Tại cáo trạng mới ban hành, Viện KSND tối cao xác định dự án Đại Ninh do Công ty Sài Gòn Đại Ninh (SGĐN) làm chủ đầu tư có diện tích hơn 3.500ha gồm đất rừng, đất lòng hồ, đất ngoài lâm nghiệp trên địa bàn tỉnh Lâm Đồng; được cấp phép năm 2010.
Sau đó, dự án Đại Ninh để xảy ra nhiều sai phạm nên năm 2020, Thanh tra Chính phủ (TTCP) ra kết luận số 929 kiến nghị chấm dứt hoạt động, thu hồi dự án. Biết việc này, bị can Nguyễn Cao Trí, Chủ tịch Công ty giáo dục Văn Lang, đã mua lại dự án đồng thời tác động đến cán bộ thuộc Văn phòng Chính phủ (VPCP), TTCP, UBND tỉnh Lâm Đồng để dự án được hoạt động.
Do có tác động của Nguyễn Cao Trí, TTCP ra kết luận mới, "bẻ lái", lật hoàn toàn kết luận 929. Cụ thể, dự án Đại Ninh sẽ không bị thu hồi mà cho gia hạn, tiếp tục thực hiện. Dù vậy, bị can Trí không thực hiện dự án mà bán cho Novaland với giá 27.600 tỷ đồng.
Trong vụ án, có 2 bị can từng công tác tại VPCP là Mai Tiến Dũng, cựu Bộ trưởng – Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ và Trần Bích Ngọc, cựu Vụ trưởng Vụ theo dõi Thanh tra; giải quyết khiếu nại tố cáo; phòng chống tham nhũng, buôn lậu, gian lận thương mại (Vụ I).
Cáo trạng thể hiện, sau khi TTCP ban hành kết luận 929, Công ty SGĐN nhiều lần gửi đơn đến Lãnh đạo Chính phủ, Bộ trưởng, Chủ nhiệm VPCP, Tổng TTCP, UBND tỉnh Lâm Đồng, đề nghị cho tiếp tục triển khai thực hiện Dự án Đại Ninh,
Khi nhận đơn, VPCP căn cứ theo quy chế hoạt động chỉ chuyển đơn thông thường cho TTCP và UBND tỉnh Lâm Đồng giải quyết theo thẩm quyền nhưng không được giải quyết do không có căn cứ, không thuộc thẩm quyền, không đúng đối tượng hoặc trùng nội dung nên lưu đơn.
Do có mối quan hệ thân thiết với ông Trần Văn Minh, cố Phó Tổng TTCP, là người ký kết luận số 929, Nguyễn Cao Trí gặp, trao đổi với ông Minh về việc muốn mua lại dự án Đại Ninh; nhờ sửa kết luận thanh tra.
Ông Minh đồng ý và biết Nguyễn Cao Trí có mối quan hệ quen biết nhiều lãnh đạo Chính phủ, gồm Mai Tiến Dũng, nên hướng dẫn Trí nhờ "một số cá nhân" can thiệp, hỗ trợ để Trí được "chính danh" lo các thủ tục cho dự án Đại Ninh được giãn tiến độ, không bị thu hồi.
Sau khi được ông Minh nhận lời giúp đỡ, ngày 2/10/2020, Nguyễn Cao Trí ký thỏa thuận đặt cọc về việc chuyển nhượng dự án Đại Ninh.
Tiền đề cho sai phạm
Hai hôm sau, theo hướng dẫn của ông Trần Văn Minh, bị can Trí cầm theo đơn của Công ty SGĐN ra Hà Nội, đến gặp ông Mai Tiến Dũng và trao đổi việc Trí đã mua lại dự án Đại Ninh nhưng dự án này đã có kiến nghị thu hồi theo kết luận của TTCP. Nguyễn Cao Trí nhờ Bộ trưởng -Chủ nhiệm VPCP bút phê vào đơn, giao Vụ I VPCP tham mưu, báo cáo lãnh đạo Chính phủ có ý kiến chỉ đạo.
Ông Mai Tiến Dũng ₫ã có bút phê "chuyển Vụ I" rồi giao đơn của Trí cho bị can Trần Bích Ngọc, Vụ trưởng Vụ I báo cáo đề xuất. Quá trình gặp gỡ, Nguyễn Cao Trí có gửi quả cảm ơn cho Mai Tiến Dũng số tiền 200 triệu đồng.
