Bị cáo Nguyễn Kim Phúc (nguyên Giám đốc Sở TNMT Phú Yên kiêm Giám đốc Chương trình SEMLA Phú Yên; đã có đơn xin xét xử vắng mặt) lãnh án 4 năm tù. Các bị cáo: Hà Thượng Trúc (nguyên kế toán trưởng), Nguyễn Văn Mẫu (nguyên chánh văn phòng), Võ Văn Dũng (nguyên thư ký Chương trình SEMLA Phú Yên), Võ Ngọc Tuân (nguyên Phó Chi cục Môi trường) đều lãnh án 3 năm tù. Bị cáo Phan Thế Quốc (nguyên chuyên viên Chương trình SEMLA Phú Yên) lãnh án 2 năm 6 tháng tù. Các bị cáo: Nguyễn Thị Thanh Vy (nguyên Phó Chi cục Môi trường), Trần Thị Na (nguyên Trưởng nhóm đất đai Chương trình SEMLA Phú Yên), Lưu Phạm Bá Luân (nguyên chuyên viên Chương trình SEMLA Phú Yên) và Phan Thị Kim Oanh (nguyên Phó phòng Môi trường) đều lãnh án 2 năm 6 tháng tù, cho hưởng án treo.
Theo cáo trạng, từ tháng 1.2007 - 11.2009, lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong quá trình thực hiện Chương trình SEMLA (xây dựng hương ước bảo vệ môi trường, lập hệ thống quan trắc môi trường, điều tra vùng nước ngập, dự hội nghị sơ - tổng kết…), Phúc cùng 9 thuộc cấp đã có hành vi lập khống chứng từ đưa vào thanh toán, chiếm đoạt hơn 430 triệu đồng. 10 đối tượng này bị Viện KSND tỉnh Phú Yên truy tố về tội tham ô tài sản theo quy định tại điểm c, d khoản 2 Điều 278 Bộ luật Hình sự (khung hình phạt từ 7 năm - 15 năm tù).
Vụ án này đã được TAND tỉnh Phú Yên xét xử sơ thẩm (lần đầu) vào tháng 8.2012. Sau đó, Phúc và một số bị cáo đã kháng cáo, xin được hưởng án treo. Tháng 11.2012, Tòa phúc thẩm TAND Tối cao tại Đà Nẵng đưa vụ án ra xét xử và tuyên phạt Phúc 3 năm tù cho hưởng án treo.
Tháng 1.2014, Hội đồng Thẩm phán TAND Tối cao ra quyết định hủy cả hai bản án trên về phần trách nhiệm hình sự đối với Phúc và 9 đồng phạm. Lý do, HĐXX cấp sơ thẩm và phúc thẩm không áp dụng đúng quy định của pháp luật về chế định án treo, bản án không đáp ứng yêu cầu giáo dục, phòng chống tội phạm tham ô tài sản.