Theo sách “Đại Việt sử ký toàn thư”, Trần Tự Khánh sinh năm 1175 và mất năm 1223. Quê ông ở Tam Đường, phủ Long Hưng, nay thuộc tỉnh Thái Bình. Trần Tự Khánh là em của Trần Thừa và là anh của Trần Thị Dung. Năm 1209, vua Cao Tông nghe lời gian thần Phạm Du, giết trung thần Phạm Bỉnh Di. Bộ tướng của Bỉnh Di là Quách Bốc khởi binh báo thù cho chủ, đánh vào kinh thành, lập con thứ của vua là Lý Thầm làm vua. Vua Cao Tông chạy lên Quy Hóa, thái tử Sảm chạy về Hải Ấp, nơi Trần Lý cai quản. Sau đó, thái tử Sảm lấy em Trần Tự Khánh là Trần Thị Dung làm vợ.
Tháng 10 năm 1210, Cao Tông mất, hoàng tử Sảm lên ngôi vua, tức là Lý Huệ Tông. Huệ Tông lập Trần Thị Dung làm nguyên phi, Tô Trung Từ được phong làm thái úy. Để lấy lòng Tự Khánh, Huệ Tông phong ông làm Chương Thành hầu. Nghe tin vua Cao Tông mất, Trần Tự Khánh đem thủy quân đến bến Tế Giang (Mỹ Văn, Hưng Yên) xin với cậu là Tô Trung Từ cho cùng dự tang lễ Cao Tông nhưng Trung Từ không cho vì sợ Tự Khánh lại làm loạn như lần trước. Tự Khánh phải đem quân về Thuận Lưu. Cũng tháng đó, Huệ Tông lập em gái Tự Khánh là Trần Thị Dung làm nguyên phi.
Năm 1211, Trung Từ bị quan nội hầu Vương Thượng, là chồng công chúa giết chết. Sau đó, con rể của Tô Trung Từ là Nguyễn Ma La thấy cha vợ bị giết, triều đình nghiêng ngả, bèn sang nói với anh cả Tự Khánh là Trần Thừa, xin tiến binh dẹp yên ấp Khoái. Nhân lúc Ma La kéo đi, kinh thành bỏ trống, Trần Tự Khánh lập tức mang quân về kinh sư. Thấy vậy, các tướng là Đoàn Thượng và Đoàn Văn Lôi nói với vua Huệ Tông rằng: Trần Tự Khánh đem binh về kinh sư là muốn mưu đồ việc phế lập.
Vua Huệ Tông tin là thật, nổi giận bèn hạ chiếu cho các đạo binh đánh Trần Tự Khánh và giáng nguyên phi Trần Thị Dung xuống làm ngự nữ. Đoàn Thượng và Đoàn Văn Lôi đem binh về kinh sư. Huệ Tông hạ chiếu tấn phong tước hầu cho Đoàn Thượng. Sau đó, Đoàn Thượng đem quân đánh anh em họ Trần ở ải Hoàng Điểm. Trần Tự Khánh sai bộ tướng Lại Linh cùng tướng Khoái Châu là Nguyễn Đường ra chống cự. Nguyễn Đường bị bắt. Tự Khánh bị thua, giận dữ phá đê cho nước sông chảy tràn vào các ấp rồi về. Miền Khoái Châu mất tin tưởng ở họ Trần nên theo về với Đoàn Thượng.
Trong khi đó, Tự Khánh vẫn tiếp tục đánh chiếm các miền ở hai bờ sông Hồng để phát triển thế lực. Hai lần ông đánh bại tướng của Đoàn Văn Lôi là Đinh Cẩm, đóng ở Đội Sơn (Duy Tiên, Hà Nam). Họ Trần kiểm soát được cả miền Lý Nhân (Hà Nam). Trần Tự Khánh tìm cách liên kết với hào trưởng Nguyễn Tự để tiêu diệt thế lực của Đoàn Thượng. Đầu năm 1212, sau khi chiếm được đồng bằng hạ lưu sông Hồng và sông Đáy (trừ miền Đại Hoàng), Tự Khánh phát triển thế lực lên Quốc Oai. Vùng Quốc Oai vốn thuộc phạm vi kiểm soát của Nguyễn Tự. Khi đó Tự chết, phó tướng là Nguyễn Cuộc thay thế. Tự Khánh tiến quân lên Quốc Oai, dụ hàng được Nguyễn Cuộc, thanh thế thêm mạnh.
Giữa lúc đó, em họ Trần Tự Khánh là Trần Thủ Độ cùng Trần Hiến Sâm ở tả ngạn cũng đánh thắng quân triều đình. Các tướng họ Trần khác là Phan Lân, Nguyễn Nộn từ Quốc Oai tiến đến chợ Dừa đánh thắng các tướng ở Hồng Châu là Đoàn Cấm, Vũ Hốt. Lý Huệ Tông thất thế phải chạy lên Lạng Châu. Tự Khánh chiếm được kinh đô. Vài ngày sau, ông sai người đem thư lên Lạng Châu gặp Huệ Tông và nói rõ ý mình rằng: Dân tình uất ức, không thấu được lên trên. Cho nên, nhân lòng giận dữ của người trong nước, thần khởi binh dẹp lũ đó, cắt trừ gốc họa, để yên lòng dân mà thôi. Đến như thân phận vua tôi, thần không dám phạm đến một chút nào. Ngờ đâu, phải gánh lấy tội chuyên quyền đánh dẹp, để khiến cho xa giá phải long đong, tự xét tội của thần thật đáng vạn lần chết. Xin bệ hạ nguôi cơn giận dữ, quay xa giá về kinh sư để thỏa lòng người mong muốn.
Mặc dù Trần Tự Khánh đã nói rõ về mục đích của việc mình làm nhưng vua Huệ Tông từ chối không theo.
Cứ theo nội dung của giai thoại trên đây cũng đủ biết, chính sự của nhà Lý vào thời kỳ này đã bước vào giai đoạn đổ nát và suy vi. Bởi vua Cao Tông khi đó chỉ chơi đến bời, vua Huệ Tông thì lại quá nhu nhược và nhà Lý không còn khả năng trị nước nên quần hùng nổi dậy khắp nơi, nước Đại Việt có nguy cơ tái diễn loạn 12 sứ quân cuối thời nhà Ngô. Trong khi đó, vua Huệ Tông lại không muốn dùng ngoại thích nên đã quay một vòng dựa vào các sứ quân khác nhau, nhưng rốt cục phải dựa vào Trần Tự Khánh. Và chính điều này đã chứng minh rằng không sứ quân nào khi đó có tài năng ổn định đại cục bằng Trần Tự Khánh. Chỉ riêng với điều này cũng đã đủ chứng minh rằng Trần Tự Khánh không chỉ là tướng quân tài ba mà còn là ngưới có bản lĩnh chính trị khá già dặn vào thời ấy.
Nếu vua Lý Huệ Tông biết tin và dùng cấp dưới là người có thực tài, bất kể người đó mang họ khác thì đất nước Đại Việt ngày ấy đâu có rơi vào cảnh cát cứ, dân chúng lầm than và "nồi da nấu thịt". Thế mới hay rằng, người ở trên cao nếu không công bằng, không tin vào thuộc hạ mà lại còn thiên vị trong việc dùng người thì ắt có ngày tự mình rước họa vào thân. Và giai thoại trên là một minh chứng, xin hậu thế đừng quên.