Rafael Marquez sinh ngày 13/2/1979 tại Zamora, Michoacan, Mexico. Marquez trưởng thành từ lò đào tạo CLB Atlas và được đôn lên đội một hồi năm 1996. Năm 1999, anh bắt đầu sang châu Âu chơi bóng trong màu áo AS Monaco.
Đến Hè 2003, Marquez chuyển sang đầu quân cho Barcelona và gắn bó với đội chủ sân Nou Camp trong 7 năm. Quãng thời gian này, trung vệ người Mexico cùng "Blaugrana" giành 4 chức vô địch La Liga, 1 Copa del Rey, 3 Siêu cúp Tây Ban Nha, 2 Champions League, 1 Siêu cúp châu Âu và 1 FIFA Club World Cup. Thời điểm bấy giờ, anh luôn được đánh giá là một trong những trung vệ xuất sắc nhất thế giới.
Sau khi rời Barca, Marquez lần lượt đầu quân cho New York Red Bulls (2010-2012), Leon (2012–2014), Hellas Verona (2014-2015) và Atlas (2016-2018). Ở cấp độ ĐTQG, anh ra sân 147 lần trong màu áo ĐT Mexico và ghi được 17 bàn thắng.
Marquez có quãng thời gian dài đeo băng đội trưởng ĐT Mexico và được đánh giá là một trong những cầu thủ vĩ đại nhất trong lịch sử bóng đá Mexico. Mặc dù vậy, anh cũng không ít lần vướng tới những bê bối.
Vào ngày 9/8/2017, Bộ Tài chính Mỹ (OFAC) thông báo rằng Rafael Marquez cùng với hơn 20 cá nhân khác bị trừng phạt vì liên quan đến các tổ chức buôn bán ma túy và rửa tiền. Cơ quan này tuyên bố rằng Marquez có liên kết với một nhóm tội phạm có tên là Cartel de los Zetas - một trong những băng đảng buôn bán ma túy nguy hiểm nhất tại Mexico.
Theo Bộ Tài chính Mỹ, Marquez đã giúp đỡ các tổ chức tội phạm này thông qua các giao dịch tài chính bất hợp pháp. Cụ thể, họ cho rằng anh đã sử dụng các công ty, quỹ và tài sản của mình để giúp rửa tiền từ hoạt động buôn bán ma túy.
Trước cáo buộc của OFAC, Marquez ngay lập tức phủ nhận và cho biết sẽ hợp tác với cơ quan chức năng để làm sáng tỏ sự việc. Anh tuyên bố rằng mình không có liên quan gì đến các tổ chức tội phạm và các giao dịch tài chính đã được thực hiện một cách minh bạch.
Mặc dù không có bằng chứng cụ thể nào cho thấy Marquez trực tiếp tham gia vào các hoạt động tội phạm, Bộ Tài chính Mỹ đã chỉ ra rằng anh có liên quan đến một số cá nhân và tổ chức có quan hệ với Cartel de los Zetas. Trong đó, một số người liên quan được cho là có mối quan hệ gần gũi với Marquez và đã sử dụng tên tuổi của anh để làm "bình phong" cho các hoạt động rửa tiền.
Cơ quan chức năng Mỹ cho biết rằng các công ty và tài khoản tài chính mà Marquez sở hữu hoặc có liên quan đã được sử dụng để thực hiện các giao dịch có dấu hiệu rửa tiền nhằm che giấu nguồn gốc của các khoản tiền có được từ buôn bán ma túy.
Sau khi bị vướng vào vụ bê bối này, Rafael Marquez bị cấm tham gia các giải đấu quốc tế, bao gồm cả các trận đấu trong khuôn khổ của LĐBĐ thế giới (FIFA). Điều này khiến anh không thể tham gia vào các giải đấu như Copa del Mundo hay các trận giao hữu của ĐT Mexico.
Ngoài ảnh hưởng đến sự nghiệp quốc tế, vụ bê bối này cũng ảnh hưởng đến việc Marquez tiếp tục thi đấu ở cấp độ CLB. Tuy không bị cấm thi đấu ở giải VĐQG Mexico, song vụ việc này vẫn khiến ngôi sao sinh năm 1979 "mất điểm" trong mắt người hâm mộ.
Các lệnh trừng phạt của Mỹ không chỉ làm tổn hại đến sự nghiệp của Marquez mà còn ảnh hưởng đến tài chính của anh. Các tài sản của Marquez ở Mỹ đã bị phong tỏa và anh không thể tiếp cận tài chính từ các nguồn liên quan đến những công ty bị nghi ngờ có liên quan đến tội phạm.
Marquez không chỉ là một cầu thủ nổi tiếng mà còn là một người kinh doanh có tiếng. Trong quá khứ, anh đã đầu tư vào một số lĩnh vực kinh doanh, bao gồm bất động sản và các thương vụ khác. Một trong những đối tác kinh doanh bị Bộ Tài chính Mỹ cáo buộc có liên quan đến hoạt động rửa tiền là Raul Flores Hernandez, một tên tội phạm ma túy nổi tiếng ở Mexico, được cho là có liên quan đến Cartel de los Zetas và các tổ chức tội phạm khác.
Sau khi nhận được lệnh trừng phạt, Marquez đã chỉ trích các cáo buộc và khẳng định mình vô tội. Anh tuyên bố rằng đã có những hiểu lầm và sẽ bảo vệ danh dự của mình trước công chúng.
Tính đến thời điểm hiện tại, chưa có bất kỳ kết luận pháp lý chính thức nào về việc Rafael Marquez có tham gia vào các hoạt động tội phạm hay không. Mặc dù cựu tuyển thủ Mexico đã bị trừng phạt bởi Bộ Tài chính Mỹ, song không có phiên tòa hoặc hình phạt nào được đưa ra liên quan đến các cáo buộc này.