Theo kết luận Thanh tra Chính Phủ, Vinafood 2 vốn là công ty 100% vốn nhà nước. Tháng 12/2017, tổng công ty này chuyển đổi sang công ty cổ phần và Nhà nước nắm giữ hơn 51% vốn.
Kết luận Thanh tra Chính phủ chỉ ra Vinafood 2 đã 4 lần cố tình làm trái chỉ đạo của Thủ tướng. Đó là Vinafood 2 không thực hiện lập lại phương án sắp xếp nhà đất 33 Nguyễn Du, số 34-36-42 Chu Mạnh Trinh để trình Thủ tướng quyết định; Vinafood 2 tự ý liên kết hợp tác với Công ty Việt Hân không được cấp có thẩm quyền thẩm duyệt, quyết định; Vinafood 2 không xây dựng phương án thoái vốn để cấp có thẩm quyền phê duyệt…
Hàng loạt động thái cố tình đó của Vinafood 2 để nhằm bán trót lọt nhà đất công được giao trên cho Công ty Việt Hân của ông Đinh Trường Chinh vào cuối năm 2015, trước khi cổ phần hóa. Năm 2010, Vinafood 2 được cấp giấy chứng nhận cho khu đất với mục đích xây dựng cao ốc, trung tâm thương mại, thời hạn giao đất 50 năm.
Ngày 12/11/2015, Vinafood 2 hợp tác với Công ty Việt Hân để lập ra Công ty TNHH 2 thành viên có tên Công ty TNHH TM DV XD Việt Hân Sài Gòn (viết tắt Công ty Việt Hân Sài Gòn) để thực hiện dự án xây dựng cao ốc. Công ty Việt Hân Sài Gòn có vốn điều lệ 800 tỷ đồng. Trong đó, Vinafood 2 góp 20% vốn (bằng tiền mặt 160 tỷ đồng), còn Công ty Việt Hân góp 80% vốn bằng 640 tỷ đồng.
Tuy nhiên thực tế Vinafood 2 thỏa thuận góp vốn bằng quyền sử dụng khu đất với Công ty Việt Hân. Ngày 18/12/2015, Công ty Việt Hân Sài Gòn được cấp chứng nhận đầu tư.
Với chiêu thoái vốn, ngày 25/12/2015 Vinafood 2 đã chuyển nhượng 20% giá trị vốn góp trong Công ty Việt Hân Sài Gòn với giá 570 tỷ đồng, thực chất là bán khu đất dùng để góp vốn. Đầu năm 2016, bằng các thủ đoạn khai báo mập mờ, Vinafood 2 đã hoàn tất thủ tục để được cơ quan nhà nước cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng khu đất từ Vinafood 2 sang Công ty Việt Hân Sài Gòn.
Vẫn theo kết luận Thanh tra Chính phủ, như vậy đến đầu năm 2016, bằng các chiêu thức hợp tác lòng vòng, Vinafood 2 đã bán khu đất cho Công ty Việt Hân Sài Gòn với giá 570 tỷ đồng. Đáng nói, tiền mua khu đất này lại chính là tiền vốn điều lệ do Công ty Việt Hân Sài Gòn góp.
Ngay sau đó Việt Hân Sài Gòn bán 99% vốn góp của công ty này cho một nữ Việt kiều với giá 792 tỷ đồng. Lúc này, Công ty Việt Hân chỉ còn giữ lại 1% vốn góp trong Công ty Việt Hân Sài Gòn. Liền sau đó, nữ Việt kiều bán lại 99% vốn góp trong Công ty Việt Hân Sài Gòn cho Công ty CP bất động sản Mùa Đông với giá 1.980 tỷ đồng.
Theo ghi nhận của các cơ quan quản lý xuất nhập cảnh, nữ Việt kiều này nhập cảnh vào Việt Nam chỉ vài ngày và dùng quốc tịch Việt Nam để hoàn tất thương vụ nhằm tránh các yêu cầu về thủ tục đầu tư đối với nhà đầu tư nước ngoài.
Tiếp đó, Công ty Việt Hân Sài Gòn và Công ty CP bất động sản Mùa Đông bán hết 100% vốn trong Việt Hân Sài Gòn cho 2 công ty khác là Công ty CP Saigon Dimension và Công ty Đầu tư BOB. Giá trị ghi trong hợp đồng chuyển nhượng tăng từ 1.980 tỷ đồng lên 2.250 tỷ đồng.
Kết luận thanh tra chỉ rõ, hành vi của Vinafood 2 bán tài sản nhà nước sang tư nhân trong năm 2015 gây thất thoát lớn tài sản của Nhà nước. Tạm tính tiền sử dụng đất của nhà đất trên trong năm 2015 là vào khoảng hơn 1.979 tỷ đồng.
Ông Đinh Trường Chinh (cựu Giám đốc Công ty TNHH TM QC XD địa ốc Việt Hân) bị khởi tố về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí", tại số 33 Nguyễn Du, số 34-36-42 Chu Mạnh Trinh (diện tích hơn 6.200m2, phường Bến Nghé, quận 1, TP.HCM), gây thiệt hại cho Nhà nước hàng nghìn tỷ đồng, như Thanh tra Chính phủ kết luận vào tháng 12/2020.
Cùng bị khởi tố với ông Chinh với tội danh trên còn có ông Huỳnh Thế Năng (cựu Tổng Giám đốc Tổng Công ty Lương thực miền Nam - Vinafood 2).