Theo kết quả xác minh, năm 2019, khi làm Phó Giám đốc Ban Quản lý rừng đặc dụng Phong Quang có trụ sở tại Tổ 9, phường Quang Trung, thành phố Hà Giang, trong quá trình tổ chức thực hiện Phương án thí điểm giao khoán, gắn biển cây gỗ nghiến để quản lý tại khu bảo tồn thiên nhiên Phong Quang, Trực đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn, làm trái công vụ, gây thất thoát, lãng phí tài sản của Nhà nước với số tiền hơn 600 triệu đồng.
Tại cơ quan điều tra, bước đầu, Hoàng Văn Trực đã thừa nhận hành vi vi phạm của mình. Vụ án đang tiếp tục được điều tra, làm rõ.