Theo kết luận điều tra vụ Vạn Thịnh Phát, từ năm 2017, thực trạng ngân hàng SCB đã "rất xấu" và bản chất là âm vốn chủ sở hữu, theo kết luận điều tra mới ban hành. Lý do là Trương Mỹ Lan, Chủ tịch HĐQT tập đoàn Vạn Thịnh Phát sử dụng nhà băng này để huy động tiền gửi của người dân rồi rút ra sử dụng cá nhân.
Việc này khiến SCB thay vì là ngân hàng thu lãi từ hoạt động cho vay lại trở thành kênh huy động vốn của Trương Mỹ Lan. Bà ta cũng yêu cầu người của mình trong SCB phải bưng bít, báo cáo không trung thực hiện trạng.
Khi bị thanh tra Ngân hàng Nhà nước (NHNN) vào cuộc, bà Lan "dùng thủ đoạn mua chuộc" cán bộ thanh tra, để họ che giấu, báo cáo không trung thực về thực trạng của SCB.
Nhóm cán bộ NHNN cũng đồng ý và "ngậm miệng ăn tiền", bao che sai phạm cho Trương Mỹ Lan dẫn tới SCB tiếp tục được huy động tiền gửi của người dân, dẫn tới thiệt hại trong vụ án tăng cao.
Người có chức vụ cao nhất trong NHNN liên quan vụ án là Nguyễn Văn Hưng, cựu Phó chánh Thanh tra, phụ trách cơ quan thanh tra giám sát NHNN. Ông là người ký văn bản giao Đỗ Thị Nhàn làm trưởng đoàn, tiến hành thanh tra ngân hàng SCB.
Ông Hưng sau đó chỉ đạo cấp dưới và đoàn thanh tra bao che sai phạm của SCB, không làm theo chỉ đạo của Chính phủ dẫn tới NHNN và Chính phủ không đủ thông tin, tài liệu để xử lý sai phạm của SCB.
Quá trình thực hiện nhiệm vụ, Nguyễn Văn Hưng nhiều lần nhận tiền từ SCB, tổng số 390.000 USD (hơn 8,7 tỷ đồng) và hiện đã giao nộp toàn bộ. Ông ta bị đề nghị truy tố tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Cấp dưới của ông Hưng, bị can Đỗ Thị Nhàn là trưởng đoàn thanh tra SCB, biết rõ thực trạng ngân hàng này rất yếu kéo, thua lỗ nặng nề. Thay vì báo cáo trung thực, bà Nhàn nhận hối lộ 5,2 triệu USD của Trương Mỹ Lan và chỉnh sửa số liệu, biến SCB từ rất xấu thành bình thường.
Một người khác trong đoàn thanh tra, bị can Nguyễn Văn Thùy, cựu Phó ban Kiểm tra của một ngân hàng kiêm Phó trưởng Ban Giám sát tài chính quốc gia. Vị này đã 6 lần nhận tổng cộng 21.000 USD, 60 triệu đồng cùng nhiều quà tặng là áo sơ mi, áo phông, yến từ ngân hàng SCB nên cũng bao che sai phạm tại đây.
Hầu hết trong số 20 thành viên đoàn thanh tra SCB năm 2018 đều nhận tiền của Trương Mỹ Lan và ngân hàng này. Có 7 người được cơ quan điều tra xác định là "thứ yếu", làm việc theo chỉ đạo nên không xử lý hình sự.
Ngoài các bị can thuộc cơ quan thanh tra NHNN, phía điều tra còn cáo buộc 4 cán bộ thuộc NHNN chi nhánh TP.HCM cũng nhận từ 470 triệu đồng đến 1,8 tỷ đồng để bao che sai phạm cho Trương Mỹ Lan. Việc này gây hậu quả đặc biệt lớn khi riêng dư nợ tại SCB của các tổ chức, cá nhân liên quan bà Lan đã lên tới hơn 677.286 tỷ đồng.
Bên cạnh đó, 11 người là thành viên Tổ giám sát các giai đoạn từ năm 2016 đến 2022 cũng "nhận quà" của SCB trong các dịp lễ, Tết. Tuy nhiên, họ đã chủ động khai báo, giúp tiến hành điều tra và "trả lại quà" nên không bị xử lý hình sự.
Ông Tô Duy Lâm, cựu Giám đốc NHNN chi nhánh TP.HCM bị cơ quan điều tra xác định là người đứng đầu đơn vị chịu trách nhiệm trực tiếp theo dõi, quản lý SCB. Ông Lâm tuy không nhận tiền, chỉnh sửa báo cáo liên quan nhà băng này nhưng vẫn "có trách nhiệm trong quản lý" với việc để xảy ra sai phạm của cấp dưới. Cảnh sát không xử lý hình sự ông Lâm nhưng cho rằng, cần xử lý nghiêm về mặt Đảng, chính quyền.