Trong 20 năm qua, Hiệp hội đã có nhiều đóng góp cho ngành nông nghiệp, đặc biệt, lĩnh vực phân bón đã góp phần lớn trong việc đưa VN trở thành nước xuất khẩu gạo thứ 2 trên thế giới, bảm đảm an ninh lương thực bền vững trong nước.
Trong 2 nhiệm kỳ 2 và 3 (2001-2011), Hiệp hội đã đề nghị Chính phủ, các bộ ngành thay thế hay bổ sung, thay đổi 11 nội dung cơ bản trong các nghị định, thông tư, văn bản chính sách về sản xuất, nhập khẩu và kinh doanh phân bón.
Hữu Thông