Các bị cáo trong vụ án này gồm: Dương Chí Dũng - nguyên Chủ tịch HĐQT Vinalines, Mai Văn Phúc - nguyên Tổng Giám đốc Vinalines; Trần Hữu Chiều - nguyên Phó Tổng Giám đốc kiêm Trưởng ban Quản lý dự án của Vinalines; Trần Hải Sơn - nguyên Phó ban Quản lý dự án; Mai Văn Khang - nguyên thành viên Ban Quản lý dự án; Bùi Thị Bích Loan - nguyên Trưởng ban Tài chính kế toán; Lê Văn Dương - nguyên cán bộ Cục Đăng kiểm Việt Nam; Huỳnh Hữu Đức, Lê Ngọc Triện, Lê Văn Lừng - đều nguyên là cán bộ Hải quan Vân Phong. Các bị cáo bị truy tố về các tội "Cố ý làm trái quy định của Nhà nước gây hậu quả nghiêm trọng" và "Tham ô tài sản".
Dương Chí Dũng.
Tham gia bào chữa cho bị cáo Dương Chí Dũng có 3 luật sư: Ngô Ngọc Thủy, Trần Đình Triển và Trần Đại Thắng (Đoàn luật sư TP.Hà Nội).
Theo truy tố, Dương Chí Dũng với tư cách là Chủ tịch HĐQT Vinalines đã câu kết cùng với Mai Văn Phúc và các cá nhân khác cố ý làm trái trong việc đầu tư, tổ chức đấu thầu, thanh toán trong việc mua ụ nổi 83M, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 336 tỷ đồng.
Trong vụ án này, Dương Chí Dũng đã chỉ đạo các đồng phạm nâng khống số tiền mua ụ nổi để tham ô 1,66 triệu USD, tương đương 28 tỷ đồng (tính theo thời điểm truy tố). Cơ quan điều tra phát hiện Dương Chí Dũng đã sử dụng số tiền tham ô để mua cho bồ (đã có con riêng với Dương Chí Dũng) 2 căn hộ chung cư - một căn tại tầng 29 tòa tháp B, tòa nhà Sky City, Láng Hạ, Hà Nội, một căn tại tòa nhà Pacific, Lý Thường Kiệt, Hà Nội. Hiện cả 2 căn hộ này đều bị niêm phong chờ xử lý.
Do đây là vụ án có tính chất đặc biệt nghiêm trọng, các bị cáo bị truy tố ở khung hình phạt có mức cao nhất nên HĐXX gồm 5 người - 2 thẩm phán, 3 hội thẩm nhân dân. Chủ tọa phiên tòa là thẩm phán Ngô Thị Ánh (TAND TP.Hà Nội), thẩm phán thứ hai là ông Đào Vĩnh Tường - Chánh tòa hình sự TAND TP.Hà Nội, kiểm sát viên là ông Nguyễn Chí Dũng và ông Trương Tuấn Hưng (Viện KSND TP.Hà Nội).