Chùa Bối Khê là một trong số ít những ngôi già lam cổ tự vẫn còn tồn tại vững trãi, song hành cùng nhiều biến động của lịch sử dân tộc Việt.
Ngôi chùa này đã trải qua 8 lần trùng tu từ thời Trần, thời Hồ, thời Lê Sơ, thời Mạc, thời Lê Trung Hưng, thời Nguyễn, đến năm 1998, Sở Văn hoá - Thông tin Hà Tây (cũ) đã chỉnh sửa lại gác chuông bị hư hỏng nhẹ do đạn pháo của Pháp nã vào sân chùa năm 1947. Gần đây nhất là năm 2006, dự án tu bổ, tôn tạo do Sở Văn hóa - Thông tin Hà Tây thực hiện với các hạng mục kiến trúc hiện diện như ngày nay.
Chùa Bối Khê là nơi thờ tự theo dạng cách “Tiền Phật, hậu Thánh” (giống như Chùa Thầy - huyện Quốc Oai - Hà Nội; Chùa Keo - Thái Bình…), phía trước là nơi thờ Phật, phía sau là nơi thờ đức Thánh Bối Nguyễn Bình An.
Tương truyền, vào cuối thời Trần (thế kỷ XIII), ở vùng Bối Khê có bà mẹ trẻ, do dẫm chân vào vết chân người khổng lồ trên đá rồi mang thai và sinh ra một cậu con trai. Cậu bé rất khôi ngô, đĩnh ngộ, bẩm sinh từ bi vô lượng.
Thuở nhỏ, do nhà nghèo, cậu bé thường ở ngôi chùa làng và sau đó xuất gia, tầm sư học đạo. Cậu bé ấy chính là Đức Thánh Bối (Thánh Bối Nguyễn Bình An) - Ngài là vị thiền sư đắc đạo sống giữa thời Trần. Ngài thuộc dòng họ Nguyễn, sinh năm Tân Tỵ (năm 1281) đời vua Trần Nhân Tông. Ngài là người làng Bối Khê, có công sửa sang lại ngôi chùa.
Ngày nay, ở chùa Bối Khê, người ta vẫn gìn giữ những sinh hoạt văn hoá tín ngưỡng liên quan như: Lễ hội chùa Bối Khê (được tổ chức vào ngày 10 - 12 tháng Giêng hằng năm), Lễ cầu mưa cũng được tổ chức vào cùng thời gian và Tục kết chạ giữa hai làng Bối Khê - Tiên Lữ (được tổ chức từ ngày 12-13 tháng Giêng hằng năm).
Ông Nguyễn Văn Hợp - Phó Chủ tịch UBND xã Tam Hưng, Trưởng ban Quản lý di tích chùa Bối Khê chia sẻ: “Có thể thấy, lịch sử hình thành chùa Bối Khê diễn ra song hành cùng với quá trình phát triển phật giáo nước nhà và đồng hành cùng dân tộc. Những tấm bia đá, minh văn, hoành phi câu đối và những truyền thuyết dân gian là những phương tiện truyền tải giá trị lịch sử đặc sắc đó, thể hiện tinh thần độc lập dân tộc, bản sắc văn hóa Phật giáo Việt Nam”.
Cùng với đó, trong giai đoạn kháng chiến chống Pháp (1945 -1954), chùa Bối Khê còn là nơi có hầm địa đạo, có tác dụng chuyển quân dưới mặt đất và khi rút lui thì trở thành chỗ phòng thủ vững chắc. Tại đây, quân và dân làng Bối Khê đã đập tan 3 cuộc càn quét của giặc Pháp, tiêu diệt 372 tên địch.
