Theo Thủ Tướng Chính phủ, việc ban hành Quy chế tổ chức và hoạt động; quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của Viện Biển Đông cũng như các đơn vị trực thuộc; bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu Học viện Ngoại giao và các đơn vị trực thuộc được thực hiện theo quy định của pháp luật.
Quyết định này sẽ có hiệu lực thi hành kể từ ngày 1.9.