Tuy nhiên, khu vực này vẫn tồn tại những khó khăn, vướng mắc cần tháo gỡ. Cụ thể là thu nhập của nhiều hộ nông dân chỉ đạt 4 triệu đồng/năm, nạn phân bón giả hoành hành, người nuôi cá tra đang thua lỗ, nhiều thách thức khác đang đặt ra đối với sản xuất nông nghiệp của người nông dân…
Gần đây trong nông nghiệp và nông dân xuất hiện 2 vấn đề cần quan tâm: Trong khi tăng trưởng chung của đất nước đang phục hồi nhưng tăng trưởng của ngành nông nghiệp tiếp tục suy giảm và suy giảm nặng. Trong những năm 2000, tốc độ tăng trưởng nông nghiệp đạt trên 6%, đến giai đoạn 2006 - 2012 tăng trưởng trong lĩnh vực nông nghiệp chỉ đạt 3,3 – 3,4%, năm nay khả năng chỉ còn 2,81%, là mức rất thấp so với mục tiêu Hội nghị T.Ư 7 khóa XI đặt ra.
Đáng buồn là lao động nông thôn không có việc làm gia tăng, nhưng lại xuất hiện điều "bất bình thường" khi nhiều nông dân bỏ ruộng, không mặn mà với nguồn sống chính, bỏ nghề truyền thống. Tại sao và vì đâu nông dân phải tìm cách khác mưu sinh? Đó là do hiệu quả nông nghiệp thấp trước thách thức giá vật tư đầu vào tăng nhanh. Đó là tín hiệu đáng lo ngại. Nếu cứ như vậy, thì nông nghiệp không còn là bệ đỡ của nền kinh tế.
Chính vì vậy, cần chính sách hỗ trợ cho nông dân, và chính sách phải đến được với nông dân. Trong khi các sản phẩm đầu vào cho sản xuất nông nghiệp tăng 5-7 lần thì sản phẩm nông sản của nông dân sản xuất ra chỉ tăng 2-3 lần. Thu nhập của người nông dân ngày càng eo hẹp.
Trong tương lai, nông dân có giữ được vai trò chủ thể, nông nghiệp có giữ vai trò chủ đạo được nữa hay không? Chính phủ cần sớm có sự nghiên cứu thấu đáo để trả lời cho những câu hỏi này, đặc biệt là tìm ra giải pháp tái cơ cấu ngành nông nghiệp một cách hiệu quả trong quá trình tái cấu trúc nền kinh tế nói chung.