Thời gian qua, ông Hùng đã có những sai phạm nghiêm trọng đặc biệt. Cụ thể, năm 2007, ông Nguyễn Đình Hùng đã chỉ đạo và trực tiếp gửi tin nhắn bằng điện thoại di động có nội dung đe dọa Hiệu trưởng Trường Đại học Hàng hải.
Trong năm học 2005-2006, ông Hùng chỉ đạo thu học phí cao hơn quy định khiến các phụ huynh rất bất bình. Từ 2005 đến nay, ông Hùng tự ý điều chỉnh nhân sự, tuyển dụng cán bộ giáo viên... gây mất đoàn kết nội bộ, dẫn đến khiếu kiện kéo dài.
Bùi Hương