Theo hồ sơ vụ án, giữa năm 2015, chị P.T.T. (SN 1993, du học sinh Mỹ) nghỉ hè nên từ Mỹ trở về Việt Nam để thăm gia đình. Chị T. ở tại căn nhà khu dân cư Phú Mỹ, phường Phú Mỹ, quận 7. Được biết, ông Cự đã có gia đình, có quan hệ tình cảm với chị gái của chị T. dẫn đến có 2 con chung và gia đình xem ông Cự là con rể trong nhà, ở chung tại ngôi nhà nói trên.
Bị can Lê Phú Cự lúc chưa bị bắt.
Trưa 6/7/2015, chị T. đang ngủ tại tầng hai căn nhà ở khu dân cư Phú Mỹ (quận 7) thì choàng tỉnh, phát hiện đối tượng Cự úp mặt vào vùng nhạy cảm, nằm đè lên người. Ông ta không mặc quần áo. Chi T. tri hô, bỏ chạy, định mở cửa thoát ra ngoài nhưng bị anh rể vật xuống, bóp cổ và tiếp tục có những hành động khiếm nhã. T. vùng dậy, lao về phía cửa sổ kêu cứu. Thấy người em trai họ vừa đến, đang đứng trước cổng, T. gọi: "V. ơi cứu chị".
Cự ôm T. đẩy vào giường, hăm doạ không được nói với ai nếu không sẽ giết, đồng thời nói vọng xuống dưới với V.: "Nhà cúp điện, chờ chút". T. mở được cửa đi xuống dưới thì V. đã trèo được vào nhà. Cự lấy ô tô bỏ đi ngay sau đó. T. khóc, hoảng loạn thu dọn hành lý, lấy vé máy bay về Mỹ. Khi quá cảnh tại Hong Kong, cô gọi điện kể lại sự việc cho cha là Phạm Văn T. (65 tuổi). Người cha nói con chụp ảnh các thương tích ở cổ, tay... gửi về cho ông đi trình báo.
Vài ngày sau, T. gửi bản tường trình đã được hợp pháp hoá của Tổng Lãnh sự quán Việt Nam tại San Francisco (Mỹ) đến Công an quận 7. Làm việc với cơ quan điều tra, Cự cho biết có ý định dâm ô em vợ nên lấy điện thoại ra chụp lúc cô đang ngủ. Do lóng ngóng, ông ta làm rơi điện thoại và "té úp mặt vào vùng mông" cô gái. Sợ T. kể chuyện này cho người khác nên ông ta năn nỉ bỏ qua. Cơ quan CSĐT Công an TP.HCM sau đó đã phát lệnh truy nã đối với bị can Lê Phú Cự (SN 1968, ngụ quận 1) về tội Hiếp dâm.
Tuy nhiên, sau đó, VKS cho rằng ông này không thừa nhận dùng vũ lực giao cấu với bị hại, ngoài lời khai của T. không có nhân chứng trực tiếp nào khác, V. cũng không trực tiếp nhìn thấy sự việc. Ngày 30/12/2015, VKSND TP.HCM đã có văn bản trả lời việc thỉnh thị của quận 7, thống nhất quan điểm không khởi tố vụ án.
Do lúc này Cự đã trốn khỏi địa phương, VKS quận 7 ra quyết định huỷ bỏ việc khởi tố bị can của công an, đồng thời yêu cầu nhanh chóng truy tìm Cự để lấy lời khai. Ngày 27/1/2016, Công an quận 7 ra quyết định đình chỉ điều tra vụ án do hết thời hạn điều tra nhưng không đủ căn cứ xác định hành vi phạm tội của Cự.
Nữ du học sinh với vết thương trên người.
Liên tục trong 4 năm qua, chị T. cùng gia đình đã gửi đơn tố cáo ông Cự khắp nơi cũng như gửi đơn khiếu nại về những dấu hiệu vi phạm tố tụng trong tiến trình giải quyết vụ án. Diễn biến mới, cuối tháng 1/2018 cơ quan CSĐT Công an TP.HCM đã có quyết định phục hồi điều tra vụ án.
Do T. có quốc tịch Mỹ (vụ án có yếu tố nước ngoài) nên thẩm quyền điều tra phải thuộc Công an và VKSND TPHCM.
Đến ngày 25/1/2018, vụ án được Công an TP.HCM ra quyết định phục hồi điều tra. Cơ quan này đã trưng cầu giám định qua các hình ảnh thời điểm đó và Trung tâm Pháp Y TPHCM xác định tỷ lệ thương tật của T. là 2%. Quá trình điều tra xác định Cự có dấu hiệu phạm tội nhưng ông ta đã đi khỏi nơi cư trú. Được biết, Lê Phú Cự dù đã có vợ con nhưng vẫn quan hệ như vợ chồng với chị gái T. và sống tại nhà riêng của chị T.
Đầu tháng 4/2019 vừa qua, cơ quan chức năng đã khởi tố bị can đối với Lê Phú Cự nhưng đối tượng này đã bỏ trốn khỏi nơi cư trú. Vụ án hiếp dâm sau 4 năm vừa được Cơ quan CSĐT Công an TPHCM phục hồi điều tra và ra quyết định truy nã với bị can Cự. Quá trình đó, nạn nhân, gia đình và một số chuyên gia pháp lý đã chỉ ra những dấu hiệu vi phạm tố tụng.
Qua truy xét, trưa 13/4, trinh sát công an phát hiện bị can Cự đang lẩn trốn ở 1 chung cư cao cấp tại quận 7 nên đã khống chế bắt giữ đưa về trụ sở.
Tại đây, Cự không chịu thừa nhận hành vi mà khai rằng khi về nhà thấy chị T. nằm ngủ sấp. Lúc này, Cự mở nhạc điện thoại với ý định cho chị T. tỉnh dậy và đi vào nhà vệ sinh. Cự vào nhà vệ sinh tắm và mặc quần lót quấn khăn đi ra chỗ giường chị T. định lấy điện thoại chụp ảnh nhưng rớt điện thoại. Cự tìm cách lấy điện thoại thì bị té đập đầu vào mông chị T.. Chị T. xoay người lại, đầu Cự trúng vào vùng kín của chị T.
Cự lý giải hành vi của mình là do tìm cách lấy điện thoại thì trượt té va vào vùng kín em vợ chứ không có hành vi hiếp dâm… Phía công an đã lấy lời khai của nạn nhân, nhân chứng, dựa trên kết luật pháp y xác định Cự phạm tội hiếp dâm trong trường hợp chưa đạt.