Các nghiên cứu đã tiết lộ rằng những người uống cà phê có vi sinh vật đường ruột phong phú, vi khuẩn được tìm thấy trong hệ thống tiêu hóa có chất xơ hòa tan và đặc tính prebiotic trong cà phê giúp nuôi dưỡng loại vi khuẩn có lợi có thể hỗ trợ tiêu hóa, sức khỏe đường ruột.
Hơn nữa, nghiên cứu cho thấy cà phê có thể thúc đẩy sức khỏe nhận thức lâu dài bằng cách tăng cường trí nhớ và sự chú ý, đồng thời có khả năng làm chậm sự suy giảm nhận thức, giảm nguy cơ mắc các bệnh như bệnh Alzheimer sau này.
Các nghiên cứu gần đây cũng đã xác định được hai hợp chất trong cà phê, kahweol và cafestol, được chứng minh là có tác dụng ngăn chặn sự phát triển của tế bào ung thư tuyến tiền liệt và thận.
Ngoài ra, nhiều người còn biết đến tác dụng nhuận tràng của cà phê, với gần 1/3 số người uống cà phê cho biết cần đi vệ sinh trong vòng nửa giờ sau khi uống một tách cà phê. Do đó, cà phê có thể được sử dụng trong một số trường hợp để giúp điều hòa nhu động ruột.
Một nghiên cứu cho thấy những người uống cà phê có nhiều khả năng giảm cân theo thời gian hơn so với những người không uống, bởi đặc tính của cà phê như một chất ức chế sự thèm ăn, cũng như những tác động tích cực của nó đối với quá trình trao đổi chất.
Ngoài sức khỏe thể chất, cà phê còn có thể giúp ích cho sức khỏe tinh thần. Các nhà khoa học phát hiện trong một nghiên cứu rằng những người uống ít nhất 4 tách cà phê mỗi ngày có nguy cơ mắc bệnh trầm cảm thấp hơn đáng kể so với những người uống ít hơn 1 tách mỗi ngày.
Tuy nhiên, một số người chuyển hóa caffeine trong cà phê tốt hơn những người khác thì uống nhiều, còn lại phụ thuộc vào sức khoẻ của mỗi người để xác định lượng cà phê mỗi ngày.