Thực hiện bút phê của Mai Tiến Dũng, bị can Ngọc soạn thảo phiếu trình có nội dung: "VPCP kiến nghị lãnh đạo Chính phủ giao VPCP có văn bản chuyển đến TTCP đơn của Công ty SGĐN để xem xét giải quyết theo quy định của pháp luật và trả lời doanh nghiệp". Lãnh đạo Chính Phủ có bút phê đồng ý vào phiếu này.
Tháng 12/2020, do đơn của Công ty SGĐN chưa được TTCP giải quyết, Nguyễn Cao Trí lại được ông Trần Văn Minh hướng dẫn tiếp tục làm đơn gửi VPCP, đề nghị lãnh đạo Chính phủ có văn bản chỉ đạo mạnh mẽ hơn theo hướng giao TTCP kiểm tra, giải quyết đơn. Như vậy, sẽ có căn cứ để TTCP thực hiện.
Ngày 16/1/2021, Nguyễn Cao Trí gặp và ăn sáng với ông Mai Tiến Dũng tại Nhà khách 35 Hùng Vương (Ba Đình, Hà Nội) và nhắc lại việc đã mua lại Dự án, đang xin thủ tục để dự án được gia hạn, giãn tiến độ, không bị thu hồi. Trí cũng nói được ông Trần Văn Minh hướng dẫn tiếp tục gửi đơn để thông qua VPCP, báo cáo xin ý kiến lãnh đạo Chính phủ phụ trách TTCP.
Theo đề nghị của ông Trí, ông Mai Tiến Dũng lần thứ 2 bút phê "chuyển Vụ I (giải quyết sớm) vào đơn của Công ty SGĐN, giao Trần Bích Ngọc đề xuất. Bên cạnh việc nhờ ông Dũng, Trí nhiều lần gặp, nhắn tin và gọi điện cho Trần Bích Ngọc để nhờ Ngọc làm Phiếu trình của Vụ I đến Lãnh đạo Chính phủ xin ý kiến chỉ đạo xử lý đơn của Công ty SGĐN cho TTCP.
Kết quả, Vụ I có Phiếu trình giải quyết công việc, kiến nghị lãnh đạo Chính phủ có ý kiến chỉ đạo TTCP kiểm tra, rà soát, giải quyết phản ảnh kiến nghị của Công ty SGĐN liên quan đến dự án Đại Ninh theo đúng quy định của pháp luật và trả lời doanh nghiệp.
Ngày 21/1/2021, lãnh đạo Chính phủ có ý kiến đồng ý đề xuất nội dung phiếu trình trên. Từ cơ sở này, VPCP có Văn bản số 591, chuyển đơn của Công ty SGĐN cho TTCP với nội dung "Lãnh đạo Chính phủ có ý kiến chỉ đạo như sau: TTCP kiểm tra, rà soát, giải quyết phản ánh, kiến nghị của Công ty SGĐN theo đúng quy định của pháp luật, trả lời doanh nghiệp".
Cáo trạng xác định: "Việc đề xuất, sau đó được lãnh đạo Chính phủ đồng ý chuyển đơn cùng ý kiến chỉ đạo TTCP kiểm tra, giải quyết theo yêu cầu và hướng lợi ích cho Nguyễn Cao Trí là trái pháp luật, là tiền đề cho hàng loạt sai phạm trong việc TTCP thành lập Tổ công tác điều chỉnh, sửa đổi KLTT, cho Dự án Đại Ninh được gia hạn, giãn tiến độ trái pháp luật".
Ngoài các bị can Mai Tiến Dũng, Trần Bích Ngọc, cơ quan tố tụng xác định một số cá nhân tại VPCP có hành vi sai phạm liên quan ở các mức độ khác nhau nhưng không thỏa thuận, thông đồng với Nguyễn Cao Trí và Công ty SGĐN. Họ giữ vai trò thứ yếu, chỉ thực hiện theo chức năng, nhiệm vụ được giao… nên không xử lý hình sự.
Một số cá nhân có liên quan khác, quá trình điều tra vụ án, xác định dấu hiệu sai phạm nhưng do thời hạn điều tra vụ án đã hết, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an tách thông tin, tài liệu liên quan đến hành vi sai phạm của các cá nhân này để tiếp tục điều tra, xử lý sau.