Trong thập niên 90 thế kỷ trước, các giải bóng đá trong nước đầy rẫy nạn móc ngoặc, nhường điểm, bán độ... của các đội bóng, cầu thủ. Lực lượng trọng tài thường bị các đội bóng tranh thủ, mua chuộc. Thậm chí đường dây cá độ bóng đá của nhóm Năm Cam cũng len lỏi vào các thành viên tham gia giải. Có trọng tài trong một thời gian ngắn đã phất lên nhanh chóng rồi mua sắm điện thoại di động, xe máy phân khối lớn loại xịn, rồi nhà đất…
Tại SVĐ Hàng Đẫy, mùa giải năm 1997 đã xẩy ra vụ việc gây chấn động: Trong trận đấu giữa đội Công an Hà Nội và An Giang. Cầu thủ Lã Xuân Thắng đá phản lưới nhà! Kết quả An Giang thắng 4 – 1. Báo giới đã phê phán Thắng dữ dội và sau đó anh ta cũng đã nói: "Tôi không phải đá cho riêng mình". Xem lại tình huống trên, mọi người nhận thấy ở thời điểm Thắng đá về thì thủ môn Đ. đã dâng lên quá cao để trống khung thành một cách khó hiểu! Nếu đổ tội cho một mình Thắng cũng không công bằng. Nhiệm kỳ 3 của Liên đoàn Bóng đá Việt Nam, tôi có trách nhiệm làm trưởng ban tổ chức các giải. Khi được giao trọng trách, tôi xác định mình phải bằng mọi cách góp phần làm trong sạch bóng đá.
Thời gian này tôi quen các anh lãnh đạo công an Phòng Cảnh sát hình sự số 7 Thiền Quang - Hà Nội. Tôi tâm sự, trao đổi, muốn các anh cộng tác thì nhận được lời khuyên, việc này phải làm việc với Bộ. Tôi về báo cáo với Chủ tịch Liên đoàn vì ông kiêm Phó chủ nhiệm Ủy ban TDTT mới đủ tầm cỡ làm việc với bên công an, nhưng sự việc không được triển khai.
Tôi quyết định "dùng chuyên môn để xử lý chuyên môn" vì bóng đá có luật chơi riêng của nó. Tôi có sáng kiến đưa vào quy chế và điều lệ giải cụm từ "Khi xét thấy trận đấu có biểu hiện tiêu cực (móc ngoặc, nhường điểm, bán độ...), ban tổ chức giải sẽ căn cứ vào tư liệu chuyên môn (diễn biến thực tế trên sân, báo cáo của giám sát, tổ trọng tài, phản ứng của khán giả, ý kiến của công luận và băng ghi hình trận đấu đó) để có hình thức kỷ luật như phạt tiền, trừ điểm, hủy bỏ kết quả trận đấu... Còn đối với cá nhân cầu thủ và trọng tài thì dễ xử lý kỷ luật hơn. Nếu đội bóng bị trừ điểm hoặc xuống hạng sẽ ảnh hưởng lớn đến địa phương hoặc ngành. Quy chế và điều lệ giải đã được hội nghị lãnh đạo các đội bóng thông qua nên các quyết định của ban tổ chức giải sau đó các đội bóng đều chấp hành. Nhưng không phải lúc nào công việc cũng xuôi chèo mát mái...
Trong các mùa giải năm 1997, 1998, 1999, 2000 rồi 2001, tôi đã nghiêm khắc xử lý kỷ luật hàng loạt cầu thủ, trọng tài, giám sát và đặc biệt là các đội bóng. Một số phần tử đã bắn tin đe dọa: "Mang mìn đến đặt tại nhà ông ở số 9 phố Hàng Chuối"... Một số khán giả Hải Phòng lại nói: "Nếu Ngô Tử Hà xuống đây sẽ xin tí tiết". Trong một thời gian dài khi đi xe máy, tôi phải luôn đề phòng những hành động quá khích của những kẻ xấu, nên thường mang theo một cái roi điện và bình xịt. Cũng may là chưa lần nào bị tấn công.
Các trọng tài bị tôi xử lý kỷ luật nhiều lắm, trong đó có H.T cậy có quan hệ thân thiết với người nhà của bộ trưởng nên coi thường luật lệ. Cậu này bị ban tổ chức giải kỷ luật treo còi đến hết mùa. Vài hôm sau, Nguyễn Trọng Hỷ (Vụ trưởng Vụ 2 - phụ trách các môn bóng Ủy ban TDTT) đến văn phòng Liên đoàn Bóng đá Việt Nam gặp tôi. Tôi giải thích: "Tôi làm việc dựa vào lực lượng cán bộ của ban tổ chức giải như trọng tài, giám sát, ban tổ chức địa phương, hội đồng trọng tài, tiểu ban chuyên môn và băng ghi hình trận đấu. Còn mức độ kỷ luật ghi rất rõ trong quy chế và điều lệ giải".
Sau đó đưa cho Hỷ xem một loạt biên bản các cuộc họp, đề nghị kỷ luật của các cá nhân và tổ chức trên và nói: "Các anh tưởng tôi muốn làm gì thì làm, muốn kỷ luật ai thì kỷ luật à? Trời ơi, vậy thì chết mất ngáp". Hỷ liền nói: "Em hiểu hết rồi, anh làm kỹ như vậy thì còn nói vào đâu được nữa. Em sẽ báo cáo để Bộ trưởng biết. Vậy mà người ta cứ đồn đại lung tung". Cả thanh tra bên Ủy ban TDTT cũng đến gặp tôi và nói do Bộ trưởng cử sang để hỏi tại sao kỷ luật trọng tài. Nhưng tôi nói ngay, tôi làm gì cũng có cơ sở, Bộ trưởng cũng không thể ép được.