Trước đó, Bộ GTVT và Tổng cục Đường bộ Việt Nam nhận được lá đơn tố cáo ông Trần Văn Sơn – Tổng Giám đốc Khu quản lý đường bộ II về một số sai phạm của ông này, người viết ký tên là Phạm Văn Thìn. Sau đó, ông Sơn đã có giải trình về những nội dung nêu ra trong đơn. Tổng cục Đường bộ đã có báo cáo lên Bộ GTVT và xác định không có người nào tên Phạm Văn Thìn đứng đơn và nội dung đơn cũng không đúng sự thật.
Trụ sở Khu quản lý đường bộ II ( nay là Cục Quản lý đường bộ I, thuộc Tổng cục Đường bộ Việt Nam, Bộ Giao thông- Vận tải) .
Cụ thể, đơn tố cáo cho rằng ông Trần Văn Sơn đã để xảy ra không ít chuyện bất thường trong công tác quản lý, sắp xếp nhân sự khiến nhiều người bất bình. Ông Sơn còn bị tố là “không quyết liệt, nhân nhượng cho các nhà thầu trong công tác duy tu, sửa chữa thường xuyên”… Các cơ quan chức năng Bộ GTVT đã vào cuộc xác minh và Tổng cục Đường bộ cho rằng, những tố cáo đó không có cơ sở. Ông Nguyễn Văn Quyền – Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Đường bộ Việt Nam kết luận: Giải trình của Tổng Giám đốc Khu quản lý đường bộ II tương đối rõ ràng, có tính cầu thị. Các nội dung phản ánh về sai phạm trong công tác điều hành và sinh hoạt của ông Trần Văn Sơn là không có cơ sở…
Sau khi có kết luận thanh tra, đến tháng 11.2013, lại có đơn nặc danh tố cáo ông Sơn cũng với nội dung như trên. Ngày 5.12, ông Nguyễn Hồng Trường – Thứ trưởng Bộ GTVT - đã có buổi làm việc với Khu quản lý đường bộ II cũng có kết luận về việc tố cáo này. Ông Trường nhận định: “Nội dung phản ánh trong đơn là không đúng sự thật, chỉ nhằm bôi nhọ, hạ bệ uy tín lãnh đạo”.