng. Theo đó, ở chuyến làm khách tới sân Hàng Đẫy thuộc vòng 7 V.League 2023, họ đã thảm bại 0-4 trước CLB CAHN.
Rất may là sau vòng 7, V.League 2023 tạm hoãn lần thứ 2 để nhường chỗ cho U22 Việt Nam dự SEA Games 32. Quãng nghỉ quý giá giúp Trần Nguyên Mạnh có thêm thời gian để điều trị dứt điểm chấn thương đầu gối.
Mới đây, tin vui đã đến với HLV Vũ Hồng Việt và CLB Thép Xanh Nam Định. Theo đó, sau thời gian điều trị, Trần Nguyên Mạnh đã hoàn toàn bình phục chấn thương và trở lại tập luyện cùng các đồng đội. Sự trở lại của thủ thành người Nghệ An giúp HLV Vũ Hồng Việt thở phào, nhất là khi giai đoạn 1 V.League 2023 chỉ còn 6 vòng đấu và đều là những "trận chung kết" thực sự, quyết định tới tấm vé góp mặt ở nhóm 8 đội tranh chức vô địch V.League 2023 ở giai đoạn 2.