Qua kiểm tra, Trường tư thục Phương Nam không có quy chế tổ chức và hoạt động trường, không thành lập ban kiểm soát, không có giáo viên cơ hữu; chưa thực hiện chương trình giáo dục và tổ chức các hoạt động giáo dục đúng quy định; không có phòng thực hành thí nghiệm, phòng học bộ môn, thư viện...