Theo thông tin từ Ban quản lý di tích chùa Bối Khê, chùa có diện tích hơn 5.000 m2 và được kết cấu theo kiểu “Nội công, ngoại Quốc” quay theo hướng Tây bao gồm các hạng mục: Đền Đức Ông, vườn tháp, Ngũ môn quan, cầu gạch, tam quan, nhà bia - sắp lễ, chùa Phật (tiền đường, thiêu hương, thượng điện, tả - hữu hành lang), điện Thánh (đại bái, ống muống, hậu cung), nhà Tổ - nhà Mẫu và nhà khách.
Để tạo được hình thức tòa nhà “nội công ngoại quốc”, đặc biệt là hệ thống đấu củng ở phần điện Thánh, các nghệ nhân xưa kia đã sáng tạo bộ vì kết cấu hết sức độc đáo. Chỉ với các hàng chân cột nhưng với cấu trúc hai cột cái dâng cao cùng hai cột trốn đỡ bộ vì mái trên, xà nách đỡ cột trốn kết hợp với hệ đầu bảy nằm ngang đỡ hệ mái dưới, các lá mái gặp nhau tại các góc nhà và được khéo léo vuốt lên bởi các kẻ góc, hàng tầu đã tạo nên những mái đao cao vút, mềm mại.
Một thủ pháp kết cấu kiến trúc độc đáo khác mà ta dễ dàng nhận thấy ở di tích chùa Bối Khê là hệ kết cấu khung chịu lực, tường bao che linh hoạt. Đây cũng chính là hệ kết cấu của các công trình kiến trúc hiện đại ngày nay.
Đến chùa Bối Khê, người ta còn ấn tượng với hệ thống tượng thờ bao gồm 92 pho, là tiêu biểu cho các loại hình của nghệ thuật điêu khắc. Niên đại sớm nhất là tượng gỗ Quán Âm tạo tác vào thế kỉ thứ 16, muộn nhất là những pho tượng đất La Hán tạo tác vào cuối thế kỉ 19 đầu thế kỉ 20.
Một trong những điểm độc đáo, thu hút người dân tứ phương đến với ngôi chùa cổ này chính là ba cây hoa sen thân gỗ (hoa sen đất), với những bông hoa nở trắng tinh khôi nằm ở khuôn viên. Đây là một loại hoa quý hiếm ở Việt Nam, có mùi hương thơm ngát.
Những cây hoa sen quý đã có hàng trăm năm trong khuôn viên của chùa Bối Khê. Trước đây chùa có hai cây sen tổ cao khoảng 5m nhưng một cây đã chết vì sâu. Hiện trong khuôn viên chùa cũng chỉ có vỏn vẹn ba cây. Hai cây con cao khoảng 2,5m, trồng trước tam bảo. Mùa hoa sen đất nở khoảng từ cuối mùa xuân, chớm đầu mùa hạ, hoa nở 1-2 tuần mới tàn.
Ông Nguyễn Văn Kiên - Bí thư đoàn thôn Song Khê bày tỏ: “Chùa Bối Khê thường đón được lượng khách lớn vào tháng Giêng - mùa lễ hội của chùa và vào đầu mùa hạ khi hoa sen đất nở. Hoa sen nở trắng toát trên nền ngôi chùa cổ kính đã tạo nên phong cảnh lay động lòng người".
Ông Nguyễn Văn Hợp - Phó Chủ tịch UBND xã Tam Hưng, Trưởng ban Quản lý di tích chùa Bối Khê bày tỏ: “Chùa Bối Khê đã được công nhận là di tích kiến trúc nghệ thuật cấp quốc gia năm 1979. Với những giá trị lịch sử trường tồn, chúng tôi rất mong muốn chùa Bối Khê sớm được nâng cấp xếp hạng lên di tích quốc gia đặc biệt”.
Theo đó, năm 2023, UBND huyện Thanh Oai phối hợp với Sở VH&TT Hà Nội tổ chức hội nghị Thông qua dự thảo hồ sơ đề nghị nâng cấp xếp hạng di tích chùa Bối Khê, xã Tam Hưng, huyện Thanh Oai là di tích quốc gia đặc biệt.