Tháng Giêng năm 1627, Trịnh Tráng dẫn vua Lê đi tuần thú với lý do để xem xét tình hình các địa phương ở phía Nam. Trong chuyến đi này, Trịnh Tráng đã huy động cả quân thủy và quân bộ do tướng Nguyễn Khải chỉ huy, rồi bày thế trận ở bờ bắc sông Nhật Lệ. Trước tình thế này, chúa Nguyễn Phúc Nguyên sai Tôn Thất Vệ làm tiết chế, văn chức Nguyễn Hữu Dật làm giám chiến và lĩnh quân bộ ra chống cự. Trận chiến diễn ra rất ác liệt. Quân Nguyễn vừa đánh vừa phao tin đồn rằng ở Đông Đô, Thanh Hoa, hai anh em Trịnh Gia và Trịnh Nhạc nổi loạn. Trịnh Tráng sinh nghi nên rút quân về.
Nghe tin chúa Nguyễn thắng trận, Trần Đức Hòa (người xã Bồ Đề, huyện Bồng Sơn, phủ Quy Nhơn - nay là thôn Hy Văn, xã Hoài Sơn, huyện Hoài Nhơn, tỉnh Bình Định), đang giữ chức Tuần phủ khám lý phủ Quy Nhơn, đã đến yết kiến và chúc mừng. Nhân đó, chúa Nguyễn Phúc Nguyên đã hỏi thăm về trăm họ ở Quảng Nam, Bình Định sướng khổ thế nào. Trần Đức Hòa thưa rằng: Nhờ chúa thượng rộng rãi ân huệ, hiệu lệnh nghiêm minh, nên trăm họ khắp chốn đều được an cư lạc nghiệp.
Nghe Trần Đức Hòa tâu vậy, chúa vui mừng. Và ngay lúc đó, Trần Đức Hòa lấy bài "Ngọa Long Cương ngâm" ra tiến cử với chúa và tâu rằng:
- Bài này do người thầy dạy học ở nhà thần là Đào Duy Từ làm ra, mong chúa chỉ dạy.
Chúa xem thấy lạ, nên sai người đi vời đến gặp. Sau mấy ngày thì Trần Đức Hòa đưa Đào Duy Từ đến ra mắt. Lúc ấy chúa mặc áo trắng, đứng ở cửa ngách chờ. Đào Duy Từ nhìn thấy, đứng lại không đi. Chúa hiểu ý, vào thay áo mũ chỉnh tề ra vời vào. Đào Duy Từ rảo bước vào lạy, rồi cùng nói chuyện. Thấy Đào Duy Từ đối đáp đâu vào đấy, chúa tức thì trao cho chức Nha úy nội tán, tước Lộc Khê hầu, trông coi việc quân cơ trong ngoài và Tham lý quốc chính. Chúa từng nhiều lần vời ông vào cung bàn bạc. Đào Duy Từ bày tỏ hết những điều uẩn khúc trong lòng, điều gì biết đều nói cả. Chúa cho Trần Đức Hòa là biết người, bèn trọng thưởng.
Tháng 10 năm 1629, Trịnh Tráng lại bàn việc đem đại binh chinh phạt miền Nam. Biết tin này, bề tôi là Nguyễn Danh Thế đã tâu rằng:
- Nay ở Phương Nam vua tôi hòa thuận, nước giàu binh mạnh mà ta thì hàng năm đói kém, quân thu không đủ, không bằng sai sứ vào phong cho chúa Nguyễn tước Quốc công, ủy nhiệm cho trấn thủ hai xứ Thuận, Quảng. Đồng thời sai Nguyễn Phúc Nguyên đem quân ra đánh quân Mạc ở Cao Bằng. Nếu vâng mệnh mà đi thì ta đánh rất dễ. Nếu không vâng mệnh thì ta đem quân vào đánh là có danh nghĩa.
Trịnh Tráng nghe theo và sai Lại Bộ thượng thư Nguyễn Khắc Minh đem sắc tiến phong của vua Lê cho chúa Nguyễn Phúc Nguyên làm Tiết chế Thuận Hóa - Quảng Nam, Nhị xứ thủy bộ chủ dinh kiêm Tổng nội ngoại Bình Chương quân quốc trọng sự Thái phó quốc công và giục đến Đông Đô để đi đánh Cao Bằng.
Sứ giả của vua Lê đến, chúa triệu quân thần họp bàn. Có người nói: Sắc mệnh của vua Lê không thể không nhận. Có người nói: Nhà nước ta nay có riêng bờ cõi, đời đời truyền nối, há còn đợi ai phong nữa! Đào Duy Từ thưa rằng:
- Đây là họ Trịnh mượn sắc mệnh vua Lê để nhử ta. Nếu ta nhận sắc mệnh mà không đến thì họ có cớ nói được. Nếu ta không nhận sắc mệnh thì họ tất tiến binh đánh ta. Việc hiềm khích ngoài biên xảy ra thì không có phúc cho dân sinh. Huống chi những thành lũy ta chưa bền vững, quân sĩ chưa luyện tập nhiều, địch đến thì lấy gì mà chống đỡ? Chi bằng hãy tạm nhận cho họ không ngờ để ta có thời gian chuyên việc phòng thủ, rồi sau dùng kế trả lại sắc phong, bấy giờ họ không làm gì được ta nữa.
Nghe xong lời tâu ấy, chúa khen Đào Duy Từ nói phải rồi hậu đại sứ giả và tiễn sứ giả trở về Đàng Ngoài. Đó là kế sách ngoại giao ứng phó hợp thời thế đầu tiên của Đào Duy Từ với chúa Nguyễn.
Theo sách "Đại Nam chính biên liệt truyện", cuộc đời và sự nghiệp Đào Duy Từ giống như một thiên sử bi hùng. Ông đã bị gạt ra khỏi con đường khoa cử (con đường tiến thân duy nhất của Nho sĩ thời xưa), chỉ vì cha mẹ là nghệ sĩ. Nhưng Đào Duy Từ không vì thế mà bi quan, chán nản hay yếm thế chấp nhận bất công. Trái lại, trước những tư tưởng hủ bại của vua Lê - chúa Trịnh ở Đàng Ngoài ngày ấy, ông càng nung nấu ý chí sắt đá phải tự vươn lên để khẳng định mình. Và quyết định đi về phương Nam, tìm đến với chúa Nguyễn của Đào Duy Từ chắc chắn không chỉ vì chút bực dọc nhất thời, mà là cả một tầm nhìn, một sự kỳ vọng lớn lao rằng nơi ấy cần đến tài năng thực sự của ông.
Và thực tế chỉ trong vòng tám năm về bên chúa Nguyễn mà sự nghiệp của Đào Duy Từ được các vua Nguyễn sau này xếp vào hàng đệ nhất khai quốc công thần. Thế mới biết tài năng khi được phát hiện và trọng dụng thì có ích biết nhường nào. Tất nhiên sự nghiệp rực rỡ của Đào Duy Từ không thể tách rời sự anh minh sáng suốt trong tài dùng người của Nguyễn Phúc Nguyên. Đây chính là bài học quý giá cho hậu thế về thời cơ và điều quan trọng hơn là phải biết người, biết ta thì mới mong đến được với sự thành công.