Phía trước, trọng tài chính Trần Trung Hiếu, trợ lý Nguyễn Ngọc Minh - những người mắc sai lầm trên sân Lạch Tray dẫn đến trận thua 0-2 của chủ nhà Hải Phòng trước Quảng Nam sẽ phải đối mặt với án kỷ luật nặng từ Ban trọng tài VFF.
Liên quan tới tình huống gây tranh cãi ở phút 65, trận đấu trên sân Vinh giữa chủ nhà SLNA - SHB.Đà Nẵng khi trọng tài Võ Minh Trí không công nhận bàn thắng của Biayaga bên phía SLNA, ông Nguyễn Văn Mùi nói: "Tất cả các băng ghi hình đều không xác nhận được là trái bóng đá lăn qua vạch cầu môn 100% hay chưa. Vậy nên không thể nói trọng tài đã sai được".
Trận đấu thứ 3 gây tranh cãi liên quan tới công tác trọng tài là cuộc đọ sức giữa An Giang - HAGL. Trong trận đấu này, trọng tài chính Nguyễn Trọng Thư đã cho An Giang được hưởng quả phạt đền phút 55 khi cho rằng Văn Nhiên (HAGL) đã để bóng chạm tay trong vòng cấm: "Xem lại băng hình tình huống này, chúng tôi thấy rõ trọng tài đã đúng khi Văn Nhiên dùng tay chơi bóng và trọng tài thổi phạt đền là chính xác. Điều này khác với chi tiết một tờ báo đã đưa tin khi cho rằng Văn Nhiên ép tay sát vào người, và trọng tài sai khi thổi phạt đền", ông Mùi chia sẻ.
Trận đấu gây tranh cãi cuối cùng về công tác trọng tài ở vòng 16 V.League là cuộc đọ sức giữa ĐT.LA - Than Quảng Ninh. Ở tình huống trọng tài chính Trần Văn Lập thổi phạt đền cho chủ nhà ĐT.LA phút 67 (sau đó ngoại binh Oseni đã đá hỏng), ông Mùi chia sẻ: "Đây là tình huống băng ghi hình không phân định được cầu thủ phòng ngự của Than Quảng Ninh đã phạm lỗi với cầu thủ tấn công của ĐT.LA hay ngược lại. Chỉ thấy hai cầu thủ cùng ngã, và theo nhận định của trọng tài, cầu thủ phòng ngự đã phạm lỗi. Vậy nên, trọng tài có cơ sở thổi phạt đền".
Cũng liên quan tới diễn biến vòng 16 V.League 2014, chiều 27.5, Ban kỷ luật VFF đã ra quyết định phạt 5 triệu đồng và đình chỉ thi đấu 02 trận kế tiếp đối với cầu thủ Đinh Tiến Thành (số 3) của CLB bóng đá Hải Phòng do vi phạm Điều 60 Quy định Kỷ luật của VFF trong trận đấu giữa Hải Phòng - Quảng Nam tại lượt trận thứ 16, ngày 25.5.2014 trên sân vận động Lạch Tray.