Bệnh viện có chức năng chẩn đoán, chữa bệnh, tư vấn phòng chống bệnh; nghiên cứu khoa học và chuyển giao khoa học kỹ thuật, cung cấp các dịch vụ và kỹ thuật chất lượng cao, tham gia đào tạo nguồn nhân lực và các dịch vụ các vấn đề liên quan đến sức khỏe cây trồng theo quy định của Học viện Nông nghiệp Việt Nam và pháp luật.
Ngoài ra, bệnh viện cũng tham gia đào tạo sinh viên các bậc đại học, cao học và nghiên cứu sinh cũng như tập huấn ngắn hạn cho người nông dân, trang trại, doanh nghiệp sản xuất cây trồng về chăm sóc và bảo vệ sức khỏe cho cây trồng.
Bệnh viện cây trồng nhằm đáp ứng nhu cầu chữa bệnh và chăm sóc sức khỏe cho cây trồng nông nghiệp
Hơn nữa, Bệnh viện cây trồng còn cung cấp các dịch vụ liên quan đến sức khỏe cây trồng và nghiên cứu các sản phẩm như thuốc trừ sâu sinh học ứng dụng trong sản xuất nông nghiệp hữu cơ; thực hiện các dịch vụ chẩn đoán sức khỏe cây trồng dựa trên các kỹ thuật chẩn đoán và xét nghiệm hiện đại, nhằm vào các yếu tố sinh vật và phi sinh vật liên quan trực tiếp đến sức khỏe cây trồng.
Bệnh viện cũng tư vấn phương pháp và cung cấp phương tiện đảm bảo sức khỏe cây trồng tốt nhất cho khách hàng. Hoạt động của bệnh viện là một đóng góp trực tiếp và thiết thực của Học viện đối với cộng đồng trong lĩnh vực sản xuất cây trồng.
Bệnh viện hiện có 20 cán bộ nghiên cứu, tư vấn sức khỏe cây trồng và cảnh quan.
Bệnh viện cây trồng có các khoa chuyên môn chính như Khoa khám bệnh cây trồng tổng hợp, sinh lý và dinh dưỡng cây trồng, chẩn đoán hình ảnh, phục hồi sức khỏe cây trồng, dự tính dự báo sâu bệnh, Khoa bệnh truyền nhiễm (nấm, virus, vi khuẩn) và động vật hại nông nghiệp.
Cán bộ làm việc tại các khoa chuyên môn được đào tạo từ các nước như Úc, Nhật Bản, Hàn Quốc, Trung Quốc, Đức,…và chủ yếu là giảng viên/nghiên cứu của Khoa Nông học.
Bệnh viện được trang bị hệ thống thiết bị hiện đại.
Hiện tại, Bệnh viện có 20 cán bộ nghiên cứu, tư vấn sức khỏe cây trồng và cảnh quan. Bệnh viện cũng có hơn 100 cán bộ nghiên cứu phối hợp trong các hoạt động của Bệnh viện, các cán bộ chủ yếu là giảng viên của Khoa Nông học, một số khoa chuyên môn thuộc Học viện Nông nghiệp Việt Nam và các viện nghiên cứu thuộc lĩnh vực chuyên môn của Bệnh viện cây trồng và là các đối tác của Khoa Nông học.