Năm 2002, Kiến trúc sư trưởng TP.HCM phê duyệt chi tiết sử dụng đất tỷ lệ 1/2000 khu đầu mối giao thông và dân cư Bình Triệu phường Hiệp Bình Chánh; trong đó, đất ga đường sắt Bình Triệu có cơ cấu sử dụng 41,5ha.
Để tháo gỡ bài toán kẹt xe khu vực nội đô, TP.HCM đã đề nghị Bộ Giao thông Vận tải xem xét phương án tuyến đường sắt cao tốc Bắc - Nam xuyên quốc gia từ Hà Nội đến Cần Thơ không thiết kế tuyến đường sắt đi vào ga Sài Gòn hoặc nếu không xây dựng tuyến đường sắt trên cao vào ga Sài Gòn thì cần đưa ga Sài Gòn ra Suối Tiên (quận 9).
Tuy nhiên, quan điểm này không được Bộ Giao thông Vận tải chấp thuận, đồng thời xây dựng phương án giữ nguyên hiện trạng, làm đoạn đường sắt trên cao từ ga Sài Gòn đến Bình Triệu (theo tính toán kinh phí thực hiện hơn 200 triệu USD).
Trên cơ sở tham mưu của Bộ Giao thông Vận tải, ngày 8/4/2013, Thủ tướng Chính phủ phê duyệt điều chỉnh quy hoạch giao thông vận tải TP Hồ Chí Minh đến năm 2020 và tầm nhìn sau năm 2020 tại Quyết định 568/QĐ-TTg.
Theo đó, các tuyến đường sắt quốc gia hướng tâm, đường đôi, điện khí hóa, khổ đường 1.435mm, bao gồm xây mới tuyến tránh TP Biên Hòa (Đồng Nai) về phía Nam và đoạn Bình Triệu – Hòa Hưng thành đường sắt trên cao (dài 41km).
Về ga đường sắt, xây dựng mới các ga trong khu đầu mối đường sắt TP.HCM bao gồm ga khách kỹ thuật phía Bắc (ga Bình Triệu với diện tích 41ha), ga khách trung tâm (ga Sài Gòn với diện tích 6,14ha) và ga kỹ thuật phía Nam (ga Tân Kiên với diện tích 75ha).
Đến tháng 6/2013, Bộ Giao thông Vận tải phê duyệt Quy hoạch chi tiết đường sắt khu vực đầu mối TP.HCM; trong đó, ga Bình Triệu là một trong các ga chính trong khu đầu mối, có chức năng tàu khách, đầu mối trung chuyển khách từ đường sắt sang các phương tiện giao thông công cộng khác.
Tiếp đó, tháng 9/2013, UBND TP.HCM phê duyệt điều chỉnh quy hoạch phân khu tỷ lệ 1/2000 Khu đầu mối giao thông Bình Triệu, phường Hiệp Bình Chánh, quận Thủ Đức; trong đó đất ga đường sắt có diện tích 47,35ha.
Thế nhưng hơn 20 năm qua, dự án đầu tư xây dựng ga Bình Triệu vẫn chưa được ban hành quyết định thu hồi đất, chưa phân định ranh giới cụ thể cũng như chưa có kế hoạch thực hiện. Từ đây, hàng nghìn hộ dân trong khu vực phải sống trong nỗi thấp thỏm, đi không được, ở cũng không xong.